一六八一康熙二十年七月二十八日，康熙任命施琅为水师提督，并指令议政王大臣等：原任右都督施琅，系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地理，海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵，加太子太保，前往福建，到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师，进取澎湖、台湾，其万正色改为陆路提督。
施琅一到厦门，立即投入备战中，整船练兵，制备军器。他深虑总督、巡抚并不熟悉海战，生怕在指挥战事的过程中，处处受到掣肘，以致影响作战意图的全面贯彻。为此，他力争执掌专征台湾的指挥权。他上任不久，便向康熙上了题本，明确提出自己职领水师，征剿事宜，理当独任的请求；并指出督抚姚启圣、吴兴祚担负着封疆重任，他俩都决意进兵，同意恳切，不是他所能禁止的，且至今未奉有督抚同进的诏旨，故一并相应奏闻。
康熙没有同意施琅独任征剿台湾的请求，只是将总督、巡抚分了工，谕令说：总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾，巡抚吴兴祚有刑名钱谷诸务，不必进剿。
一六八二康熙二十一年三月，施琅鉴于练兵整船业已就绪，再次上疏恳请出征台湾，由他专征前进。在这次奏疏中，施琅竭力称颂姚启圣调兵制器，奖励士卒，精敏整暇，咄嗟立办，捐造船只，无所不备的精敏干练的作风。同时，他更明确指出姚启圣惟是生长北方，虽有经纬全才，汪洋巨浪之中，恐非所长。建议其应驻厦门，居中节制，后趱粮运策应，如此则军队粮无匮乏之患，兵有争先之勇。他殷切期望康熙迅即给他颁发征剿台湾的敕谕，并将总督题定功罪赏格也一并赐予他。
姚启圣在宁海将军赖哈达处看到施琅的奏疏，十分气愤。他马上于三月二十九日上疏反驳说：臣虽生长北方，然今出海数日……亦安然无恙，不呕不吐，何以知臣毫无所长？重申剿灭台湾是他的素志，为了筹办征台的兵饷、粮米、各项器械和木料，他费尽心机，往往是朝呼而夕至。他坚决表示：宁愿战死于海，而断不肯回厦门偷生者也。这足以反映出总督、提督对专征的争执已是十分尖锐了。
康熙又一次没有同意施琅的请求，仍然坚持总督、提督协谋合虑，酌行剿抚。这期间，施、姚二人在出征的风向时间以及对待剿抚等方面，也都发生了争论。
清廷原定于康熙二十年（1681）十月出征澎、台。施琅上任时，鉴于点验船兵，全无头绪，又需派遣间谍去台湾沟通旧时部下，使为内应；他更考虑冬春之际，飓风时发，舟骤难过洋，因此，不敢于十月妄举进剿。于是，他疏请推迟至次年三、四月间进兵。这时，姚启圣却提出要十、十一、十二月利用北风，尽快出兵；并主张由澎湖、淡水（今台北市）两路进兵。为了在出征前做好充分的准备工作，康熙同意了施琅的请求。
康熙二十一年（1682）三月，施琅改变了主意：认为春夏之交，东北风为多，前议轻北风进兵，犹恐未难万全。又上疏请求克期至夏至时，利用南风出征澎湖，十月攻取台湾。
同年四月，经议政王大臣集议决定：应檄总督姚启圣、提督施琅，克期于夏至后进取台湾。康熙虑及海上变幻莫测，难以遥度，有关战事的具体决策与行动，需要根据实际情况和前线指挥将领的意见来决定，没有采纳议政王大臣关于限期出征台湾的决议，而是十分慎重地指令应抓住时机，协力攻取台湾。指示：进剿海寇，关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，务将海面形势，贼中情形，审察备实，如有可破可剿之机，著协谋合虑，酌行剿抚，毋失机会。
是年五月初一，施琅会同姚启圣统率舟师开船至铜山，准备出兵攻取澎湖。这时，两人对出征的风与时间，展开了激烈的争辩，致使征期又被拖延下来了。
其实，姚启圣、施琅两人的分歧，关键在于各自对形势的不同估计及对待剿抚有别的深层矛盾上。
此时，施琅越来越感到出征台湾，如由总督等互相牵制，卒难成功。康熙二十一年（1682）七月，他再次上疏申述；总督生长北方水性海务非其所长，尤其是中有一、二视此畏途，未免低徊，以致督臣，疑惑不决。坚决恳请由他独任，征伐台湾，令督抚催趱粮饷接应，并勿限时日，风利可行，即督发进取。他满有把握地表示：只须挑选精兵二万有奇，大小战船三百号，尽堪破灭敌军，事若不效，治臣之罪。
康熙见施琅的密奏后，对此十分生气。原来康熙对施琅屡奏进兵，常以风不顺为由，延迟日月，踟蹰不进的情状，早就不满了。而施琅又一再题请勿让总督进征台湾，这使他更加恼怒。他当即用严厉的口吻斥责说：做为臣子，凡事都应据实自奏，为此苟且妄奏，是何道理？
然而，康熙处事毕竟是很沉着而慎重的。他想：进剿台湾，事关重大，必须度势乘机，以图进取，尤其是处于举足轻重地位、负有重大责任的水师提督施琅一再提出自行进征台湾的请求，已引起督、提之间的严重分歧，需要尽快妥善处理。
于是康熙照例先让议政王大臣会议讨论，议政王大臣等同意提督施琅的请求。之后，康熙又征求大学士们的意见，明珠回答说：若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事，照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。于是，康熙改变了主意，由施琅相机自行征剿。
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