和其他的太平军将士们一样，对于此次取得的空前大捷，韦俊也高兴不已，同时也暗自庆幸，心里大大的舒了一口气。
在大战来临前的两天前，韦俊突然收到了一封来自天京的信。信是翼王石达开寄来的，竟然有整整十页，石达开在信中详细的为他讲述了最近一段时间天京城内发生的大事。在信中，石达开又讲到：在诛杀北燕二王后，天王洪秀全全力安定天京，所以顾不上外军。如今天京已基本稳定，天王便欲诏令韦俊回天京，擒而杀之，以除后患。但是石达开一力保举韦俊，在天王面前竭力称赞韦俊能征惯战，功劳赫赫，与韦昌辉不同，对天国忠心耿耿，不可杀之。因此洪秀全始终下不了决心。所以寄来此信，希望韦俊上一道奏章给天王，表示坚决拥护天王诛杀韦昌辉，誓死效忠天王，再将三岁的儿子送到天京作人质，争取取得天王的信任。同时信中还说到了石达开被“合朝同举翼王提理政务”，军民共上“义王”尊号，天王封之为“圣神电通军主将”。对“义王”之号，石达开谦辞不受，乃以“圣神电通军主将翼王”之职总理军政之事。
接到了石达开的这封信，当时就让韦俊郁闷不已。虽然他也早有向天王上书自表清白的打算，但是将儿子作为人质以取得信任，这种事情是韦俊怎么也做不出来的。虽然，这种事在古代很常见。但是现在的韦俊脑袋里毕竟有着一部分来自现代的思想，而且他也知道了天京以后必定沦陷的命运，他又没打算和天国共存亡，所以他是怎么也不会同意的。所以，他就只好寄希望于九江之战能够取胜，以战功打消天王的疑虑。
幸好，九江一战他赢了。而且还赢得很彻底，取得了自天国建立以来从未有过的大胜。所以，他仅仅在战后的庆功大会上讲了个话，和城中的一些大将共饮了几杯后就一头扎进了书房，写了两封信，一封写给天王，一封写给翼王。
给天王的信就象石达开教的那样韦俊在信中表示了坚决拥护天王诛杀韦昌辉，誓死效忠天王的意向，但是却只字未提质子之事。还在信中重点将此次九江之战的战况作了详细介绍。给石达开的信中则首先表达了韦俊对石达开的感激之情，也向他简要的介绍了此次九江之战。并在信中表达了自己不愿质子希望石达开再帮忙周旋之意。
信写好后，韦俊便当即派遣手下心腹将此两封信分别送给天王、翼王。数日后，两封信相继送到了洪秀全、石达开的手里，而韦俊在九江取得的大捷也在天京传开了。这大大的振奋了天京城下下的士气，许多对天国渐渐失望心生二意之人也为之一震，重新拾回了对天国的信心。而且韦俊又向天王表示了坚决拥护天王诛杀韦昌辉，誓死效忠天王的意向，这让洪秀全感到十分满意，但是对于韦俊不愿以子为质有又十分不满，心存顾虑。幸好石达开又帮韦俊开脱，韦俊刚刚取得了大胜，而且中间又有石达开的面子，所以洪秀全暂时原谅了韦俊。但是他心中的不满和顾虑依然没有打消。虽然，韦俊取得了如此大胜，但他却有点不识向，所以洪秀全决定仅仅赏赐韦俊以金帛，而不赐以爵位。并且又以心腹蒙得恩为使者，阳为天使，褒奖韦俊；阴为查访，调查韦俊是否真的忠于天王。
数日后，蒙得恩一行抵达了九江。韦俊对于他的来意早已猜中了分，所以早早的就率领在九江文武大员亲自出城十里迎接蒙得恩。九江城的大将们对此倍感不解，蒙得恩算老几，让我出城迎接他？但是见韦俊坚持，也只好随顺了。这让前来宣旨的蒙得恩感到受宠若惊，不由心里高兴，对韦俊的好感倍增。在宣读了天王洪秀全的褒奖旨意后，九江城的大将们又对韦俊取得了如此大胜却没有得到爵位愤愤不平，但是韦俊却不但没有丝毫表示不满，反而还极力制止手下大将的不满情绪。这又让蒙得恩对韦俊的好感更上一层。
接着韦俊又在主将府为蒙得恩设宴接风洗尘，并主动推其坐上位。酒后又亲自陪同蒙得恩巡视九江军营，参观九江名胜。在蒙得恩离开九江返回天京时又亲自出城十里相送，还私下将此次大战缴获的原李续宾的佩剑宝剑一口以及珍珠白银等大量赠予蒙得恩，希望其在天王前为之美言，这一切都使得蒙得恩倍感满意。在回到天京后，他极力相天王洪秀全称赞韦俊，言其带兵有方，忠于王事，实是一员不可多得的良将。在手下心腹和重臣的共同劝说下，洪秀全终于暂时原谅了韦俊，打消了对他的疑虑。
终于，到此为止，因韦昌辉谋逆一案为韦俊带来的不利影响终于被暂时排除了。他终于可以全身心的投入到对太平军的改造中去了。
在蒙得恩走后，韦俊便开始召集九江诸将探讨此战的得失。这一战，给了在九江的太平军大将们以很深出动。以往太平军虽然也能在野战中打败湘军，但每次都要集结比湘军多数倍甚至数十倍的兵力，而且还往往是击溃战，几乎从来没有过歼灭战。这还是好的，更多的情况下是太平军被人数远少于他们的湘军击败，追的到处跑。而且，无论是胜是败，太平军都要付出比湘军大的多的伤亡。
而这次，在韦俊的指挥下，攻打湘军五六千人严密防守的营垒，而且还是湘军中的精兵悍将，直接参战的太平军却仅仅不过三万人，竟然取得了全歼湘军的战绩，而且损失居然不足万人（前面两万余人的伤亡是综合攻防战和水军伤亡的总人数），这在以前简直是不可想像的。
所以，当韦俊提出精兵简政的观点后，这些往日里都是死抱着人多总比人少好的观点的太平军将领们竟然出奇的没有一个人反对，纷纷赞成韦俊提出的裁汰老弱，保留精锐的建议。但是当韦俊提出要改革太平军的军制的建议时，虽然他提出了很多理由，但却还是遭到了太平军众将的纷纷反对，毕竟，此时能当上太平军大将的，大多是拜上帝会的忠实教徒，要想改变洪秀全等亲自制定的军制，当然会遭到他们的集体抵制。相通了这一点后韦俊也不再坚持，转而商讨如何精兵，保留多少兵力，如何安置被裁汰的老弱等问题。至于改革军制，还是先在自己的部队里试点进行吧，到时候用事实说话，由不得他们不改。
正当天京的太平军高层们纷纷沉浸在全歼湘军一部的喜悦和九江的太平军正在热火朝天的精兵的时候，北京的清政府和南昌的曾国藩也因为九江一战湘军的失利而大为恐慌。
在天京变乱前，湘军本就在石达开指挥的西征军的打击下遭受了重大的损失，三次败给了石达开，使得湘军大量的减员，在各地太平军的打击下纷纷溃败。正当石达开准备一鼓作气尽灭湘军之时，似乎老天站在了湘军和清廷的一边，太平军内部发生了天京变乱，东王杨秀清和北王韦昌辉相继作乱被杀，造成了数万太平军骨干力量的损失，严重的削弱了太平军实力，同时也沉重的打击了在前线作战的太平军的士气。处在湖北、江西、安徽、前线的广大湘勇，如同看到步步进逼的敌营忽然瘟疫疾行，顿失战斗力，纷纷庆贺自己死里逃生。曾国藩统帅的湘军又从濒死的边缘重新焕发了生机。顿时攻守易势，曾国藩瞅准机会，趁势发动了反攻，接连攻克数十座太平军所控制的城市。正当湘军一路顺风顺水的收复着一处处失地，一座座城市时，没想到从九江给他们来了一顿当头棒喝，水陆大军万余人被全歼，遭受了自湘军组建以来前所未有的重大损失。顿时湘军空门大开，自九江至武昌一线几乎无一兵驻守，这无能不引起清政府和湘军上下的一致恐慌。
当消息传到北京时，正在与懿妃（也就是后来的慈禧太后）一起逗弄懿妃刚刚在今年为其生下的第一个儿子（也就是后来的同治）的咸丰皇帝，顿时呆立当场。咸丰皇帝不得不迅速召集大臣进行廷议，不久，一封措词严厉的问责诏书便寄到了曾国藩的案头。在诏书中，咸丰皇帝表达了对于曾国藩辜负其信任，竟遭此大败的强烈不满，并隐晦的表达了如果战场局面再次糜烂将不得不另择大将的意向。这让深受封建礼教思想影响死忠于满清王朝的曾国藩大为惶恐，急忙上表请罪。在此用人之际，深知除曾国藩外乏人可用的咸丰皇帝也不好过于苛责，仅以罚俸了事，又一面温言抚恤，并希望曾国藩能重整旗鼓，剿灭太平妖孽。
曾国藩也知道，此刻出了他也没有人能稳住大局，所以上表也仅仅是表明个态度而已，早已料知朝廷也不会过于责难。得到朝廷的谅解后曾国藩便加紧招募新军，严加训练，希望能早日再与太平军一决雌雄。为了进一步加强自己对湘军的影响和控制，曾国藩也趁此机会，开始对湘军进行大规模的调整整顿。
原来手下的罗泽南，塔齐布，王璞山等部，随着几人的相继逝世，也逐渐分化。曾国藩的几个兄弟，曾国华、曾国荃、曾国葆（后改名曾贞干）也纷纷走上前台，募勇领兵作战。罗泽南部，在罗泽南和李续宾相继被太平军击毙后，几近消亡，仅余李续宾之弟李续宜所统带的两千人。王璞山部，由于他最早的表达了妄图自立的倾向，瞒着曾国藩，叫两个弟弟王开化、王开琳在湘乡募勇，所以，在王璞山死后，其部在曾国藩的打压下，也仅仅剩下了五千人。塔齐布部，自他死后，便由他原来的副将周凤山统领，由于周凤山是绿营将领，所以不受曾国藩信任，便于此次将其排除在外，将原塔齐布部，一分为二，一部分两千人用来加强曾国华部，使其达到五千人的规模；剩下的一部分三千人则交给最受曾国藩喜爱的部将鲍超来统领，也慢慢的扩充到五千人。同时，又让前些日子走出荷叶溏刚刚攻下吉安的曾国荃将所部扩充，也给了五千人的编制，还让倘在荷叶溏的曾国葆也在家乡先募一千人马，跟随曾国荃一起作战。又扩充了心腹将领李元度的平江勇、张运兰的老湘营等部，也使之达到五千人的编制。同时还以彭玉麟、杨载福为水师统领，大力扩充水军。
除了扩充兵力，增编将领编制以外，曾国藩又对湘军的营制作出了调整。随着战争规模越来越大，湘军原来的营制也因规模太小，已经渐渐不能适应战争的需求了。湘军最初的营制，是一营有正兵三百六十人，再加上军中杂役，一营人数大概在五百人上下。在与太平军的作战中，常常感到兵力不足，常常需要给杂役也分发武器，参加作战。临时编进的部队毕竟没有常备部队战斗力高。所以，趁着这次机会，曾国藩也大大扩编了一营的兵额。一营正兵扩充为五百零五人，每百名正兵配备三十六名杂役，所以，改制以后的湘军一营已有近七百人的兵力了。而在日常计算中，还是按五百人一营计，只计正兵。
经过一段时间的整补训练，湘军的实力得到了恢复甚至还有了一定程度的增强，就等着再次大战一雪前耻了。
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