领兵退回九江后，韦俊顾不得休息。一面亲自巡视各营，抚慰将领，稳定军心；一面遣使至安庆，与石达开取得联络，询问详情；一面又侦骑四处，探听消息，了解此事对各地太平军造成的影响。由于手下全是军中的斥候，缺少专门的情报人员，所以虽然韦俊花费了大量的经历去收集各地情报，但是还是因为先天的缺陷而很少能收集到有用的情报。这让脑袋里存在着超前的情报意识的韦俊焦虑不已，他越来越感觉到，建立一支专门的情报队伍是多么的必要。但是，由于他自融合以来始终四处征战以及没有一块真正属于自己的根据地，所以，想要现在就尽快建立起一支行之有效的情报机构是不现实的，他只有将它默默的记下来，寻找人才，等待机会，只有先暂且利用军中斥候凑合着了。
在韦俊领兵回到九江十余日后，他忽然接到了一封石达开寄来的密信，约他于赣皖交界的彭泽相会。接到信后，韦俊反复的思考到底要不要在这个敏感的时候前去会见已经公开与天王洪秀全决裂的石达开会晤，如果去了，会对自己造成什么影响？那如果又不去呢？思考良久，韦俊毅然下定了决心，去。他和石达开之间的亲密关系早已是太平军中人尽皆知的事情了，即使他真的推辞不去，洪秀全也不会相信他和石达开没有私下联络，反而更遭猜忌，还不如大大方方的去。作出了决定之后，韦俊便当即回信石达开，三日后于彭泽相见。
三天后，韦俊终于在融合原来的韦俊和来自未来的上官明的思想后第一次见到了石达开这个鼎鼎大名的奇男子。虽然，早已从继承的韦俊的记忆里将石达开的面容深深的刻在了心里，但当他再次见到石达开以后还是忍不住细细的端详了起来。
两人刚一见面，就很有默契的伸出了双手，两双大手仅仅的握在了一起，都没有说话，只是静静的、仔细的凝视着对方。打眼看去，虽然还是那具七尺余长的身躯，永远一身白净的文士长衫；还是那张微带点蜡黄的国字型大方脸，一对炯炯有神的眼睛永远充满自信，浓浓的眉毛，英气的三寸黑髯丝毫未变，但是还是能从他的脸上看到岁月和风霜留下的痕迹。此时不过二十七八岁的石达开却已经苍老的像四十岁的人了，脸上明显的多了几道淡淡的皱纹，两鬓的发须也渐有雪色了。
韦俊看着这张虽然屡经风霜但依然安详坚毅的脸，不尤的一句关心的话发自内心的脱口而出：“兄长你瘦了。”写到这里也感觉两人的见面就好像分割了很久的恋人突然相见的感觉一样，但说实话，也确实和这种感觉差不多吧。听到韦俊这句虽然简单但充满深情的关切言语，石达开不由大为感动，两人不禁相拥而泣。而两旁的亲兵们也因两人虽平淡但又感人的见面场景而受到了感染，很有默契的静静的缓缓的退了出去，为两人留下了足够的交流空间。
良久，两人从久别重逢的激动中平静下来，互相述说着前次分别后各自的经历。韦俊在转战中的见闻，石达开在天京中的处境，都不时的让两人为对方的境遇激动不已。后来两人终于说到了石达开此次离开天京，出走安庆的原因。在听了石达开声情并茂的倾诉后，韦俊也不免对石达开深感同情。最后，两人渐渐聊到了今天会面的中心话题。
在诉说了自己不得不离开天京的苦衷后，石达开又开口问道：“听了为兄的遭遇，今我虽然仍忠心于天国，但也誓要与天王分道扬镳了。不知兄弟心中作何打算？”韦俊听了石达开坦诚的询问，不由陷入了沉默。虽然他心中依然对石达开敬重不已，依然将其当作自己的兄长，但是现在的韦俊毕竟不是原来的韦俊了。他有着对于石达开的未来的预知和自己的理想。
毕竟比石达开多了一百多年的知识，此刻韦俊心中的理想与石达开相比肯定要现实的多，明确的多。但是韦俊也无法说服石达开接受自己的理想，他虽然也是一代人杰，但是由于历史的局限，无论是眼光上还是大局观上甚至对世界形势的了解上肯定不如自己，自然在有些问题上会和自己产生分歧。在明知自己可能比对方高明的情况下，还要在对方的手下做事，为对方的理想而奋斗，即使这个对方是石达开，韦俊也是不愿意的。可是石达开现在也不可能屈居于韦俊之下，无论是从地位上，声望上等等任何方面，石达开无疑都要强于韦俊，根本就不可能听命于韦俊。那将自己的独特经历彻底的告诉石达开，告诉他自己脑袋里有来自未来的知识？显然也不可能，这种事情说出去谁会相信呢？
算了，还是顺其自然吧。想到这里，韦俊不由抬起头，对石达开说道：“兄长，对不起，请恕小弟不能跟随兄长了。毕竟，前日家兄之事天王不但没有将我株连论罪，反而依旧让我掌兵，这些恩情都是我不能忘却的。所以我现在不能和兄长一起走。”听了韦俊的话，石达开不但没有生气，反而略感欣慰，他毕竟没有看错人，韦俊果然是一个知恩图报的忠贞之人。况且他虽然和天王洪秀全决裂了，但依然对天国忠心耿耿，所以听了韦俊的拒绝之言，反而没有责怪，而是安慰道：“这没什么大不了的。反正都是为了在人间创立天国的梦想而努力，在哪都是一样。而且有你帮助天王我也放心些，虽然他现在变了，但毕竟是他带领我们出来奋斗，所以心中对他还是很在意的。你的才华并不下于我，相信会成为天王的得力助手的。而且你也帮我看着天王，如果他以后能够幡然悔悟，我还是愿意再回来的。”听了石达开这翻一心为他着想的言语，韦俊不由更加惭愧了，伏在石达开身上大哭：“兄长，谢谢你能理解我。”石达开又连忙安慰韦俊不提。
相聚相逢总有散时，在畅谈了许久之后，都是统兵一方的大将都有很多琐事要处理的两人终于又要分离了。走之间，石达开又拉着韦俊的手，先叹了口气，说道：“虽然我也希望天王能够幡然醒悟，但说句实话，我对此实不抱太大希望。他再也不是原来那个意气风发的天王了。自从东王和北王事后，现在又加上一个我，想必他的猜忌之心更重了。你又和北王是同胞兄弟，和我也关系密切，所以必定极意遭受天王猜忌。以后你需谨小慎微，行事前多思量思量。哎，算了，不说了，如果以后你也在天王这混不下去了，就来找我吧，咱哥俩携手，想必定当能创出一番事业。”说罢，翻身上马，径直去了。
韦俊仍然静静地待在那看着石达开渐渐远去的背影，只到再也找不到丝毫石达开的痕迹时才长叹一声，心里默默的道：“兄长保重，一路走好。”然后便也带着亲兵，赶回九江去了。
且说石达开自与韦俊离别后，仅只一日便回到了安庆。由于诸路人马已经齐至，而且也见了韦俊，了却了心事，再也没什么好留恋，便带领帐下的十余万人马，号称二十万，渡过长江，南下江西去了。
随着石达开的离开，和他同时而行的还有太平军的十余万最精锐的人马。这一下就导致天京上游尤其是安徽一带兵力空虚，空门大露。而清廷的江北大营和安徽绿营团练也大举向这一地区进发，占领了大批因石达开走后留下的空白之地，造成天京上游太平军的控制范围大幅度缩小。而且，随着石达开部的离开，江北大营的压力顿减，太平军天京附近的防务也出现了很多漏洞，清廷江北大营主帅德兴阿也趁机率部大举向天京附近猛攻，接连攻克了仪征、等在江北的天京的外围据点。而江南大营的和春也和德兴阿互相配合，在江南一带四处攻击太平军控制区，牵制太平军江南兵力，使其不能调往江北。因此，作为太平军的政治中心的天京又再次风雨飘摇，岌岌可危，陷入了自1856年以来的最严重的一次危机之中。
面对如此恶劣的情况，深陷于宗教迷信和奢侈浮华生活中的太平天国的最高领导人终于有了一定程度的清醒，在关键时候作出了兵力部署上的调整，显示了他一代枭雄的决断能力。他鉴于石达开率部离开安徽，出走江西后太平军事实上已经陷入了“国中无人，朝中无将”的尴尬局面的实际情况，果断的提拔青年将领，以挽救太平军此刻面临的危机。
自1857年7月到9月，天王洪秀全先后作出了好几项的人事调整。宣布升任此时正率军在江西上饶一带与湘军作战的仍忠于他的太平军将领陈玉成为江西战区太平军总指挥，率部前往九江坐镇，掌控江西全局；又命令此时正驻兵于九江修整的韦俊迅速率部前往安庆，任其为安徽方面太平军总指挥，令其迅速填补石达开走后留下的防守空白，并相机夺取、仪征等天京外围重镇，击败江北大营，稳定天京局势；又任命另一员大将李秀成为苏浙一带的太平军总指挥，统一指挥这一区域的太平军，稳定天京南面局势，保住苏南浙北这一带的太平军粮饷重地；又任命手下心腹赞天义蒙得恩于天京招募新兵，严加训练，保卫天京。
1857年9月中旬，针对天京附近形势继续恶化的状况，洪秀全又宣布罢免安福二王。同时又派人送义王金牌给石达开，希望其能抛弃前嫌，重返天京，重掌太平军军政大权，希望能凭借其惊人的军事才华和巨大的声望，稳定局面，解除天京的危机。但是为对洪秀全极度失望的石达开所拒绝。
虽然拒绝了洪秀全的义王封号，但是石达开毕竟对太平天国还怀着深厚的感情，再拒绝了洪秀全的请求后，几经考虑，石达开又于同月下旬上书天王洪秀全，提出了由自己先赴援江西，巩固上游，而后兵进浙江，同时令李秀成联络捻军张乐行分扰下游，陈玉成韦俊等回师天京，以相互配合，解天京之围的计策。收到了石达开的这封上书，洪秀全一扫前日为石达开所拒的颓废，完全接受了石达开的这个计划。并当即下令，令韦俊、李秀成、陈玉成等依计行事的命令。
韦俊接到了洪秀全的命令和使者所展示的石达开的奏章后，也一扫因石达开出走后一直持续的低迷状态，迅速的通告全军，表示天王与翼王已经重归于好，将于近日率师勤王。其部在得到韦俊的通告以后，军心士气也得到了一定程度的恢复。三天以后，诸事齐备，韦俊便留下林启荣部防守九江，自率本部及胡以晃、赖汉英、林绍章等部及周国虞、周国贤部水军，水陆大军共计六万余人，一路顺流而下，浩浩荡荡，奔赴皖中去了。
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