以建成铁军为主旨的整军练兵已经开始，作为铁军的重要支撑——以督师集权为核心的人事改革也自然势在必行。
关于集权之后的人事安排，袁崇焕的构想是：一是辖区各处巡抚均罢而不设；二是关内关外只设三大将，关内由赵率教任总兵官、挂平辽将军印、驻关门，关外则由祖大寿任总兵官、挂征辽将军印、驻锦州，再加中军副将何可纲都督佥事，驻宁远；三是督师衙门移镇宁远。
在写给朝廷的奏折中，袁崇焕道：
全辽昔只总兵一员，自发难更设无定。臣向为巡抚
时，议关内关外各设总兵一员，与督臣王之臣见合。时
崔呈秀欲多用魏忠贤私人，遂于关外添设总兵三四员。
卒之权相侔而肘不运，卒议撤，止留宁前与前锋二员，
但肘仍掣而不便，终不若臣前议关内外各一员为妥，则
宁远一镇当并而归于前锋，此不易之论也。
以地言之，今关内总兵应挂平远将军印，辖山、石
二路与前屯一卫，而以燕、建二路还蓟镇，则内肘不掣。
以前屯一卫属之，则关内外不分，两见外援而内愈坚。
关外总兵挂征辽前锋将军印，辖宁远一卫及锦州，从此
渐复渐远，皆其所辖也。
（山、石二路分别指山海关与石门寨二路，原为蓟州镇东路所辖。原蓟州镇总兵所辖东、中、西三路协守副总兵，东路副总兵驻建昌营，管燕河营、台头营、石门寨、山海关四路；中路副总兵驻三屯营，管马兰峪、松棚峪、喜峰口、太平寨四路；西路副总兵驻石闸营，管墙子岭、曹家寨、古北口、石塘岭四路。袁崇焕督辽时，上疏建议设关内总兵，以山、石二路交新任总兵管辖。）
至于具体用人，袁崇焕则极力推荐赵率教、祖大寿和何可纲，并在奏折中大书特书三人之才：
赵率教熟悉辽事，节简性成，才可兼抚，每与臣言
天下转输之苦，唏嘘泣下，不啻身痛。祖大寿英勇矫健，
且与士卒通肺腑、同甘苦，边将所无，辽人复辽，此其
首选。何可纲仁义韬略并优，生平不破公钱、不受私馈、
敝衣粝食，臣每事谋成，经其一参酌，遂捷于电而屹如
山，此臣才不在臣下……
而对于三大将的使用，袁崇焕更是非常自信，他甚至向皇上立下誓言：
何可纲驻宁远以居中，赵率教往来关前而劲后，
祖大寿往来宁锦以锋先。今直而为守，则中前、后异时
横而进战，则中左、右统领协将心腹手足与头项背肩肢
爪之皆灵。非臣不能用三臣，非三臣不足为臣用。臣自
期五年，专藉此三人，当与臣始而终之。若届期无成，
臣手戮三人，而以身请死于皇上……
他将此折与勘乱平变一折放在一起，命人八百里快传急送京师。此后，他便静静地等待，他有理由相信皇上是会很快批准他的部署和相关人事安排的。
几天之后，皇上的圣旨果然就送到了袁崇焕的手中。圣旨中对袁崇焕勘乱平变大加赞赏，而关于袁崇焕所提出的人事安排，皇上还没有批复的意思。
袁崇焕当然不知道，这只是皇上表面上的赞赏，实际上却不然。他甚至还不知道：在不满处置宁远兵变的背后，正藏着当今皇上那多疑的眼睛，在审视着他的一举一动——当此之时，距七月十四日他曾受皇上特别信任、并给予了不少承诺的平台召对，也只不过一个多月的时间！
这是为何？
原来，袁崇焕对兵变的处理早就引起了朱由检的不满：袁崇焕为什么放了闹事的首恶杨正朝、张思顺等人？却对致乱的吴国琦、张世荣和苏涵淳严加惩处？甚至连管束士兵不力的彭簪古、左良玉等也不放过？
朱由检连夜召见次辅钱龙锡，他想从袁崇焕的这位举荐人这儿找到答案。可钱龙锡进了宫，朱由检又把袁崇焕的两份奏折递给他看。这倒让钱龙锡丈二和尚摸不着头脑了——奏折还是钱龙锡呈送给皇上的，内容也反复看过好多遍了，并无什么不妥之处。可是，皇上夜晚紧急召见，自然不会平白无故，难道发现其中有什么错处不成？
钱龙锡心里正七上八下的胡乱猜着，只听朱由检问道：“钱爱卿，看出什么没有哇？”
能看出什么呢？钱龙锡一时不知作何回答，便如实奏道：“臣以为袁督师部署得当，应予照准。”
想不到朱由检却摇摇头，又问道：“那你说说，袁督师为什么放了首恶？”
原来皇上说的不是袁督师的人事安排，而是处置宁远兵变这个事——那还不好说：袁督师不就是为了从速平乱、稳定军心么！
袁督师治军，向来以爱兵著称，所以士兵们才信服他。再说，闹事虽错甚至有罪，可杨正朝等人也的确是被逼无奈不得已而为之，严惩也于理无据。倘若强词夺理杀了他们，不激起大乱才怪。
钱龙锡张嘴正要解释，突然想到当今皇上只能称颂他英明无比、绝不允许说他一丁点儿的不是时，马上便闭了嘴。
他当然不敢说皇上不懂治军之道，可想想光闭嘴不说也不行——他不能不为他所举荐的袁崇焕辩解，沉吟片刻、斟酌再三，这才又大胆奏道：“皇上圣明。臣以为，袁督师如此也是为了宣喻皇上德意……”
谁知道朱由检并不买他的帐：“既然宣谕朕之德意，那他又为什么连彭簪古、左良玉等也不放过？”
这一问，倒把钱龙锡问住了，他想告诉皇上不必在这些无关大局的小事上太过认真，可惦量再三，又觉不妥。
突然，他想起袁崇焕疏文中的一段话，用来回答皇上十分合适，便又奏道：“记得袁督师说过：夫驭边臣者，与廷臣异。军中可惊可疑者殊多，但当论其成败之大局，不必……”
朱由检虽然没有再说什么，可那脸色却明显地沉了下来，随之便对钱龙锡挥挥手：“没有什么不必，你且去吧——”
刚出宫门，钱龙锡就非常懊悔：因为自己的答对失常，惹恼了皇上，看样子袁崇焕的奏折恐怕要留中不批，他的部署肯定行不通了，这一番心血也算白费了——而仅此一点，对辽事来说，又该是多么大的一个损失啊！
可让钱龙锡想不到的是，就在几天之后，皇上不知为什么又批准了袁崇焕的人事安排。
朱由检关于宁远兵变处置态度的变化，以及对袁崇焕人事安排的迟疑不决，表明了他对袁崇焕更进一步的不信任。而所有这一切，远离京师为收复失土而日夜操劳的袁崇焕又哪里知晓？
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