这一阶段，王琦又招了1200名新兵，买马900匹。至此，王琦的军队人数已经超过万人。
汉灵帝光和三年（180年）十月五日，王琦决定，再次整编队伍，确定番号为第1军。任命赵云为军长，晋升为中将。任命杨修为参谋长，少将军衔。
第1军下辖第1骑兵师、第2步兵师、第3弓兵师，师长由颜良、高顺、张郃担任，军衔仍为少将。
第1骑兵师虽然已经有1100匹马，但是距离标准建制还差很多，不过以现有条件已经不错了。整编后，第1师有第一线骑兵1100人，后备骑兵500人，后勤兵400人，共2000人。
第2步兵师是目前唯一的整编师，全师共4000人，基本按照王琦设想的编制组成。鉴于张郃精擅弓箭，转任新建的弓兵师师长，第2师的师长由高顺担任，副师长为令狐翀，晋升为上校。原来的训练团和步兵团的士兵分别转入第2师或第3师，他们中的很多人已经担任了班长乃至低级军官。
在常山郡的武器库里，有1000张弓和10000只箭，有了这些武器，第3弓兵师得以组建。弓兵主要来自原属常山郡的士兵，由师长张郃负责训练。第3师有弓兵2000人，后勤兵500人。自从有了弓兵师，铁匠们又多了一项任务，就是铸造箭头。
此外，设立装备团、辎重团、医务团、兵工厂、军官学校各1个，共2000人，由赵云直管。装备团负责调配武器、防具，辎重团负责营帐、粮草、军服等，医务团负责治疗军中伤病，兵工厂负责制造武器，军官学校对军官轮训。
为了军令能够顺畅执行，王琦在军中统一数字和计量单位，把阿拉伯数字和公制长度单位、重量单位直接拿来使用，长度单位包括公里、米、分米、厘米、毫米，重量单位为克、公斤、吨。同时，阿拉伯数字和公制单位在常山郡治下强制推行。考虑到涉及面过广，用于称量用于交易的黄金的重量单位仍然维持原有单位，以两来计算，进制也暂时采用16进制。
王琦统一了计时方法，改12时辰为24小时，统一称呼为0点到23点。在军营里，建立多个日晷，刻度一律按照王琦的万国表标注。此外，还叫铁匠精心锻造了很多铁制移动日晷，用于在行军中掌握时间。
为了在军中传递信息，王琦招聘了一批铜匠，制造了一批军号。按照王琦的设计图，铜匠们绞尽脑汁，造出来第一批样品。这批大小不一、声调不一的样品呈到王琦面前，气得王琦乐出来了。经过王琦的指正，铜匠造出了第二批样品，这些号还算有点意思，不过还是达不到王琦的要求。直到第五批样品，王琦才选出了一把样品，让所有铜匠按此标准大量制造，配发到排。王琦又聘请了乐师，编写了起床号、冲锋号、集合号、用餐号等号令曲谱以及用来相互联系的标准号令，要求各部队的传令兵兼任司号手，统一参加培训。同时，还规定了军用旗语，和号声一起，要求所有军人能够正确辨别。
军法官由杨修担任，办公地点就设在了常山郡大堂。王琦和杨修、赵云等高级干部一起制定了军法条例。条例规定了若干死刑，如叛乱、杀死军人、投敌、私吞大量军用财务等。在东汉末年，军人破城后，烧杀抢掠、**妇女是很正常的事，在第1军的军法条例里，破天荒地禁止了这些行为，而且把杀死平民、大量抢劫财物、**妇女一概定为死罪。考虑到军人犯错误后打他军棍，打完了军人就要养伤，不能作战也不能训练，还得给他治伤，实在是不划算，干脆取消了肉刑。对于犯错误的军人，惩罚措施为禁闭、警告、记过、开除四等若干级，辅之以罚款和降级，尤其是罚款的惩罚，真是开古今之先河。为了体现公平性，军人犯同样的错误，级别越高，罚款越多。至于逃兵吗，王琦认为一般来说，以第1军军人的优厚待遇来说，不会有几个人要逃。而且，士兵如果要逃，定有不得已的原因。为此，第1军实行休假制度，在非战时，每个军人每年可休假两次，每次5天。军人休假不得携带任何军用装备出营，但可结算军饷。不过，对于携带武器、装备、马匹等出逃的逃兵，一律定为死罪。
第1军对所有官兵重新进行普查，每个军人都有文书官登记在案。登记的内容包括姓名、表字、年龄、所属部队、家庭住址、主要社会关系、个人履历等。和现代人口普查相比，主要的区别就是没有身份证号码和电话号码。第1军成立了档案馆，负责保存这些文件。每个军人随身携带一个木牌，绑在连环铠内。木牌上面写明这位军人的姓名、现任职务、所属部队。万一这位军人战死，这块木牌就用来辨明身份。
为保障全军战略物资的运输，由各后勤部队和各作战部队的后勤兵分别承运各自负责的物资。同时，采购物资的任务指定由装备团和辎重团根据采购目录分别负责。为了高效率运输，第1军定购了大量牛车和驴车。当然，最好是用马牵引车辆，但战马都不够，哪来拉车的马，只好用牛和驴。不过，牛太慢，驴力气小，于是，王琦为了解决拉车的问题，“发明”了骡子。
东汉末年，人们对煤虽然已经有所认识，但勘察、开采手段的落后，使煤的成本无法下降，限制了大规模使用。根据王琦的安排，赵云从辎重团选派人手，拿着杨修颁布的允许开采煤的文书，到井陉县进行先期勘探，筹备建立煤矿。
为调剂军人的生活，第1军不定期请优伶到演武场搭台唱戏，上演的剧目由王琦亲自审定，当然，在军营演出的都是那些可以激励士兵斗志的戏。王琦甚至亲自给优伶提供剧本梗概，让他们编写新剧。
为了及时有效地治疗伤病，第1军成立了医务团，在常山郡范围内聘请了若干医生，授予少尉至大尉军衔，这意味着这些军医每年可以拿到5到30贯钱的高薪。义务团还设立了护士这一兵种，担任军医的助手。医务团设立了药库，可以自行采购药材。在非战时，第1军要求军医每年对每位军人检查身体一次。王琦亲自给军医们讲解人体解剖知识，让军医深为叹服。至于战场救生术、三角巾包扎、药物的使用、绷带的使用、骨折固定、心肺复苏、伤员转运乃至外伤缝合等技术，除了减少核武器伤害的方法以外，一概由王琦一样一样地传授给军医和护士。
第1军率先破除了男尊女卑的陋习，招了一批女兵，她们将在医务团担任护士，在装备团、辎重团、兵工厂担任保管员，在炊事班担任伙夫，军衔、薪金和各种待遇和男兵一样。不过，在一线作战部队，暂时还没有安排女兵的计划。
为鼓励军人积极向上，立功受奖，获得升迁，王琦允许大尉及以上军官可以随军携带家属。其实，王琦招用女兵还存了一个私心，就是仿照20世纪中叶中**队的革命传统，由官方给高级军官提供一个成家的机会。
随着制造武器、防具的任务不断加重，第1军成立了兵工厂，级别相当于团。兵工厂承担所有武器、防具及自行制造的所有军用装备的制造。兵工厂自然随着大营一起迁移到新的位置，炒钢炉也增加到3座，根据王琦流水线作业的要求，建立了几个独立的车间。
因为王琦对三国式的跪坐实在是受不了，他画出图样，让兵工厂做马鞍的木匠制作出第一批带有软垫的高靠背椅和配套的方桌。开始，各位将领都不适应，不过很快都发现了坐在椅子上确实比跪在席子上舒服，于是纷纷在自己的营帐内改用椅子和桌子。
王琦对下跪磕头的封建礼仪早有反感，这次，他借着整编军队的机会，以军中下跪磕头礼仪过于烦琐为借口，在军中取消了跪拜礼。重新制定的礼仪规则为：敬礼时要立正；空手时注视受礼者，右手行举手礼；持短兵器时注视受礼者，左手持械，右手行举手礼；持长兵器时双手持械直立于身前，左手上，右手下，尖锋向天，行注目礼；对面相遇时可以在行进中敬礼；队列士兵不需敬礼；骑兵或步兵指挥官向上级报告时，右手持指挥刀或佩剑在身前划过，然后右手停在胸前，尖锋向天，刀锋向外。此外，还特别规定了下级必须先向上级敬礼，上级必须还礼。
第1军还规定了一些标准应答用语，诸如接受命令时要立正回答“是”，上级指派任务时要答“在”；上级召唤或点名时回答“到”；向上级汇报时要先说“报告”等。
赵雨仗着王琦的宠爱，当真是谁也管不了她，经常随意出入军事会议。好在她也不插话，大家就随便她旁听。知道了第1军开始招用女兵，赵雨立刻找哥哥报名。赵云不允，去找军法官杨修。杨修直接把她推到了主公那里。赵雨找到王琦，盈盈下拜，口称主公，倒是把王琦弄蒙了。这个丫头从没有行过大礼，称呼也是“琦哥哥”，今天是怎么了？待得赵雨讲明来意，王琦才恍然大悟，果然是礼下于人，必有所求。王琦当即答应了赵雨的请求，接受赵雨为第1军的第一个女兵，授予列兵军衔，职务另行安排。赵雨立刻忘了自己已经是个军人了，纵体入怀，连声感谢。
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