在湘军上下扩充人马，改革营制的同时，九江的太平军也没闲着，他们也正在韦俊的带领下进行着整编军队，提高战斗力的工作。
经过数天时间的统计，在九江战役结束后，九江附近的太平军一共有十二万人马。计有：韦俊部五个军五万余人；林启容、白晖怀部九江守军两个军两万人；林绍章残部近一万人；周国虞、周国贤水军两万人左右；胡以晃、罗大纲各统一军各有万人左右。
经过初步计划，九江的太平军将裁汰一半人马即六万人。由于裁军必然会对诸将在军中的地位和势力有所影响，所以经过数天讨论，众将争论不休，也没有形成一个统一的裁军方案。为了减小裁军的阻力和进一步收买人心，韦俊提出了一个方案：各军在整体上按比例缩编，水军和林绍章部另议，总共保留七万人马，比原计划多出一万。具体编制如下：韦俊本部缩编至两万人马；林绍章部一万人马不变；水军裁汰至一万两千五百人，编为一军；胡以晃、罗大纲各自保留七千人马；林启容、白晖怀部九江守军保留一万三千五百人马，其中一万两千五百人编成一军，另外一千人独立编成巡城营，维持九江治安。这个方案受损失最大的就是韦俊了，而其他几军所保留的人马按比例计皆高于应编人马。考虑到自己前几日的表现和韦俊的高风亮节，其他的将领都感到有些心下惭愧，所以几乎没做考虑便通过了韦俊的改编方案。
这个方案看似对韦俊不利，实际上还是有很大的操作空间的。因为按比例计韦俊本部大概可以保留三万两千人的比例。即使考虑到林绍章部所剩皆多为精锐，韦俊本部还是剩下了三万人马。他自己又从中精选出两万人马作为自己的本部，而将其余的一万人马分散到其他将领军中，虽然看似吃亏，但是却可以增加他对其余将领的部队的影响力和控制力，而且他所部的军队也相应的比其他几部更加精锐，所以其实他并不吃亏。
确定了整编方案后，事情就好办了，仅仅数天时间，便完成了全军的重新编组。经过一段时间的训练，新编成的部队与原来相比，战斗力确实有了很大提高。以罗大纲部为例，新编成后的七千人马，战斗力比原来的一万人马更强了，可以很轻易的打下一座县城，而且损失还低。所以，众将都对韦俊的这个决定赞叹不已。
而被裁汰下来的五万余人，也被得到了很好的安置。由于九江附近叠经大战，所以百姓大量损失逃亡，闲置土地极多。韦俊便将这些被裁汰下来的部队还是按军制编组，分给田地，进行屯田。农闲时也参加训练，作为预备役。而为了安抚没有分到兵力的洪秀全心腹赖汉英，同时也是为了报答他对自己的支持。韦俊便任命他总管自己控制区内民政，并兼任预备军检点，主持屯田事宜。虽然没有用拥兵一方的的权势，但是好歹手下也有数万人马，也算是位高权重了，比起在天京赋闲还是要好的多，所以赖汉英也算很愉快的接受了韦俊对他新的任命。这让一直担心赖汉英不服任命的韦俊放心不少，同时也加深了他对赖汉英的感激之情。
在重新编制好以后，就是磨合训练了，以便尽快熟悉新的战友，形成战斗力。在训练的同时，韦俊也在自己的本部进行了更大程度的改革。具体来说，他主要作出了以下几个方面的改革。
第一，加强了部队的军法教育，将后来红军中的“三大纪律，八项注意”引入了本部。还设立了专门的军法处并行使督战队的职能。在以往的太平军中，军法制度是很混乱的，虽然在定都天京以后，太平军也形成了一套专门的军法制度，但是由于他的宗教迷信色彩太浓，这部军法（我可能会在以后会上传几章专门介绍湘军、太平军的编制、装备、军法的章节，所以在这里就不多做陈述了，有兴趣的朋友请耐心等待）有很多的不足。而且，由于太平军在招兵过程中太滥，所以军法的执行也很不严格，经常有无视军法，临阵脱逃者，对军队的士气造成很大影响，同时也造成好多不必要的减员。考虑到太平军的农民起义军的性质，便在这里将主席的“三大纪律，八项注意”引入了。三大纪律包括：一切行动听指挥；不拿群众一针一线；一切缴获要归公。八项注意包括：说话和气；买卖公平；借东西要还；损坏东西要赔偿；不打人骂人；不损坏庄稼；不调戏妇女；不虐待俘虏。为了能使广大士兵记得更牢，韦俊还努力的会回忆起了后世关于这套纪律的曲调，将其也一并教给了部队，要求部队每天训练前和训练后都要合唱一遍。同时，对于违反军纪的士兵严厉处理，以维护军纪的权威。
第二，韦俊经常召集手下旅帅以上的将领召开思想会议。努力地在太平天国思想允许的范围内对他们进行思想教育。比如“驱除鞑虏，恢复中华”、“为民作战，为民做主”、“建功立业，封妻隐子”等等。还经常给他们讲述历史，讲述历史上中华的强盛，现在在满清统治下的衰落等等，大力地对他们灌输革命思想。然后再要求他们向士兵讲授，向士兵讲授为什么而战等等，统一全军的思想。慢慢的在自己本部开展政治教育工作。增强部队的战斗意志和凝聚力。
第三，又将原来为自己治病的那个郎中找来，让他帮助自己在军队中训练一批医官。那郎中初一听说，便连忙摇头，说道：“祖传医术，概不外传。”韦俊便向他解释，并非要他清囊相授，而只是传授一些简单的外科包扎、伤口处理的技术。，还赠以重金。总之，在韦俊的软硬兼施、威逼利诱之下，那郎中终于答应了。韦俊又从军中及“童子营”中选出一批机灵的少年，跟着老者学习医术。
第四，也是最重要的，对自己本部的军制做了一定程度的改革。当然了，现在的他还是不敢改变太平军中的“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”的基本编制。而是在制度范围内做以调整。虽然太平军有着上述一套堪称完善的军制，但是也有不足。在武器搭配，士兵配合更方面还是存在严重问题。关于这个问题，韦俊也是思索良久，现代的军事编制，中国古代的军事编制，湘军的编制等等，几乎通通在他脑海里过了一遍。最终结合太平军当时的实际情况，主要参照湘军和戚继光的军事编制法（为什么不参照现代的编制？要知道，那时候太平军还是以冷兵器为主呀，而且那时侯中国国内的热兵器发展还很不成熟，威力小，射程短），做出了下面的调整。一两之内，分五伍，第一伍皆为刀盾兵，一手持藤牌，一手持短刃；第二伍皆为长鞘手（戚继光设计的一种兵器，多为竹制，前面留着枝梢并削尖，主要配合长枪手使用，接战时，长鞘手架住敌人兵器，长枪手杀敌）；第三、第四伍接为长矛兵；第五伍为火枪兵，装备抬枪或鸟枪，并也随身佩带短刀。而弓箭手单独列编。
经过一段时间的改编和整训，为了检验改革成果，韦俊决定在附近选择几个敌人据点，将之拔掉，以便实战检验新军的战斗力。首先由韦俊部下大将李崇义、白宗盛各统一师即两千五百人马攻打前日被湘军攻克的广济、黄梅两个据点。由于李续宾、杨载福所率领的湘军主力已经被歼，所以这两座县城里仅仅只是各有数百绿营兵驻守，而且早已丧胆，牛刀小试之下，轻而易举的便被攻克了。根本不能起到检验战斗力的目的。
韦俊正在郁闷，莫非真要我现在就去再攻武昌？便有哨兵来报，检点陈玉成在江西战场失利，只好退守宁国，与湘军李元度部对峙。希望韦俊速派援军，前去救援。韦俊闻报大喜，来的可真是时候呀。便当即命令罗大纲部，以及李崇义、白宗盛两师组成援军，以罗大纲为总指挥前去宁国支援。其余部队，继续于九江训练。
十余日后，捷报传来。陈玉成在会合了罗大纲部援军之后，也采用了诱敌深入的战术，以本部诱敌，罗大纲部埋伏，一举击溃李元度部，歼敌三千余人，自身损失也仅只三千，其中多为陈玉成部，与湘军伤亡基本持平，也是有史以来的第一次。陈玉成部士气大振，挥师杀入江西境内，连下宜黄、崇仁等地，但在此过程中，罗大纲不幸中箭牺牲，所以陈玉成也暂时驻兵于宜黄、崇仁一带，休整补充。
突闻罗大纲战死，韦俊不由哀从心起，罗大纲毕竟是他融合韦俊和上官明记忆之后牺牲的第一个部将兼好友，所以他的心情极为难受。便传令三军，全军衣白，并亲自为罗大纲披麻带孝，又将其妻儿接入自己府邸，视其子如几出。
不久，韦俊融合之后的第一个农历新年到了，九江城里处处都响起了鞭炮声。毕竟，虽然生在乱世，但老百姓的年还是要过的。新的一年孕育着新的希望，希望来年会生活的更好吧。韦俊也和自己的妻子以及罗大纲留下的寡妻幼子一起过了一个还算欢快的新年。
十五刚过，已经对自己的部队很有信心的韦俊便于府中召集了手下众将，商讨准备出兵，再攻武昌的事宜。
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