义熙五年（409年），孱弱的东晋终于等到了雄才伟略的刘裕。刘裕北伐途中，首当其冲的是鲜卑人建立的南燕国。南燕皇帝慕容冲先后派出尚书郎张纲、韩范西去长安，向秦王姚兴般救兵。
姚兴此时也自顾不暇，他正被更西北方的夏王刘勃勃搅得焦头烂额。于是只是派了个使者去见刘裕，说了一番唬人的大话：“慕容氏与我秦国相与邻好，将军如果还不撤军，我大秦十万铁骑将马上驻守洛阳，长驱而至。”
刘裕大笑道：“回去告诉你家姚兴，我灭燕之后，息兵三年，然后必取长安和洛阳，如果他现在自己送上门来，那就趁早来。”
幕僚刘穆之忧道：“明公平时事无大小，必先与属下相商，现在答得这么仓促这么绝。光说大话不足以威慑敌人，返回激怒对方。如果燕城一时攻之不下，而羌寇突然杀到，岂不两面不讨好。”
刘裕安慰道：“军机一线，不是你所擅长的。俗话说，兵贵神速，姚兴如果认为能救，他必定暗中起兵，不会张大其词，故意派使臣来吓唬我。我王师就未涉足中原，撮尔小羌，根本不足以挡我大军。”
第二年，刘裕伐灭南燕，恰逢江南徐道、卢循作乱，乘虚袭击建康。刘裕被迫轻装南返。姚兴终于长舒了一口气。
六年后，即义熙十二年（416年），姚兴病亡，太子姚泓即位。
刘裕在平定后方后，从建康再次起兵伐秦。龙骧将军王镇恶（王猛之子）、冠军将军檀道济帅步军从淮河、淝水溯流向许洛方向进军，新野太守朱超石、宁朔将军胡藩趋阳城，振武将军沈田子、建威将军傅弘之从武关，建武将军沈林子、彭城内史刘尊考（刘裕族弟）帅水师出石门，自汴河西上。冀州刺史王仲德为前锋官，逢山开路，遇水搭桥。
九月初，晋军进入秦国境内。一路上秦军守将望风披靡，纷纷归附。晋军兵不血刃便拿下了许昌。
王仲德的水军也抵近了北魏的边境城郭滑台。滑台守将兖州刺史尉建望见晋军军势极盛，铠甲铮亮，枪戟如林，吓得带领手下拔腿就跑，弃城远遁。
王仲德见状大喜，便毫不客气占据滑台。还放出话去，说：“我晋师本欲拿七万匹布帛向魏国借道北上，不想魏将自己弃城而去。”
北魏皇帝拓跋嗣闻信，修怒之下，立马斩了尉建，另派叔孙建、公孙表率兵驻守枋头。
王仲德又派军司马竺和之前去联络，说道：“刘太尉派王征虏（即王仲德）自淮河入洛水，清扫晋国山陵，但无意冒犯贵国。贵国守将自弃滑台，敝军暂借空城休息一下，不久便当西进，并无破坏晋魏两国和好的企图。大王又何必扬旗鸣鼓，虚张声势呢。”
拓跋嗣没有答腔，只是命令前方将领严密监视晋军的一举一动。
十月，秦国阳城、荥阳两城守将相继投降。随后，晋军进逼洛阳。
丙寅日，守将征南将军、陈留公姚洸畏惧晋军，自动出降，洛阳光复。
十三年（417年），王镇恶进军渑池，抵潼关；檀道济、沈林子也从陕北渡河，与王镇恶合兵共攻潼关。
先是，刘裕嘱咐他们要等主力大军到达后，再一起向潼关发动攻击，王镇恶等人认为秦军如此脆弱，便不以为意，擅自抢先动手了。
然而，潼关的守将是秦国大将军、鲁公姚绍。他坚壁不战，然后时不时地派遣将领偷袭晋军的后勤粮道。
王镇恶等人顿兵坚城之下，求战而不可得，粮食又将耗尽，一度陷入了进退两难的窘境。于是决定向刘裕求援。
此时，刘裕帅领的水陆大军从淮河、泗水方向进入清河，正溯江西上，却被北魏的士兵阻住了去路。
见到王镇恶派来的使者后，刘裕指着河北岸的魏军对他说：“我早说过等大军到达后再攻长安，你们不要冒进。现在水陆两路被阻，我又能怎么办？”
王镇恶惶惶无措，最后想到了他的父亲生前在关中一带颇有威望，虽说现在已经过去多年，但遗威犹在，于是亲自去弘农等地，利用先父的影响力，终于筹措到了军粮，晋军军势复振。
却说北魏守军一路上跟踪刘裕的舰队沿河西进，虎视眈眈，随时做好战斗准备。由于风高水急，不时有晋军落水，多半就被魏军杀死或俘虏。
刘裕不得不不断地派精兵驱赶，但魏军只要等到晋兵一上岸，便迅速撤退。晋兵一回，马上又围拢过来，刘裕急得心头直冒火，却也无计可施。
四月，刘裕终于设计出了一个好策略，摆下一个“缺月阵”，即由七百名勇士，两百辆战车组成。派亲军队长于旰指挥，登上黄河北岸，沿着河岸摆一个半圆形的阵形，两头紧靠河岸，中间兵力向外凸出，像一个新月。阵中央，则埋伏着两千名弓弩手，由新野太守朱超石带领，共一百辆战车，每车上面布置有一张巨大的弓弩，由二十名军士操作。最中间的一辆战车上，还立有一杆白旗作为令旗。
魏军第一次见到这种阵式，都面面相觑，不敢贸然进攻。这时，阵内白旗连续晃动，士兵呐喊连连。魏国将领司徒长孙嵩一看晋军似乎要进攻，便下令抢先发起冲锋。三万魏军也呐喊着冲了上去。
这时，白旗又摇了摇，只见阵中刷刷作响，遮天蔽日的弓箭从空中飞出。魏军一排排的倒下，但由于魏军人数众多，还是不断地向前冲。忽然，又是一阵鼓响，白旗也挥了几下，阵中又推出一百辆战车，车上装着弩弓利矛，矛长有三四尺，车上装有一个巨大的发射架。
只见一个士兵用锤子使劲敲打车上机关，一排排的利矛呼啸着飞向魏兵。
这种矛由于尖锐快速，一支可以洞穿三四个人。魏军瞬间便倒下三四千人。后面的人一见这么恐怖，吓得发一声喊，拔腿就往后跑。长孙嵩无法遏制如浪潮般后退的士兵。只好也掉转马头，逃回城内。再也不敢出来骚扰晋军了。
八月，王镇恶帅水师沿渭河进入长安。他亲自驾着艨艟小舰指挥攻击，这种舰船，划船的人在舰内，秦兵只见舰船飞速前进，去看不到有人操控，感到非常吃惊，以为晋军有神人相助，更是胆气俱丧。
壬戌日，中午时分，晋军上渭桥，守将姚丕请降。
王镇恶身先士卒，晋军呐喊着跳跃腾踊，争先恐后地杀入都城。
秦王姚泓见败局已定，便于癸亥日，帅妻子群臣赴王镇恶军营投降。
王镇恶整众入城，宣以恩德，约束军令。长安城内，夷汉六万余户，无不欢欣鼓舞，年老的更是感叹道：“沦陷多年了，不想今日还能重见王师。”
九月，姚泓被送至建康，斩于菜市口。
羌人的政权告终。
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