在刘备病故后，诸葛亮就回到成都，辅助刘禅即了帝位，历史上称为蜀汉后主。
刘禅即位后，朝廷上几乎所有的事，都是由诸葛亮来决定。诸葛亮兢兢业业，治理国家，想使蜀汉兴盛起来。没料到南中地区（今四川省大渡河以南和、贵州一带）几个郡倒先闹起来了。
益州郡有个豪强雍闿，听到刘备死去的消息后，将益州太守谋杀，发动叛变。他一面投靠东吴，一面又拉拢了南中地区一个少数民族首领孟获，叫他去联络西南一些部族起来反抗蜀汉。可是，当时蜀汉刚遭到猇亭大败和先主死亡，顾不上出兵。诸葛亮一面派人和东吴重新讲和，稳住了这一头；一面奖励生产，兴修水利，积蓄粮食，训练兵马。过了两年，局面稳定了，诸葛亮决定发兵南征。
公元225年，诸葛亮为了巩固后方，就率领军队南征。正当大功告成，准备撤兵的时候，南方彝族首领孟获，纠集了被打败的散兵向蜀军袭来。诸葛亮先前就知道，孟获不但作战勇敢，意志坚强，而且待人忠厚，在彝族中极得人心，就是汉族中也有不少人钦佩他，因此，决定把他争取过来。
诸葛亮善用计谋，在蜀军和孟获军队交锋时，蜀军故意败退下来。孟获仗着他人多，一股劲儿追了过去，孰不知，这是蜀兵设的埋伏。结果南兵被打得四处逃散，孟获本人被活捉。
按说，擒拿敌军主帅的目的已经达到，敌军一时也不会有很强战斗力了，乘胜追击，自可大破敌军。但是诸葛亮考虑到孟获在西南夷中威望很高，影响很大，如果让他心悦诚服，主动请降，就能使南方真正稳定。不然的话，南方夷各个部落仍不会停止侵扰，后方难以安定。诸葛亮决定对孟获采取"攻心"战。
孟获被捉到之后，本来认为自己要被诸葛亮处死，所以就对自己说，死也要死得像个好汉，不能丢人。但出乎所料的是，诸葛亮亲自给他松绑，好言劝他归顺。孟获不服这次失败，傲慢地加以拒绝。谙葛亮也不勉强他，而是陪他观看已经布置过的军营，接着又特意地问他：“你看这军营布置得如何？"
孟获傲慢地说："以前我没弄清楚你们的虚实，所以败了。今天承蒙您给我看了你们的阵势，我看也不过如此。像这样的阵势，要打赢你们也不难。"
诸葛亮听了他的话并没有多作解释，笑了笑，就放孟获回去了。孟获被释放以后，逃回自己部落，重整旗鼓，又一次进攻蜀军。但是他本是一个有勇无谋的人，哪里是诸葛亮的对手，第二次又乖乖地被活捉了。诸葛亮劝他，见孟获还是不服，又放了他。
孟获第二次被擒之后，不敢再鲁莽行事。他带领所有人马退到沪水南岸，只守不攻。蜀兵到了沪水，没有船不能过去，天气又热，困难重重。诸葛亮因此下令造了一些木筏子和竹筏子，一面派少量士兵假装渡河，到河心一碰到对岸射来的箭，就马上退回来，随后再去渡河；一面将大军分成两路，绕到上游和下游的狭窄处，渡过河去包围孟获据守的上城。结果，孟获再一次被擒。
虽然孟获已被擒住三次，可他没有一丝要服气的意思。虽然他不服气，但诸葛亮还是没有杀掉他；款待他后又放他回去。将士中有人对诸葛亮的这种做法非常不解，认为他对孟获太仁慈宽大了，诸葛亮向大家解释说：“靠武力往往压而不服，这样才是心悦诚服。我军要彻底平定南方，必须重用孟获这样的人。要是他能心悦诚服地联络南人报效朝廷，就能抵得上十万大军。现在你们辛苦些，但收服他以后，就再也不必到这里来打仗了。”
像这样又放又捉，一次又一次，一直把孟获捉了七次。到了孟获第七次被捉的时候，诸葛亮还要再放。孟获却不愿意走了。他流着眼泪说："丞相七擒七纵，待我可说是仁至义尽了。我打心底里敬服。从今以后，不敢再反了。"
孟获回去以后，还说服各部落全部投降，南中地区就重新归蜀汉控制。后来，诸葛亮任命孟获为蜀汉官吏，不留汉官，让孟获他们自己管理自己。孟获以后忠于蜀汉，南方一带彻底安定了。
诸葛亮以攻心为上，不惜"七擒孟获"，费了大番的周折，其目的是要南方彻底臣服于蜀国，让他的北伐无后顾之忧！只要孟获臣服，让他治其民，既保障了南部的稳定，又免去了治理的难度，七擒孟获之事充分表现了诸葛亮是个攻于心计，善于用人，善用谋略之人，也是诸葛亮超人的学问才华的具体表现。这一点非常使人佩服。诸葛亮"七擒孟获"的故事也被人们传为佳话。
诸葛亮是个有野心的小人？
公元223年，蜀汉昭烈帝刘备遭遇到一系列重大挫折，东部咽喉重镇荆州在曹魏和东吴的攻击下被夺取，随之后而来的是，情同手足的心腹大将关羽、张飞接连身亡，他亲自带军出征却在夷陵之战中大败而归，最终病故于白帝城。
对于白帝托孤这个观点，其实也不是那么可靠的。
诸葛亮，作为一个在乱世之中奉行法家申韩之术的人物，其面目绝非像一直以来文人骚客们所描绘的那样谦恭，而是一个懂得时刻要牢牢把持权利和实力，关键时刻对任何人都绝不手软的政治家，包括对其第二个主子刘禅以及朝野上下的大臣、百姓在内，莫不如此。
熟悉三国的人都知道，弥衡被孔融推荐给了曹操。然而其与曹操会面时，一段粗俗不堪却被后世击掌赞赏的言语辱骂曹操的将军和军师，足可以暴露出他一味妄自尊大而表现出来的实质上的粗鲁。没有一个头脑正常的人会把自己与孔子、孟子相提并论，而弥衡却脸不红心不跳地做了出来。
诸葛亮同于吉、弥衡之辈似乎相距甚远，但起初他与南阳诸友对群雄割据的世道提出了严肃地批评，因为当时他们都是隐居之士。他们的世界与官僚世界一向都是格格不入。古代文人为事务所累时，就非常向往他们这样的世界，当徐元直提出让孔明辅佐刘备时，诸葛亮反问了一句使人联想到了庄子的话：君以我为享祭之牺牲乎？拂袖而去。他仿佛非常不情愿离开这块隐居之地。
但是，蛟龙终非池中之物，诸葛亮这个非常杰出的有识之士，也只能为个人奋斗的召唤所吸引。他早就自比管、乐，众人也都承认他的盖世才华。有人把孔明对刘备来访缓慢的反应，看作是他作为抬高自己身价和赢得未来主公完全信赖的精心准备。然而，对于知道生不逢时的诸葛亮来说，他的确不愿出山开始自己的戎马生涯。因为不得其时，不管怎么尽力都无法改变历史的历程。而诸葛亮之所以同意辅佐刘备，很大程度上是被刘备的诚挚所感动。作为现实生活的一个人，他深知自己既不能为曹操所信赖，亦不能被孙权所重用，因此在刘备再三恳求下，他担负起了通过刘备合法地承继汉室以复兴汉朝这一重任。
在诸葛亮辅佐刘备的日子里，他非常尊重刘备，在后来靠着出色的才智，料事如神，捷报频传，逐渐累积起他在军中的威信，在占荆州、攻西川上与刘备相左，后又在关羽之死的态度上出现分歧，这能够体现出他们之间的关系可能会发生爆炸的可能。本来诸葛亮一直奉行联吴抗魏的政策，由于关羽的行为使得蜀吴两国关系发生恶变，因此他认为时下应做得是恢复两国间的友谊，尤其是在孙吴已表示愿意做出巨大让步来弥补自己的罪过的情况下。而刘备呢，一心只想为被害的结义兄弟报仇，因此对于诸葛亮以国家利益为重、主张勿报私仇的忠告不予采纳。起倾国之兵攻吴，由于刘备轻视陆逊，不听马良等之谏，使陆逊火烧连营而得到惨败局面。而当诸葛亮看完马良带来的图本时，也只说"汉朝气数休矣！"他并没有分担刘备那种复仇的感情，而把这次的失败看成是对自己复兴汉朝希望的致命打击。
大家都知道，蜀汉政权的根基是由三个主要的势力集团组成：占主导地位的刘备嫡系荆楚集团，前益州刺史刘璋时期的东州集团，本地人为主的益州集团。益州集团从刘璋时期开始就没能在政治上占据大的舞台，一直处于一个陪衬的地位，所虑不大，这一点，我们从《三国志》的传记就可以知道，蜀汉就是除去王室成员，列传中本地人士才也十九人，大约只占了三分之一强，而且没有一个属于高层官吏，都是些下级官吏和侍郎一类的闲官。因此，需要注重的乃是荆楚、东州集团之间的问题。
在这之前，战略要地荆州的丢失，关、张败亡以及夷陵之战，这一系列的事件使得荆楚集团遭遇重大创伤。而这时刘备又一病不起，当然会想到自己身没以后，这三者之间的矛盾和蜀汉政权的巩固问题，同时我们也有理由相信刘备对诸葛亮并不是没有顾虑和完全信任的。
刘备召诸葛亮托孤，这样对诸葛亮说：“君才十倍曹丕，必能安国，终定大事。若嗣子可辅，辅之；如其不才，君可自取”，刘备既然以这种方式将话明说了，诸葛亮也只有以“涕泣曰：‘臣敢竭股肱之力，效忠贞之节，继之以死！’”这样的态度，来明确地表示他惟有尽忠而死也不会取而代之一途了。无论如何，当时候的社会中，他是怎么也不可能爽快地答应一声“好”的。但是如此一来，倘若日后刘禅昏庸而诸葛亮真的想要取而代之，那他就要先背上个辅佐不力，背主食言的骂名，在政治、舆论以及民心上都将背负“不臣不忠不义”的罪名，并因此导致师出无名而居于劣势。因此可以说刘备这话与其说是信任与托孤，不如说是对诸葛亮的一种先发制人的威胁策略，也可称作是无奈之下欲擒故纵的一种谋略。
还有另一位重要人物不得不提，他就是李严。在刘璋时期李严就是东州集团中的佼佼者。自刘备入主成都以后，他又屡次在战场上以少数兵力平定大规模的叛乱，充分表现了他的出色军事和政治能力。相比较而言，诸葛亮此前在政治和外交上展示了他的出众能力，可是在军事上并没有什么建树的机会，因此说刘备做出下面这个决定非常地明智：
“严与诸葛亮并受遗诏辅少主；以严为中都护，统内外军事”
其实，在刘备临终的前一年章武二年，李严就已经被提拔为了尚书令，在官阶上可与诸葛亮比肩。由诸葛亮照行丞相事，而李严则主掌内外军事，这样的分配正好能让二人互相制衡，以免任何一方坐大。而站在当时蜀汉政权的权利机构的构成和实力分配的角度来看，也有理由让我们相信，刘备要防备坐大的一方，绝非是当时不处在权利中心和主导集团领袖地位上的李严。在为期很短的一年多内，通过将李严从犍为太守地方长官的位置上提升到尚书令，并籍由其政治地位的上升以及原有的基础，人为地将李严制造成为了实际上的东州集团代表这一事实，充分表明刘备对李严更多的是笼络，而不是防备。刘备将这样一个快速提升起来、以前从未进入过权利中心的政治新秀李严，列为托孤重臣之一，并且命其“统内外军事”，再联系“君可自取”的言语，显然表达出自己要防备、制衡的对象无疑是诸葛亮。
从这一点也就说明了，诸葛亮是有野心的，刘备心里也非常清楚这一点，所以他想尽办法对他加以防备。
在诸葛亮逝世后，后人论及言孔明专权，在《蜀书。杨戏传》注引《华阳国志》有李邈上刘禅书中一句"亮身仗强兵，狼顾虎视；五大不在边，臣常危之。今亮殒没，盖宗族得全，西戎静息，大小为庆。"所谓"狼顾"即具有"非人臣"之相也。这也就意味诸葛亮久日必篡夺刘氏天下，自己坐上皇帝的位置。
诸葛亮与刘备君臣关系曾为世人称赞，然其似乎有不将后主刘禅放入眼里，在"诸葛亮安居平五路"一回中，他托病不出，后主亲临相府，在其背后站立许久方回头做大惊状。在邓芝入吴时将诸葛亮与孙权并立，后在吴蜀通信之时，孙权与诸葛亮亦是直接对话，而对一国之主刘禅去不曾提到。
北伐中诸葛亮未用奇谋的原因：若依魏延之计，诸葛亮即使奇袭长安得手，但不过二十日，魏军就会重新集结，全力反扑，蜀军必然要在关中同魏军主力展开殊死决战，若旷日持久，诸葛亮长期不能返朝主政，则恐大权旁落于他人之手。若一旦失利，蜀军损失惨重，诸葛亮不仅不能实现"自取"的图谋，甚至自己身处的职位也很保全。
看来被世人所称颂的诸葛亮也有其心怀野心的一面，怪不得刘备要对他加以堤防，否则他很有可能会真得谋权篡位也说不定。
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