魏忠贤的恐惧不无道理：停建生祠的消息一经传出，魏忠贤圈子里狗咬狗的态势便愈演愈烈。有的为了自保、以攻为守，有的别生枝蔓、以图转移视线，有的则干脆施起障眼法、力求丢车保帅……
十月十三、十八两日，魏忠贤的另一亲信、云南道御史杨维垣先后两次上疏，集中火力弹劾崔呈秀。
杨维垣在疏中罗列崔呈秀“立志卑污，居身秽浊”，“指缺议价，悬秤卖官”等等罪状，并且特别指出：先帝驾崩次日，百官入宫朝谒新皇之时，忽听几名太监大声招呼：“兵部尚书崔家！”闻者莫不惊愕：何以只招呼崔呈秀一人——“天下事岂呈秀一人所可私语耶？”
这正是朱由检所需要的！
谁都知道宫内客氏、朝中呈秀是魏忠贤的左膀右臂，客氏已出宫，再除掉崔呈秀这个臂膀，魏忠贤那就只能束手就摛啦——朱由检这只猛虎，又等到了一个好时机，它的利爪借力打力又轻轻松松地抓到了它的第二个猎物：免除崔呈秀兵部尚书、左都御史两项职务，令其归籍守制。
崔呈秀这一去，无疑是新皇上除掉魏阉及其同伙的一个明显信号，理所当然地引起了朝堂上下的强烈震动。
此后，弹劾魏阉的奏章便接连不断的送到了朱由检的手里……倒魏的奏章一封接一封，言辞也越来越激烈，这都让朱由检心中暗喜。但他却一概不予表态，他还要等，等一篇能够直刺魏忠贤要害的檄文。
很快，就又有嘉兴贡生钱嘉征的上疏。钱嘉征揭露魏忠贤十大罪状：一与帝并尊，二蔑后，三弄兵，四无二祖列宗，五剋削藩封，六无圣，七滥爵，八掩边功，九朘民，十通同关节。在疏文最后，钱嘉征请求皇上“将魏忠贤明正典刑，以消天下之愤，彰正始之治！”
这篇疏文句句刺中魏忠贤的要害——朱由检大加赞赏，他终于等到了他所要的檄文，也终于等到了和魏忠贤摊牌的时候。
他立召魏忠贤，命曹化淳当场朗读这篇疏文：
高皇帝垂训，中官不许干预朝政。乃忠贤一手障天，
杖马辄斥，流毒缙绅，蔓延士类，凡钱谷衙门、边腹重
地、遭运咽喉多置腹心，意欲何为？
建州逆虏犯我大明，毁名城，歼士女，杀大帅，神
人共愤，至今未复尺寸之地。而宁远报捷，主帅袁崇焕
功未克终，席不暇暖，而忠贤已冒封侯伯之爵。倘若辽
阳、广宁诸地复归，又何以酬封忠贤？……
听着听着，魏忠贤就支持不住了。还未等曹化淳那尖细的声音停下来，早已冷汗直冒的他就慌忙跪倒在地，连连叩头，大呼冤枉：“皇上，老奴冤枉，实在是冤枉啊……”
“冤枉？”朱由检面无表情问道。
“是，皇上。这都是那姓……姓钱的听人教唆，诽……诽谤诬赖老奴哇！”
“那好……你这就回去写一份奏辩，将钱嘉征折子中所说的不实之处一一向朕奏明吧。”
失魂落魄的魏忠贤回到私宅，忐忑不安又孤独无助地坐在那儿，苦思冥想了一整夜，又悲悲切切地捱了一整夜。快到天明的时候，无计可施的他只有故技再演“引疾辞爵”。
可魏忠贤哪里知道，经过一步步潜移默夺、大局业已基本稳定的朱由检立即下旨照准，这是他所万万想不到的。
仅隔三天，到十一月初一日，朱由检又降严旨，将魏忠贤安置凤阳。磨利了牙齿的猛虎终于等到了大好的时机——这是一道“除恶务尽”的谕旨，果断出击的朱由检一下子就扯掉了他佯装优容的面纱：
……朕见诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃
思先帝以左右微劳，稍假恩宠，而忠贤不思报国酬遇，
专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举……本当
寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳。（客、魏）二犯家产籍
没入官，其冒滥宗戚俱烟瘴永戌……
然而，更让魏忠贤想不到的是，在前往凤阳途中，朱由检又以其满载金银珠宝的大车四十多辆呼啸而去、随从至八百、马亦有千匹、“环拥随护，势若叛然”为由，立命锦衣卫官校“前去扭解，押赴彼处交割。”
听到消息的魏忠贤知道自己必死无疑，十一月初六日，在当晚住进阜城县南关一家尤姓旅店之后，于夜半悬梁自尽。
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