十二月初一，他在宁远学宫召见方吉纳和温塔什，一方面表示了愿意议和的意向，另一方面则以来信“犹书大金国”不合礼制而封还。随后，又上疏将详情奏报朝廷。
宋世英从沈阳回到宁远之后，已经向袁崇焕作了详细报告。其后又收到了刘兴祚托“悦来酒楼”转来的信，详细说明了皇太极的“借间用间”之计。所以，在袁崇焕召见方、温二使之后，宋世英不禁又平添了不小的担心，因之也多次提醒袁崇焕，要他注意刘兴祚信中所说的话：“切莫为款所愚”。
对此，袁崇焕也作了明确的表示，他说：“我何尝不知皇太极在借间用间，可是——敌以款愚我，我亦以款愚之也。不是常说‘机不可失，时不再来’么？我们务必要抓住这一时机，把练兵、筑城和屯田这三件事办好了，也就会变被动为主动，不再象过去那样老是挨打了。而从此也可能由固守渐渐到打野战，就有了一个好的开头呢。”
何可纲也曾劝道：“小心无大差！与鞑子议和毕竟是件大事，一步走错则全盘皆输。即便大人一步不错，也会遭忌的。况且，大人又不是那个手握权柄的大太监圈子里的，朝廷上不知有多少人都正在瞪大两眼看着大人——大人，一定要三思而行、小心再小心……”
袁崇焕慨然答道：“款之为言缓，所以缓彼而急我。为了站稳脚步，从守住宁远到收复失土，还有许多事要做。现在好不容易才有了这个机会，我们一定要抓住不能放过。曾子曰：‘朝闻道，夕死可也。’——为了守辽复辽大局，就是日后果真遭忌，我也认了！”
袁崇焕与皇太极之议和从此正式开始。
天启六年（金天命十一年）十二月二十八日，方吉纳、温塔什回到沈阳，向皇太极报告袁崇焕愿意议和的意见。皇太极当即召代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒共议复书之事同时也决定了兵犯朝鲜的具体日期。
天聪元年（明天启七年）正月初八，就在阿敏率大兵进犯朝鲜并掩袭东江毛文龙的同一天，皇太极又派方吉纳、温塔什二人出使宁远，送信给袁崇焕，提出了索钱索物的议和条件。在这封信里，皇太极仍然写着“大金国”字样，只是将“皇帝”二字改成了“汗”字。
这一次，袁崇焕依旧封还原信，“令易去年号，遵奉正朔，与代题。”随即又向朝廷上疏，奏报方吉纳、温塔什第二次来宁远的详细情形。
自此直到二月底两个来月的时间里，皇太极惟恐议和破裂，便一再改写致袁崇焕书信的格式。直到第三次，袁崇焕方才拆阅，同时复信指责皇太极“言不由衷”借议和而称兵朝鲜，且遵旨提出议和条件：“今若修好，城池地方作何退出？官生男妇作何送还？”并针对皇太极信中所提出的议和条件驳斥道：“若书中所开诸物，以中国财用广大，亦能靳比，然往牒不载，多取违天……”
皇太极当然知道议和难以继续。但因出兵朝鲜尚无结局，又担心袁崇焕乘机出兵，所以特别加强了辽河一线的防备。
其间，袁崇焕也曾奉旨以水师增援东江、并派赵率教等领兵九千先后逼近三岔河而作牵制之势，但毕竟为时已经太晚——因为鞑子兵连战皆胜，他们的恶行已经接近尾声了。
三月十四，阿敏威服朝鲜、逼退毛文龙的捷报传到盛京，喜不自胜的皇太极随即变了脸，他于四月初八复信袁崇焕，指责袁崇焕提出的条件“是不愿讲和，有意激我之怒……”甚至反咬一口，说袁崇焕“诡言修好，仍遣哨卒侦视我地，收纳逃亡，逼处近界，修葺城堡，是尔之言不由衷也。”
皇太极的目的达到了，于是决定停止遣使——他的这封信也由袁崇焕此前派往沈阳的使者顺便带回宁远，双方的这一次议和由此而中断。
于是，从天启六年十月以后的半年时间里，就出现了这样的结果——议和：袁崇焕和皇太极都有自己的如意算盘，袁崇焕有了练兵、筑城和屯田的宝贵时间；皇太极呢，却抓住了出兵朝鲜的一个大好机会。
因为袁崇焕出兵援朝已为时太晚，朝鲜与鞑子业已结为“兄弟之邦”、东江的毛文龙也从此退居海岛，于是也便有了朝廷上的人言汹汹。
袁崇焕不得不屡疏申辩，但他不仅没有退缩一步，而且更加坚持自己主守的主张：
……关外四城虽延袤二百里，北负山，南阻海，广
四十里尔。今屯兵六万，商民数十万，地隘人稠，安得
所食？锦州、中左、大凌三城修筑必不可已，业移商民，
广开屯种，倘城不完而敌至，势必撤还，是弃垂成功也。
故乘敌有事江东，始以和之说缓之。敌知，则三城已完，
战守又在关门四百里外，金汤益固矣。
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