当“巴巴罗萨行动”开始后，大约５００万苏联犹太人由于战线的推进而落入德国的控制之中。为了能更有效的清洗和发现犹太人，“特遣部队”被各指挥官划分成“特遣小组”，每个小组差不多相当于军队的一个连。这些小组在军队的后方，当德军把苏军赶出城镇和村庄以后，他们马上就进入该城市，包围居民目标－犹太人和ＧＣＤ当地领袖－抓捕行动是依靠当地奸细提供的情报和军队事前准备的名单进行的。
一旦“特遣小组”把受迫害的目标集中起来以后，便把他们赶到当地人看不见的随便一个地方执行枪决。几百人、几千人的犹太人社区在一天之内就会被屠杀得干干净净；在一些比较大的城镇例如立陶宛的维尔纳，犹太人在当地有５７０００人之多，这些犹太人先是被不分青红皂白地赶到临时聚集地，然后再把他们分成Ｎ个小组，之后就十分轻松地把他们分批押往行刑地点；那些运气好能逃过第一波次屠杀的犹太人往往遭到接踵而来对占领地区实行土地管制和再分配党卫军清洗。
在很多地方，德国人进行的疯狂种族大清洗这项任务庞大艰巨的“事业”得到了当地反犹太人集团的帮助，他们不仅仅帮助德国人围捕犹太人，而且还异常积极地参与屠杀。在隶属于德国北方集团军群的Ａ“特遣部队”抵达立陶宛的考纳斯时，当地的亲ＮＡＺＩ政党正配合德军同苏军进行激烈地交战；但苏军被迫从该城市撤退以后，德军“特遣部队”指挥官劝说当地的亲德国地方长官协助德党卫军一同围剿犹太人。党徒们作出非常狂热的回应，在短短２天以内他们就杀死５０００名犹太人。在其它波罗的海国家和乌克兰的许多地区，当地向德军投降的警察、民兵、准军事组织成群地参加到“特遣部队”的屠杀行动中，充当屠杀的帮凶。
的军事推进和突然袭击令犹太人防不胜防。他们在毫无准备、没有武装的情况下被德国党卫军突然包围，根本不可能有机会进行抵抗。此外，至少在这次行动的开头几周的时间里，犹太人不仅被这种残忍攻击吓傻了而且还震惊于德国人竟然会干出这种令人发指的行为。历史上，俄罗斯犹太人一直认为，与他们自己所居住的这片土地上的中世纪式的宗教仇恨相比（犹太教与东征教徒有漫长的宗教矛盾），德国是文明和文化的圣地。结果就是许多没有疑心的犹太人－尤其是那些老年人，他们居然还很温馨地记着第一次世界大战期间德国人占领沙俄土地时所表现出来的礼节和文明－相对于简单残暴的苏联镇压式管理。他们还有些期待德国人的到来。
于是，一位切身体验的党卫军军官在给上级的报告中说：犹太人在很大程度上根本不知道我们对待他们的态度。他们不知道犹太人在德国、在波兰的遭遇，他们只知道只要他们管好自己的事。埋头努力地Ｇ作，我们就会让他们安宁地生活。在很多的情况下，“特遣部队”马上利用这一心态的犹太人，直到最后一刻才原形毕露。有时，当他们来到某个城镇或者村庄时，他们会与当地的犹太人领袖“拉比”取得联系。受过高等教养的德军军官会十分礼貌地请求犹太人自愿从事一些工作，当然、在话语里会用上恐吓的词。犹太人自然就会顺从，接着德军就会把这些志愿者押解到另一个地方杀掉，第二天再回到这个犹太人领袖处骗走更多的人。在大多数情况下，德军士兵会把犹太人赶到一个集中地点，然后将他们分成一批一批的小组，先后押解到屠杀地，每次只带走少量的人；党卫军士兵事前接受过专门训练，个个保持镇定和友好的表情，尽量不让这些犹太人感到恐慌。在屠杀场，党卫军会事先挖好坟墓，有时弹坑和反坦克壕沟也可以用作墓地。不过，到了后期，党卫军士兵更会把铁锹发放给犹太人，让他们自己去挖坑；当坑挖好以后，军官会命令他们排成队形站在墓坑的边上，再交出身上的钱财和物品，在最后射击以前，命令他们脱光衣服－这么做既是为了获取他们身上全部的物品，更是为了进一步削减他们的反抗意志。然而，有不少军官不赞成采用单个枪杀的射击方式。他们主要是认为：对于行刑官而言，心里负担太大也太重了。
有很多屠杀行动并不似按照德军的高效率和高度集中方式进行的。尤其是那些党卫军的帮凶，他们的手段比较德军是有过之而无不及。党卫军中士兰道在４月的一份周记里记载了那时他所见到的恐怖场景：我们当时坐车前往德罗格比奇市的监狱，整个城市仿佛变成了屠宰场；在街道上到处充满了血腥味。成百上千的犹太人、有的脸上淌着血、有的脑袋上带着枪眼、有缺胳膊少腿的、有眼珠鼓出来的；他们都在我们的面前奔跑着；其中还有一个犹太人抱着另一个快要死掉的犹太人在拼命地逃跑。在这里，我们没有什么语言可以形容，两个立陶宛警察站在监狱大门口，手里拿着一根粗大的木棒毫不犹豫地对押解到监狱的犹太人进行疯狂的抽打。上帝作证，浑身是血的犹太人一个又一个的倒下。我们党卫军的士兵在一边观看。那些逃的快的人，他们的命运更是嘲，立陶宛警察像猎人追猎猛兽一般从后面驱车赶上，用枪击毙。
灭绝的钟声已经敲响。在远离一切屠杀、折磨的柏林，莱因哈特．海德里希从他的“特遣部队”军官那里收到的只是血迹已干的战地书面报告，１９４１年６月１２日的ＲＳＨＶ－ＩＶ－Ａ－１苏联第９４号行动报告：在平斯科的屠杀中有５５００名犹太人被杀死。另一份ＲＳＨＶ－ＩＶ－Ａ－１苏联第５０号行动报告中标注：在立陶宛有７５０００名犹太人被杀死。尽管报告的内容十分简短，它们却揭露了一个事实：在东部新征服的土地上，开头的６个月所杀戮的犹太人数目总量超过了第三帝国在以往所有年份里杀戮的犹太人总数。
１９４１年５月３１日第三帝国党卫军总司令海因里希．希姆莱宣称：“我们军事行动的最后结果就是确保未来东方新开扩的土地上将不再会有犹太人。”
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