一六八三康熙二十二年六月，施琅率领大队舟师齐集铜山，大会各镇协营守备千把等随征诸官，部署出征澎湖。当月十四日早上，施琅统率舟师从铜山开驾东征，次日下午，到达澎湖的猫屿、花屿。时有守汛的郑军哨船数十多只，急忙返回娘妈宫，飞报刘国轩。时已天晓，施琅即令船队湾泊八罩、水埯澳。
刘国轩闻报，忙差部下持令箭与右先锋镇陈谅，着其严督陆路诸将谨守，并遍传狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东莳等各镇将，速移火炮火烦罗列海岸，横截攻打，勿使清水师湾泊寄腚。与此同时，他传集水师总提调右武卫林烦率各镇营速驾大烦船、鸟船、赶缯船环泊娘妈宫前口子与内外堑东西莳各要口守侯。当时郑将邱辉向刘国轩建议，待晚上潮落，请速遣船队袭击，清水师必定自然溃散。刘国轩带着轻蔑的口气笑着说：施琅徒有虚名耳！今当此日日飓报之期，敢统舟师越海征战，如夜风起，彼无焦类矣！此乃以逸待劳，不战而可收功也，诸公勿虑。
当月十六日，施琅率舟师进攻澎湖。刘国轩坐快哨如飞，于娘妈宫前澳内督率诸镇领着烦船、战船、赶缯船排列迎战。清水师署右营游击蓝理、曾成，副锋右营千总邓高等，击沉敌船七八只。时值南潮正发，前锋数船被激流冲击，逼近郑方炮城，郑水师乘机结成大队合围攻打。施琅被流炮余炎烧着面部，右眼受伤跌倒，强起指挥。蓝理在酣战中被流炮击中，腹部受伤严重但仍继续战斗。裨将等忙舍战急救，时清兴化镇总兵吴英继后夹攻，施琅冒死指挥，郑军水师总督林陛连中三箭，左腿被大炮打折，郑杨威将军援剿左镇沈诚、统辖前锋镇姚朝玉、戎旗镇陈时等均被焚杀。郑将江胜、邱辉等复督烦船合攻，清水师撤退，江胜、邱辉等挥船尾追，刘国轩恐二将会遭清水师暗算，急忙鸣金收兵。邱辉等回师，立即向刘国轩提出自愿领兵夜袭，刘国轩说：彼舟师所寄泊埯屿都是没有遮拦的海澳，又系石浅礁线，早晚风起，定不战而自溃。俗语说六月三十日有三十六暴，今日乃十六，明日十七、十八、九，就是观音暴、洗蒸笼暴，那里会没有暴风呢？我们暂且养精蓄锐，拒险守险，以观其败。
之后，施琅乘船亲往前哨实地侦察澎湖各处设置炮台和战船泊湾要所，以及地形地势等情况。二十二日，清舟师分股向澎湖发起总攻，清、郑双方展开了一场大决战。
施琅命随征都督陈蟒、魏明等领赶缯船、双帆船共五十只为一股，从东畔莳内直入鸡笼屿、四角山为奇兵夹攻；命随征董义、康玉等领赶缯、双帆船五十艘为一股，从西畔内堑直入牛心湾作疑兵牵制；又将大鸟船五十六只居中，分为八队，每队驾船七只，各作三叠，施琅自率一队居中，以便调度，其他七队，分列左右，各由总兵官率领；此外，尚有八十艘船分为两大队，以为后援。分拨已定，施琅亲率舟师浩浩荡荡直进娘妈宫。
刘国轩听到外堑山顶僚望炮连发，立即掌号命各处炮船、赶缯船、大小各船齐起帆碇，发炮呐喊，从娘妈宫前疾出迎战，西屿两岸铳炮齐发，两军对阵，炮火矢石交攻，如雨点般地落下来，烟焰蔽天，咫尺莫辨。清军总兵朱天贵冒险冲入，被炮击中，穿肠死亡。清将林贤遥见朱天贵死亡船溃，忙指挥船队冲航入援，刘国轩急督邱辉、江胜等率十余只船，环围攻击，一时火箭、药罐、矢石炮火浑如雨点，林贤率众环敌力战，不料左臂贯甲，连伤三箭，其他将士死的死、伤的伤，矢石、药炮都用尽了。在这危急之际，清中营游击许英等六船从外围攻入，林贤奋起督击，内外夹攻，接连击沉郑船二艘，郑水师溃散，林贤立命船队奋力进杀。
刘国轩见清水师攻势凶猛，不得不决一死战。于是重新组织各镇战船、烦船、赶缯船、鸟船、双帆船和踞船一齐出击。清总兵吴英立即令领旗黄登、副领旗汤明在船头，自己在尾楼督战。不料汤明身中数箭，吴英的右耳也被鹿铳的火气伤裂，战船忽被水流冲击搁浅，而后，船方乘着微风逐浪移流。这时，郑将邱辉、江胜等率众船袭击，锋势甚锐。施琅窥测情势，暗想，最后决战的时刻已经来临。他马上挥令左右各股战船，一齐拼上，顿时，炮如雨下，烟焰蔽天，郑将江胜被清水师团团围住，部属死伤过半，江胜眼见势危，难以脱遁，恐遭擒辱，一时情急，毅然将斗头烦两边齐发，船只随着炮声，立时沉入海中。郑兵节节败退。施琅立刻利用其优势兵力，命令舟师以五船合围敌方一船的办法，把郑船各个分割。于是郑船全部陷入被动挨打的困境，有的被火罐所烧，有的被炮击沉，郑水师伤亡惨重。在一片慌乱中，郑将邱辉冒死往来接应，放炮乱击，并督率左右抛掷火桶、火箭、矢石、拼死抵抗。邱辉的左右足被击伤了，却毫不退缩，忍痛拼搏，终因势穷力竭，自己毅然将火抛向官舱，药桶齐发，被火焚死。这时，施琅督促大军飞速追敌。
刘国轩眼见郑舟师已伤亡七八，如继续死拚，将会全部覆灭，他目视四周，力图乘隙突围。无奈清水师船集如叶，各条海港几乎被清军塞满了，几乎无逃脱之隙。在这危亡的紧急关头，刘国轩忽然瞥见吼门一港，无船堵截，他急令黄良骥、洪邦柱等率残存战船，飞速向吼门驶去，顺流撤退。将至吼门，刘国轩要航公杨福继续往前直驶，杨福说：吼门是死地，这里礁线甚多，从来没有船只驶过。刘国轩自度已临绝境，再无别路可行，他便下令舵公从吼门行退，这时浪潮突然涌涨，风顺无碍，刘国轩坐船领先，余船尾随，顺着风潮，飞速地向台湾脱逃。施琅见刘国轩逃遁，传令快哨追擒。清水师因港路不熟，追赶不上，只得回师。
这时，天己将晚，施琅只好一面鸣金收军，并拨小哨将沿海跳水未曾溺死的郑兵捞救起来；一面打旗招降残存郑兵。这时，守在娘妈宫炮城的郑军将士，因孤立无援，各个出埏请降，施琅即放杉板下海，差官收降。另外分遣官员各持令箭往诸岛受抚，于是澎湖三十六岛相继归顺，施琅悉令剃发。凡归降镇将赏以袍帽，兵士给以银米，出示安民。
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