吴三桂年纪轻轻就登上如此高位，这应该很让现代人感叹甚至是嫉妒，但其实吴三桂的好运也来源于明朝确实需要他这么一个人。
鉴于当时关外局势的严峻，曾任陕西三边总督，同李自成等农民军苦战十余年的洪承畴此时被派到这里。洪承畴虽日后降了清，当了铁杆汉奸，名声极不好，但这个人确实是有能力的，可以说是一员干吏。他一上任便明察暗访了解各将领的作战能力，更深入基层调查研究士卒的训练及备战情况。这一查让他惊出了一身冷汗，当时的这支边防军虽然个别部队还是有一定战斗力的，但总的来说情况不容乐观。而此时的清军是虎视眈眈，随时有可能发起进攻，留给明军的时间并不多，必须在极短的时间内加紧、加强训练及备战，弥补原来的种种不足，消除各种存在的隐患。
洪承畴是老江湖，深知练兵先选将的道理，而吴三桂正是此时被他看中委以重任的。训练的重点被放在提高士卒的单兵作战能力，如劈杀格斗训练及熟练使用各种武器等，同时还有布阵及战术协同等合成科目的训练。担任练兵将领的人不仅需要通晓兵法具有扎实的理论知识，同时还要有实战经验。而吴三桂正是这样的人。
当时经朝廷批准，关外各部队分期抽出一部分人马在中后所及前屯卫两处进行轮训，训练事宜由吴三桂全权负责。吴三桂的部下董永显因胆勇超众，屡次建功而被从游击提拔为参将以协助吴三桂。经过吴三桂的训练，士卒的战斗力明显提高，用了仅两年时间就训练出精兵三万于人。
在吴三桂升任总兵的第二年五月，明军与清军在今辽宁锦县杏山附近的夹马山打了一场遭遇战。当时在夹马山附件五里台居住的蒙古多罗特部民约有三十余家，六十余口人。他们因害怕明军的堵击而与清军秘密联系，请求清军前来接应保护。说来也巧，当时皇太极正在锦州一带视察，他命令郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎、多罗郡王阿达礼率他的近卫军约2000余人前去接应这些多罗特部民。这批清军为躲过明军的阻击，于十七日悄悄溜过锦州城，次日天还没亮便顺利到达五里台地区，后护送多罗特部民急速回返。不过他们运气不太好，黎明时分，被明军哨探发现。附近明朝驻军在辽东分练总兵刘肇基率领下出城截击。当时准备截击的明军兵力约3500人左右，吴三桂在距此处约十余里的松山附近驻防，一得到消息便出动3000人马赶来增援。同时锦州总兵祖大寿派游击戴明率步兵及骑兵700余人也赶来会战。此时的明军在兵力上已占绝对优势。
清郑亲王济尔哈朗见己方兵力不占优，为避免被动挨打而避开城下明军步兵，引诱其骑兵出战，将所部撤退到离城九里的夹马山，摆好阵型等明军杀来。明骑兵很快便赶到，明军百余骑兵首先杀出阵来，济尔哈朗指挥还击。紧接着，济尔哈朗亲自挥众将冲入阵中与明军做殊死搏杀。皇太极的近卫军皆不是吃素的，骁勇异常，更有济尔哈朗、多铎、阿达礼等皇亲国戚身先士卒，其士气之高昂，战斗力之强不可让人小视。此时明军虽也是奋力冲杀，但终究未能抵挡对方的凶猛进攻。更糟糕的是清兵以吴三桂为目标，竟将他包围起来，吴三桂率部拼命冲杀，却始终无法突围，还好在关键时刻刘肇基及时援救，才使他脱离险境。明军且战且退，一直退到杏山城下，清军怕中埋伏，不敢恋战，逐回撤。明兵先前已吃了些亏，亦不敢追击。此战明军伤亡约千人左右，参将李得位，副将杨伦、周延州被清军俘虏，当场被砍了脑袋拿回去请功，尸身被清军遗弃在战场上。好在此役清军伤亡不比明军少，明军这一仗算是打了个平手，值得一提的是此次与明军交手的是清军精锐中的精锐——皇帝的近卫军，参考明清多年的交战史，这次打成这样明军也算不错了。
这一年的七月间，皇太极又对锦州这座军事重镇产生了浓厚的兴趣。早在三月间，他便派遣济尔哈朗与多铎为左右翼主帅，率部进驻锦州北约90里处的义州，为夺取锦州做好准备。他们一面筑城，一面屯种，与此同时，不断派兵骚扰锦州地区，锦州地区的军事形势开始变得日益严重起来。这次清军的行动引起了朝廷的高度重视，急令各督抚做好备战准备工作。辽东巡抚与吴三桂、祖大寿、刘肇基等人商议对策，蓟辽总督洪承提出对付清兵不能一味的防守，要守攻兼顾，才能守得住。战也不能一味的猛打猛杀，应采取多种作战方式，如奇袭、伏击等，才能见效。这一方针，成为此次明军作战的主导思想。
在这一方针指引下，明军一反常态的开始对清兵主动出击，展开多种形式的进攻。七月八日夜，吴三桂指挥步、骑兵约五百余人奇袭锦州附近的清镶蓝旗营地。清贝子罗托等人在毫无准备的情况下仓卒率兵出战，双方在夜色中展开一场厮杀。吴三桂的作战意图很明确，就是对清军进行骚扰。当将大批清军引出后，吴三桂便引兵撤退。清军一时摸不清明军的底细，怕中埋伏，不敢追赶。据考证清军资料：次日他们打扫战场时候见战场留下八具尸体，和九匹马。此次战斗明军伤亡极小，作战时间也很短。但却迫使清军移营，吴三桂用极小的代价达到了他的目的。
八日夜袭清军之后，蓟辽总督洪承畴会同吴三桂、东协总兵曹变蛟、援剿总兵左光先、辽东总兵刘肇基商议，准备再次组织一次对清军的进攻。为了此次行动另调山海关总兵马科率部助战。
十日夜，吴三桂、曹变蛟等各挑选数十员勇将，带领精锐骑兵进至离杏山城十里的山洼地埋伏，并派出哨探在周围山上潜伏瞭望。
第二天（十一日）晨，吴三桂率领副将以下将官五十余人从杏山城出发，骑兵冲锋在前，步兵持火器殿后，以备堵击。这时，担任侦察任务的大拨都司张成报告，清军两万余人从汤河子向西南奔来。吴三桂闻讯，即亲率副将于永绶、张鉴等领骑兵飞驰至五道岭，与事先埋伏在这里的明军会合。清军此时也已发现明军，他们向五道岭疾驰而来，直抵张官屯。这支清军实力非同一般，由和硕睿亲王多尔衮、和硕肃亲王豪格、多罗饶余贝勒阿巴泰等统领。他们根本没把明军放在眼里，战斗一开始清军就如蜂群般疯狂进攻，吴三桂毫不示弱，一声令下，以逸待劳的明军呐喊着发起冲锋。开战初期，清兵暂时失利，退至夹马山，明军官兵飞驰夹击，吴三桂挥军冲杀，兵士皆胆勇倍奋，士气益鼓，加上炮火轰击，枪箭交加，激战数回合，清兵便伤忘惨重。明军这一仗打得那叫一个痛快，为了争得功劳，明军士卒们纷纷下马割死伤清兵的首级。吴三桂此时并没有被胜利冲昏头脑，他发现山头上还有大量清军骑兵，估计这是清军的接应部队，他担心部下忙于割首级误事，急下令：不许下马，此战评功不用敌人脑袋，只以冲锋陷阵砍杀为功。见山下明军如此英勇，自己的部队却逐渐溃败，在山头接应的清军不敢出战，狼狈的赶着收尸车向北逃去。
崇祯十四年（1641年）初，清军再次发动对锦州的围攻，逐渐形成对锦州的包围之势。明军担心锦州被围后，一旦缺粮，便无法坚守下去，这件事让朝廷和前线将士都万分焦急。蓟辽总督洪承畴与辽东巡抚丘民仰、吴三桂等商议，决定冒险向前方运粮。此时正逢春节，他们预想清军必想不到明军在此会有所动作，吴三桂在正月初二、初三这两天，以牛骡驴车等共计三千四百辆，装米一万五千石向前线出发。这次行动很成功，他们躲过清兵于次日中午，安全到达锦州，当即开始卸粮食，至当天晚上二更时便全部卸完。八日，空车又顺利地返回宁远。直到初九，清军才发现明军动向，出动两万余骑分为四股追击，由于遭明军炮击，清军未能得手。
吴三桂在冒死运粮这件事上，显示出他的胆略远在其他将领之上。在其他将领视运粮为吃力不讨好之事而互相推诿时，他却敢于承担责任，冒死一试，且一举成功，因而受到朝廷和众将领的赞扬。由于锦州得到了给养的补充，坚定了全城将士守城的信心，此后虽长期被清军围攻，但他们却坚守了下来。大家看到这里可能会奇怪，吴三桂一向很聪明，为什么这次却揽下这苦差事？其实这也很好解释，正因为吴三桂的聪明，使他看出运粮这种吃力不讨好的事是没人肯做出头鸟去做的，到了最后无非就是上头硬派个人去执行，但他对自己的同僚实在太了解了，这些人既没有这个能力也没有这个胆量去干这趟事儿，可如果军队断了粮大家都得完蛋，所以权衡再三吴三桂才自告奋勇的包下了这活儿，再说这次若是成功了，他也会得到朝廷的重视与赏识同时还能在军队这个很看重资历的地方树立起自己的威信来。
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