刘备奉王琦之命，把代表官府权威的琅邪国印信送还给徐州牧陶谦之后，陶谦很快就派遣手下文武官员，前往琅邪国各县开展接收工作，尽快恢复各级官府的职能。
陶谦下定决心，要消灭徐州的黄巾军，让徐州变成太平盛世。春节过后不久，陶谦就派遣徐州校尉曹豹带领徐州精锐丹阳兵，执行扫平徐州境内剩余黄巾军残部的任务。
徐州黄巾军由于臧霸的反戈一击，本来就元气大伤，徐州丹阳兵又是东汉末年以勇猛顽强著称的王牌部队，黄巾军根本不是对手。曹豹虽然智谋一般，武力一般，但黄巾军的水准还在一般之下，丹阳兵的水准可是不一般。在曹豹指挥下，丹阳兵所向披靡，战无不胜，徐州各郡相继平定，黄巾军很快就被逐一消灭。
赵昱等人出使冀州，虽然没有触及到核心机密，但是一路所见所闻也足以影响徐州的未来了。徐州平定以后，赵昱等人仿照王琦的做法，在徐州境内搞起了屯田。同时，双方的贸易往来不但给王琦带来了滚滚财源，也搞活了徐州的经济，使陶谦发财不少。
在扬州，黄巾军本来就势力不大，没有成什么大气候，在当地官府的围剿下，也慢慢地被消灭了，有些黄巾军士卒被逼无奈，甚至跑到了深山野林之中藏匿起来。
这时，全国的黄巾军势力，还在有组织地勉强支撑着和官府对抗的，能够称得上军队的，就只剩下荆州境内的黄巾军了，他们在神上使张曼成的带领下，苟延残喘。
当然，除了张曼成以外，黄巾军的创始人大贤良师张角还在冀州游荡。不过，他老人家虽然没有完全死心，但实在是变天无望了。再者说，张角他老人家只有有限的那么几个铁杆追随者，别说攻城略地了，如果不是王琦罩着他，他连自保都不可能。
早在汉灵帝光和七年（184年）三月，荆州黄巾军就在张曼成的率领下，攻克了荆州南阳郡治所宛城，斩杀了太守褚贡。从此之后，张曼成以南阳郡宛城为根据地，势力日渐强大，一度席卷整个荆州，和张角所率大军遥相呼应，真是不可一世。
在北方，大举进攻冀州的黑山军被王琦剿灭，卢植、皇甫嵩、朱儁率领的官军精锐大获全胜，张梁、张宝、波才等黄巾军将领战死，走投无路的张角潜入冀州。这些状况都表明了，黄巾军的北方主力已经全军覆灭，整个北方已经和黄巾军没有什么关系了。
张曼成当然了解北方黄巾军的情况，不过，他虽然感到情况不妙，也知道自己独力难支，但是他依然抱有一丝幻想，妄图在张角之后，独挑黄巾军的大梁，实现推翻汉朝政权的理想。
孙坚担任长沙郡太守后，他和曹操、王琦一样，不约而同地想到要尽量收编黄巾军的败降士卒，以扩大自己的势力。孙坚深谋远虑，志向高远，不止限于彻底扫平自己管辖的长沙郡范围内的黄巾军，更亲自提兵越过长沙郡边境，不遗余力地剿灭邻近的襄阳郡、江夏郡、衡阳郡、南郡，甚至杀到扬州地界去剿灭黄巾军。
其它各郡的官员见孙坚似乎和黄巾军有深仇大恨似的，不留情面地到处追剿，虽然搞不明白状况，但是孙坚除了向大家要粮草、补给以外，连抚恤金都不要，更把战胜黄巾军的功劳让给当地官员。各地官员被张曼成所部黄巾军弄得苦不堪言，孙坚的大军一到，专门和张曼成作对，简直就是天赐的荆州救星，谁还会反对？
于是，以长沙郡为中心，孙坚逐渐平定了荆州境内很大一部分区域。在征战中，孙坚也逐渐成长起来，得到了很多文臣武将，兵员数量得益于大量收纳黄巾军降卒，更是不断增加。
虽然孙坚的势力还没有达到南阳郡，但是，张曼成先占领荆州，再徐图中原的企图已经化为了泡影，绝对无法实现了。
黄巾军主力失败后，朝廷也数次派出人马，欲图彻底消灭荆州黄巾军。但是，汉灵帝这个皇帝确实完蛋，他觉得荆州远离洛阳，不愿意派遣更多的部队彻底消灭黄巾军。在灵帝想来，只要乱军没有逼近帝都，不影响他搞女人，费太大的力气根本不值当。
但即使如此，由于孙坚基本上在荆州南部消灭了各路黄巾军，荆州北部各郡得到了缓和的机会，此消彼长之间，张曼成危机四伏，顾此失彼，眼看着就要抵挡不住了。
在这千钧一发的关键时刻，白波军在并州起事，直接危急司州，随时可能进犯首都洛阳。这下子，汉灵帝终于着了慌，急忙把原来准备派往荆州剿灭黄巾军的部队都调到了并州方向和白波军作战。虽然这些部队战斗力有限，但是一旦杀到荆州，肯定能给风雨飘摇的张曼成所部带来巨大的压力。这些部队转攻并州方向，使张曼成得以喘息，专心抵抗荆州武装的围剿，于是，双方再次进入胶着状态。
可是，好景不长，白波军很快就完蛋了，并州被丁原得到。这样一来，朝廷的部队又可以杀往徐州和荆州。
随着反骨仔臧霸反水，由黄巾军摇身一变，成了官军，徐州的黄巾军日见衰微。臧霸投降王琦后，陶谦手下的丹阳兵在曹豹率领下，席卷徐州，徐州黄巾军终告消失。
徐州黄巾军的消亡，对荆州张曼成来说，真是雪上加霜。这时，荆州大部分地区的黄巾军都已经失败了，只剩下张曼成和他的亲信部队。张曼成束手无策，只能盘踞在宛城，能拖上一天是一天。
到了汉灵帝中平五年（188年）三月，朝廷任命的南阳郡太守秦颉率领大军，兵临宛城城下，展开了疯狂的进攻。
与此同时，南阳郡周围各郡的官兵，也都奉了朝廷的命令，纷纷落井下石，前来支援围城作战。一时之间，宛城城下，官兵扎下连营，在秦颉的统一指挥下，日夜攻城。
张曼成明知宛城早晚不保，但他为人勇猛刚烈，宁死不屈，亲自率领黄巾军战士殊死搏斗。
双方在宛城展开大战，死伤皆重，士卒的鲜血染红了宛城城墙。宛城内外，尸体堆积如山。
因为宛城已经是黄巾军最后的据点了，朝廷下定决心，要把宛城拿下，把黄巾军解决掉，因此，援兵、粮草、武器、辎重的供给都很充足，士兵的士气也很高昂。
城内的张曼成部则坐吃山空，守城器械得不到补充，士卒眼看大势不好，士气低落，军粮也成问题。虽然黄巾军人数不少，但是，宛城城破实在只是早晚的事情。
到了四月末，张曼成已经率部死战了一个多月了，宛城已经是危如累卵，眼看不保。继续坚守城池，只有死路一条，张曼成万般无奈，遂下定决心，率领残部突围。
一个多月来，虽然占据上风，但官兵也身心疲惫。张曼成部拼死突围，官兵竟然抵挡不住，让张曼成冲出包围圈，逃向宛城东北方向的西鄂县桂山，潜入山中藏匿起来。
秦颉大获全胜，杀死黄巾军数万人。城破以后，因伤无法突围的黄巾军战士都被秦颉下令杀死。
官兵和黄巾军的尸体，都被运到城外焚烧，焚尸的火焰一直烧了好几天，才慢慢熄灭。
秦颉占领了宛城以后，稍做整编，立刻马不停蹄地衔尾而来，力求一举全歼张曼成所部。
秦颉派出了大量斥候，打探黄巾军的消息。掌握了准确的情报后，官军步步为营，终于，张曼成的残军被秦颉所部大军围困在桂山。这次，张曼成被困在山里，连城墙都没有，残溃之军，更是一触即败。很快，秦颉所部也没费什么大力气，就打败了最后的黄巾军队伍。
秦颉也真是个凶残狠毒的角色，下达了大屠杀的命令。冒死突围的荆州黄巾军残部有近万人之多，除了力战而死的以外，放下武器投降的黄巾军士卒也都惨遭屠戮，血染桂山。
张曼成束手无策，只能眼睁睁地看着黄巾军兵败如山倒，惨遭官兵的屠戮。作为黄巾军硕果仅存的最后一位领兵将领，张曼成实在无法接受残酷的现实，他不愿意活着被俘受辱，遂长叹一声，引刀自尽于乱军之中。
官军杀光了所有黄巾军士卒以后，秦颉命人找到张曼成的尸体，砍下张曼成的首级，送往京城邀功请赏。
这时，已经是汉灵帝中平五年（188年）五月上旬了。黄巾军从正式起兵，到现在历时四年多，有组织的军事行动终于全部停止了。
作者按：根据史料记载，汉灵帝光和七年（184年）三月，荆州黄巾军在张曼成的率领下，攻克荆州南阳郡治所宛城，杀太守褚贡。六月，新任太守秦颉全力反扑，张曼成战死。十一月，宛城失陷，黄巾军退至西鄂县桂山，被汉军围攻，阵亡万余人，这标志着黄巾起义的最后失败。
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