首战告捷，皇太极大喜，他知道这将对漠南蒙古诸部产生深刻影响。
四月，敖汉部琐诺木杜稜、巴林部贝勒塞特尔、台吉塞冷、阿玉石、满朱习礼等率众归附建州。
五月，皇太极闻顾特塔布囊部自察哈尔逃至蒙古阿喇克绰忒部，凡遇归降建州者，便辄行截杀。遂命贝勒济尔哈朗、豪格率军攻打该部，擒杀顾特塔布囊，尽收其民，俘获人口驼马牛羊以万计。
明蒙关系也由此开始恶化。
恶化的诱因是五月间发生的新平堡事件：因林丹汗的亲信贵英恰入边讲赏被明将所杀，林丹汗遂围攻大同。此时，明朝御史李柄与之谈判，以重新东归辽土为条件，恢复其全部市赏。
六月，“锐精边事，欲矫时弊更辙”的崇祯帝拒绝了御史李柄与林丹汗的谈判结果，并“以市赏徒耗金钱坠军实”即款插无用及“卜素没”为由而尽革其赏，而且态度强硬坚决，“虽边吏屡为插汉请，竟弗充”。这样就加速了蒙古各部归降建州的步伐。
七月，漠南蒙古诸部落事态的发展和崇祯帝的决绝态度更加出人意外：“塞外诸夷以苦饥请粟，崇祯帝不许。初，广宁塞外有炒花、暧兔、贵英诸部，蓟镇三协有三十六家守门诸部，皆受明朝抚赏。建州虽强，其势未大合。至是，中外迎上指，谓俱通建州，尽革其赏，诸部皆哄然。会塞外饥，请粟，崇祯帝坚不予，且罪阑出者。于是（漠南）东边诸部落群起扬去，尽折归建州。”
不久，喀喇慎部及其别属即遣使团到沈阳，与建州谈判议和，结成联盟，共同攻打林丹汗。
哈喇嗔部归附建州后，明廷又从蒙古内部纠合反对林丹汗的部落，“召永邵卜诸部抗插”，然而其心难收，收效自然不大。
漠南蒙古诸部依附建州，大明朝北边的一道屏障从此消失，山海关以西至宣、大一线就直接暴露在虎视眈眈的建州面前了！
这一年的九月，林丹汗与右翼在埃不哈发生决定性的战役，击溃了卜石兔、永邵不、鄂尔多斯三部联军——至此，林丹汗西迁基本上告一段落。
明廷、建州与漠南蒙古察哈尔部，三者都想或者曾经想在辽东有所作为。而建州势力的扩张，直接威胁着明廷和察哈尔。察哈尔部的强大，也妨碍建州征抚漠南蒙古诸部。对明廷而言，将察哈尔部与建州作比较，对其威胁最大的敌人当然是气势咄咄逼人的建州。正因为此，在明廷、建州和察哈尔部的鼎足矛盾中，明廷与建州的矛盾应当是主要的。建州为了对抗明廷，必须先征抚察哈尔部；而明廷为了对付建州，便要利用察哈尔与建州的矛盾，同察哈尔部联合抵抗建州的进攻。
因此，对林丹汗的西迁之举，明廷应当极力阻止。但其作法，却又特别让人失望，尤其是让漠南蒙古的许多部落失望了——林丹汗西迁之前，漠南蒙古诸部就曾经要求明廷出兵阻止，但明军却没有任何动作；而在林丹汗西迁并肆意攻击右翼蒙古诸部之后，明廷对其也没有采取有力的惩罚措施。于是，受林丹汗攻击并对明廷失望的蒙古诸部，只有明里暗里转投建州、与之联合对付林丹汗。而且在开初，他们还都持一脚踏两船的态度：一方面向明朝求赏、一方面投靠建州。
总之，明朝不积极招抚漠南蒙古，而林丹汗西迁对漠南蒙古诸部的压迫也日渐加剧，这两个原因促使一些蒙古部落最终倒向了建州。
很明显，林丹汗西迁的后果是极其严重的——
首先，察哈尔以及喀喇慎别属朵颜三十六家等漠南蒙古部落对明朝来说，是其北部屏障。林丹汗自行撤离辽东西迁，严重损害了明朝的战略利益。对建州来讲，来自侧面的压力大大减轻，从此可以绕过山海关由蓟州方面直接威胁明朝的京畿地区。虽然后来明廷认识到了这一点，仍然给予林丹汗以右翼市赏，但实际上已经不再存在什么明蒙双方的联合对抗建州的问题了。
其次，林丹汗也就这样于无形之中失去了明朝方面的支持，从而在外部也彻底被孤立。没有了外援，内部又一哄而散离开了他这个全蒙古的共主，林丹汗最终也只能做一个孤家寡人了。
第三，林丹汗西征的唯一受益者是建州和皇太极。由于察哈尔西撤，战略上三方面相持的局面被打破。从此，建州既可以无所顾忌地进攻明朝，又可以追击蒙古，掌握了整个战局的主动权。这是林丹汗错误决策的最严重的后果。
同时，林丹汗对内部的武力进攻，再一次将大量的蒙古部落推入建州的怀抱，从而大大加强了建州的力量。
（自天聪二年二月一征林丹汗后，皇太极又有二征、三征。三征之后，林丹汗后病死甘肃大草滩。天聪九年四月，在鄂尔多斯托里图地方，林丹汗长子额哲与其母苏泰福金归降，并献上元代传国玉玺“制诰之宝”，其溃败四处逃散的察哈尔部众随之也纷纷归附后金。至此，皇太极完成了对漠南蒙古的统一，消除了来自西边蒙古对后金的威胁。从此后金先后五次假道蒙古犯明，都避开了明军的宁锦防线，并以蒙古骑兵为响导，肆意对明境腹地进行蹂躏，实现了努尔哈赤“砍大树，扶两翼”的战略构想——林丹汗西迁原因、经过及其后果的分析详见内蒙古大学历史研究所希都日古著：《试论林丹汗西征的后果及其败亡》刊载于《内蒙古社会科学》1999年第2期）
建州所面临的重重危急就这样在林丹汗西迁前后于无形之中被化解了，皇太极从从容容地走出了困境。
不仅如此，皇太极还有意外之喜：由于林丹汗的那么一打和明朝皇帝的那么一推，他只是这么轻轻地一拉，漠南蒙古的许多部落便已经收到或者即将收到自己的菜篮子里——先汗扶两翼的构想说了这么多年、也做了这么多年，似乎成效甚微。可如今，只有不到两年的时间，就要在他的手里实现了。
在皇太极心底，如何不感谢林丹汗？如何不感谢南朝皇帝？
是他们成全了先汗和他自己啊！
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