宁远战后，袁崇焕不仅对“主守而后战”的战守方略更加信心十足，而且开始在更深的层次上考虑问题了。
大明立国二百多年来，边患最重：被称为“北虏”的元朝残部及其后后裔退居塞上，从长城北不断向内地袭扰；在辽东的女真部落壮大之后，特别是努尔哈赤异军突起，很快就取代了蒙古而成为大明的腹心之患——显然，辽东之得失，直接影响到大明江山的安危。
在袁崇焕的心目中，大明在辽东的军事战略总体上经历了四个阶段的变化：
第一阶段，时间大约从大明初期到万历朝初期，为辽东稳定发发展阶段。从太祖高皇帝朱元璋、太官运亨通朱棣逐步建立对辽东的统治，到隆庆朝李成梁经略辽东二十二年，可以说辽东达到了“全盛”。在此期间，李成梁采取战守相结合的战略，一面防守，一面经常主动出塞作战，以战固守，而且师出必捷、威震绝域。正所谓“边师武功之盛，二百年未有也。”
第二阶段，从万历中期到萨尔浒之战，近三十年间大明基本上采取以守为主的战略。万历十九年，李成梁解任，此后十年辽东“八易大将，戎务尽弛，战守无资，辽事大坏。”万历二十九年，李成梁第二次出任辽东总兵官——是时努尔哈赤已起兵复仇，势力方张；而大明的统治则日暮途穷、江河日下，李成梁在辽东八年的残暴统治归结为是加速了大明对辽东统治的瓦解过程。
在辽东形势日益恶化的情势下，熊廷弼于万历三十六年巡按辽东，他针对“边将好捣巢，辄生衅端”的任意胡为，提出了“防边以守为上，缮垣建堡”的战略，也就是以城堡和墙垣作为固守的依托。这一战略得实施，也的确对辽东当时动荡的形势暂时起到了一定的稳定作用。
第三阶段，从萨尔浒战役结束到辽、沈相继陷落，辽东军事形势急转直下，大明战略为之一变。萨尔浒之战明军的惨败，一扫朝廷的傲慢与自大心理，却又立刻转向另一极端，变得惊恐、紧张甚至措手不及。努尔哈赤则乘机进军，一举再下开原、铁岭。这时候，大明朝廷又急忙起用被斥回乡的熊廷弼，前往辽东主持大计。面对辽东新局势，熊廷弼认为：“始下清、抚，譬火始燃；三路复师，厥攸灼矣；开、铁去而游骑纵横，火燎于原；今且并窥辽、沈，遂成不可响弥之势。”在开、铁也换守之后，明军气馁，民心慌乱，无力攻战，熊廷弼因此而主张紧守。他说：“顾以此时温谈进巢之事，何敢草草，似又不如分布险要，以守为稳者，何也？守正所以为战也。”他主守的主张很快就收到了效果，辽东仅“数月守备大固”。
然而，朝廷无休止的党争祸及到了熊廷弼。朝廷权贵全不知兵，催他马上出发以求速战速胜。熊廷弼据理驳斥，反倒激起了更猛烈的围攻，他们攻击他“出关逾年，漫无定画”。遂加以种种罪名，甚至宣称：不罢斥熊廷弼，“辽必不保”。结果熊廷弼第二次被排挤去职，代之以不知兵的袁应泰。袁一上任便一反熊廷绯主守的战略，在毫无戒备的情况下妄自出战谋取抚顺。不料反遭努尔哈赤暗算，且在不到十天的时间里，连续攻占沈阳、辽阳，“河东十四卫生灵尽为奴属。”
第四阶段，从辽沈之战到广宁之役，这一阶段时间不长，但明朝内部围绕战守方略的争斗更加激烈，战局的变化之在也更非人们所预料。努尔哈赤攻占辽、沈，气势汹汹大有席卷全辽之势。危急时刻，朝廷再一次起用熊廷弼经略辽东，同时又任命王化贞为广宁巡抚，力图保住辽河以西的疆土。
但是，熊王二人为战守发生了激烈争执。熊廷弼主守，提出了一套防御战略，即“三方布置策”：一是设重兵于广宁，迎击建虏主力；二是在天津、登、莱置舟师，从海上牵制；三是以山海关为适中之地，节制三方。等各镇兵马大集，三方并举衽战略反攻。但王化贞主战，他不顾当时的实际情况和主客观条件，也不管是不是可能，竟向朝廷请求：“愿以六万兵一举荡平胡虏！”甚至许下诺言：“仲秋之月，可高枕而听捷音。”王化贞战了上风，致使熊廷弼的战略无法得以实行，关于辽西的战守自然也就处于混乱状态。
努尔哈赤因此又有了机会，大举进军河西，先战西平堡，接着围点打援，致使广宁十几万大军惨败，王化贞弃广宁逃跑，遇熊廷弼于大凌河，尽撤关外明军，悉焚积储，护溃逃兵民入关。努尔哈赤则轻取广宁，又遣军追到锦州，而其游骑更是远到宁远、前屯，几至山海关下。（明朝军事形势及战略的演变详见辽宁大学历史系孙方良、吉林省社会科学院历史所李治亭著《论袁崇焕的军事思想》）
基于对辽东军事形势演变的清醒认识和讶研判，以及在熊廷弼和孙承宗力主防守的基础上，袁崇焕逐步形成了“主守而后战”的思想，他坚信自己“主守而后战”的思想是正确的，并陆续将其归纳为四项内容：一，坚守关外，以守为攻，步步推进；二，以辽人守辽土，以辽土养辽人，且守且战，且筑且屯；三，守为正著，战为奇著，和为旁著；四，法在渐不在骤，在实不在虚，坚决反对轻敌速胜的妄说、反对玩师轻进的盲目。
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