初平四年也是曹操自讨董联军失败回转东郡以后变化最大的一年，也是收获颇丰的一年
在之前的回转东郡的曹操得到家乡父老的大力支持钱、粮、兵、马，发展前景一片光明，整个东郡呈厉兵秣马之态。然好景不长，黑山黄巾众白饶眼红急速发展中的东郡各县，而又苦于逐渐扩充势大黄巾队伍，不得不率众出山抢夺一切可为之所用之物，经过曹操及手下将领的齐心协力，终于剿杀了这股危害四方的害群之马，曹操也得俘虏过万，占据濮阳，进一步加强了兵力的不足。
初平三年（即公元192年）的开春，度过了漫长严冬的黑山黄巾于毒部也不愿意忍饥挨饿，死尸肉干的味道想起都令人作呕，于是也率部出山，原打算抢掠一番就退回黑山老巢，哪知出来后也得知东郡一带在曹操的管制下日子甚好，终决定以东郡未目标入侵东郡边境东平。
曹操得闻黑山黄巾又得以出动，宣召手下夏侯兄弟、曹洪兄弟等诸将，采取手下谋士程昱之计用“围魏救赵”之法，留精兵八千于曹仁防守东阿，诸将带领其余部众偷袭于毒老窝“西山”，一战而下，遂后回援东阿的途中还顺道给予黑山另一支睦固部驻地，虽没使其全灭，也让睦固部曲伤亡惨重，兵士尽散，俘虏数千，可谓大胜而返。
接着曹操断其于毒后路，与东阿留守曹仁占据东西两头防线，前后夹击于毒部曲。早就奇缺粮食充饥的黄巾军又岂是曹操精兵的对手，于毒部被其全歼，孤身得逃，投奔黑山最大势力张牛角。这次东平之战又使曹操俘获数万乱民。此时的曹操正为兵员不足而大伤脑筋，天上掉得馅饼之事砸得曹操见人就喜上眉梢。短短的百年时光，去垢存精，得可用之兵万余。
青州黄巾本一直同黑山黄巾有所联络，在知晓黑山黄巾逐渐势大，大刀阔斧求于发展，青州黄巾后起之秀的首领方玺（人物虚构）于是决定带兵前往汇合，以壮大黄巾声势，不想北上却遭遇驻防东光一带公孙瓒部击败，退回的路上又聚得数十万流民加入，听得曹操在征伐黄巾军节节胜利，再想到逐渐富裕起来的兖州诸地，刺激之下方玺把目光锁定兖州，尽起新得数十万大军，号百万以替黑山黄巾报仇为名向兖州滚滚而来。
声势浩大的青州黄巾一路高歌，势如破竹，连下兖州周边小县无数。兖州刺史刘岱惊慌，打算派兵迎击，其被曹操上表后官至济北相的鲍信极力劝阻道：“现敌甚众，百姓恐惧不安，士兵毫无斗志，显然吾军不能马上与之相抗，据吾观察，敌人家眷跟随甚多，军中严重缺乏粮草物资，仅靠抢掠维持给养。如今对策，与其贸然出击，不如让部队养精蓄锐，先采取坚守，敌无法求战，强攻又徒增伤亡，等其气势低落，再派遣精锐出击，当能全灭。”然刘岱不采纳鲍信的意见，结果兵败被黄巾方玺阵斩。
迫其势，鲍信只好联手好友曹操公抗青州黄巾军。
青州黄巾军的势大，让曹操忧心甚重，其手下谋士陈宫见兖州无主，故出策愿自往州府之地劝说官吏同举曹操为兖州牧，在陈宫三寸不烂舌及好友鲍信投桃报李的劝说下，鲍信后偕同兖州使者万潜亲自东郡喜迎曹操升任兖州牧。曹操可算双喜临门，得名的同时还因最近义举引得颍川名士荀彧荀文若远道来投，之后被曹操引为股肱。
同年十月，曹、鲍联军于寿张摆开阵势力抗数十万之众的方玺黄巾大军，终因贼兵过于势大，新兵操练的时日也甚短远远未能成形，被黄金大军围困寿张，一场厮杀，苦战两月，死尸无数，好友也为就曹操一命被乱军所杀殒命，尸骨无存，独留其重情重义之名长留世间。
渐渐败退的曹操最后只能听取荀彧之谋，令其部下将领采用迂回方式同黄巾军纠缠，用坚壁清野断其粮路，步步紧逼的战术作战，使得黄巾军越加渴望苟活，心理防线崩溃，思战之心全无，曹操见势可为，终决定集中全部主力，以鲍信死亡的悲痛为动力激发全军战斗力对黄巾军展开全面反攻。以伤敌一万，自残八千的拼命之法，不久后果之下终以付出惨重代价换取青州黄巾的全军败北，首领方玺被曹洪快马追上斩杀于马背，报得好友鲍信、刺史刘岱身死之仇。
青州黄巾大军失去统领，又苦于寒冬将至，无衣无粮如何抵抗逐渐庞大起来的曹军，更何况黄巾军内部多数人也并不反对曾任济南相时深得民心的曹操，于年底十二月，三十多万黄巾军主力集体在东阿郡向曹操投降，还兼得黄巾家眷流民人口过百万，投降之青州黄巾被曹操命名“青州兵”，曹操因此坐大兖州，终结兖州附近诸地长达数年之久的黄金动乱，还兖州一个朗朗乾坤。
曹操终于在兖州站住了脚，兖州附近的名人士子争相来投，如满宠满伯宁，山阳昌邑人，年十八岁时，为郡中督邮。时郡内李朔等各自拥众，为害百姓。太守便派满宠前去纠察，李朔等闻后，前来请罪，并表示不再为害乡里。后满宠为高平令，县人张苞为郡中督邮，张苞贪污受贿，干乱吏政。满宠便派人将其抓捕，并进行审问，张苞因受拷问而死在监狱中。满宠遂弃官而归。被曹操辟为从事。
荀彧也举荐颍川人筹画士戏志才来投，此人有惊天违地之才，年岁不大，但身子不是很好，常年药石不断，曹操第一次见得此人也大惊其枯黄脸色。
有了几大谋士鼎力相助，曹操管理其治下更为轻松，荀彧主内政，满宠主法纪，戏志才主外事，程昱主治理，得谋臣之策，曹操开始积蓄力量，行使屯田兵制，即战时为卒，平时为农，广开农地，发展农业的同时也不忘招揽行商，征集粮草、马匹备用。手下将领也调动青州三十万降卒整日勤于练兵布阵，为以后征战打下基础。
一切布局都在按照诸人商议结果而发展。可天有不测风云，曹操老父曹嵩心忧儿子，得知曹操在兖州站稳脚跟，欲举全家携辎重百余辆自泰山琅琊来投，曹操令其泰山县令应劭接护，不想消息泄露，被近日同曹操因边境相争的徐州牧陶谦所知，于是陶谦派遣部下都尉张闿率二百骑相护，结果途中至华、费县张闿贪图财物，杀掉曹嵩全家，获其财物往淮南而逃。
曹操急怒，于初平四年秋起兵进击陶谦徐州。
戏志才虽心知肚明眼下正是兖州发展最好时机，不可大动刀兵，可被杀满门的是曹操的父亲、兄弟及全家，曹操遂以血海深仇不可不报为由阻其劝解，无奈只好遵命通行，不过曹操关怀其身体虚弱，该命荀彧随行，戏志才留守濮阳治病。
大军开拔后，曹操下达了一个严令，即：“血洗徐州。”一时间，通往徐州的道路清净许多，这都要功归曹操。
荀彧乃忠于汉室之人，多番劝解曹操，其不可因一人缘故而迁怒无辜众人。愤怒中的曹操哪能听的进去，还怒斥荀彧，逐荀彧回许县面壁思过。
曹操青州兵大军连日攻克徐州数城，大将于禁攻克广威，沿泗水直至彭城。另前锋曹仁别攻陶谦部将吕由，破之后与曹操合兵于彭城。陶谦引丹阳军迎之，两军在彭城对垒。
战阵之前，曹操双眼猩红，如果眼神都能杀人话，那陶谦肯定是第一个死于眼神之下的人。
不等陶谦的丹阳兵排列开来，前锋部的曹仁在曹操的令旗下率先拉开进攻前奏。经过严加训练后的青州兵展示出极高的攻击效果，骑兵突击，本以防御著名的丹阳兵也经不起千军万马的轮番冲击。防御的前沿阵地一步一步在被曹军占据，不得已的陶谦只好投入全部兵力，行最后一搏。可惜现在的青州兵早已不是当日的青州黄巾军，战斗力足足提升了不止一筹。曹操还没有派出秘密训练甚久的精锐曹纯所部虎豹骑，战斗就宣告结束。
被打得丢盔弃甲的陶谦只好逃离彭城，退于东海郯城据守，曹操乘机又破彭城，傅阳。年初京畿洛阳、三辅等地因先遭董卓、后遭李傕之乱，民众多流动往东海而来，依附陶谦多在彭城间，此次被操军占据城池，皆遭杀戮。
其后曹操率兵向东北攻费、华、即墨、开阳诸城，陶谦于郯城一面遣别将救援被曹军围攻的诸县，一面飞书遣使告急于盟友公孙瓒处青州刺史田楷。救援各县的援军却被曹仁骑兵纷纷击破，开阳幸好赖有藏霸、孙观等守城，得以幸免。但曹操大军兵锋直至郯城。所幸城池坚固，曹操攻之不下。是时青州刺史田楷派遣赵云、周翔与平原相刘备带兵救援徐州，陶谦遂让其一同共抗势大的曹操。
陶谦率其众军屯于郯城西南武原县，多次交战，曹操不得进，转而引军渡过泗水，南破取虑、雎陵、夏丘三县，皆屠之，鸡犬亦尽，墟邑无复行人。兴平元年（公元194年）二月，曹操因兵粮告尽，终得退兵。
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