一六七四康熙十三年三月中旬，反叛形势进一步恶化耿精忠受吴三桂煽惑，据福建反叛。因而浙江顿时紧张，温州府所属营兵降贼，黄岩总兵官所属太平营叛乱，平阳兵变，耿藩悍将曾养性乘机北上，占领浙江南部。耿精忠于吴三桂约定合攻江西；另致信台湾郑经，请于沿海登陆。在这之前，是年二月下旬，广西将军孙延龄反叛。潮州总兵官刘进忠暗通逆贼耿精忠，于四月也拥兵叛。仍忠于朝廷的广东尚可喜，处于腹背受敌状态。江西巡抚董卫国虽然忠实可靠，但亦处在湖南、福建夹攻之中，而且民心不稳，康熙事后回顾当时江西情况说：贼未到之先，地方奸徒辄行倡乱，广信、南康、饶州、奉新、宁州、宜黄、安仁、永新、永丰、彭泽、湖口、泸溪、玉山、铅山等处，所在背叛，忠义全无。绅衿兵民人等，或附和啸聚抗拒官兵，或运送粮米助张贼势，或布散伪札煽诱良民，或窝藏奸细潜通消息，轻负国恩相率从逆，以致寇氛益炽兵力多分。
江西是广东惟一通道，江西吃紧，进一步危及广东。康熙根据形势发展需要，及时加强江南各地的军事力量，除原有的江宁将军额楚、杭州将军图喇、镇海将军王之鼎等之外，又新任命一批将军，分别率兵镇守各地。安南将军额驸华善守京口（江办丹徒）、定南将军希尔根赴江西，扬威将军阿密达镇江宁（南京），平南将军都统赖哈塔去杭州、平寇将军根特巴图鲁援广东，镇东将军喇哈达驻江南，以保护东南财赋重地，并防止叛贼吴三桂与耿精忠会师江西。
康熙十三年十一月二十八日率师启行。康熙又命大将军贝勒董额，日夜兼程而进，会同莫洛，速定四川昭化。结果，未等董额率军赶到，于是年十二月初四，莫洛统军行至宁羌（今陕西宁强）王辅臣便借口马弱缺饷，举行叛乱，炮矢齐发，经略莫洛遇难。
王辅臣反叛后，康熙担心事态扩大，急令陕西督抚招安，派遣其子王继贞，前往传达朝廷诚心招抚之意，并于是年十二月二十三日又颁发专敕，申明：责任在我，你没有罪；变起仓卒，也是出于不得已，朝廷只有矜恤，并无责怪。
然而均无效果。于是汉中、兴安先后为吴军所据。王辅臣派人守秦州（甘肃天水），自己携旧兵归平凉。吴三桂急送犒师银二十万两，授与平远大将军及陕西东路总管印各一枚。
王辅臣代吴三桂散发逆书、伪札，于是甘肃东部、陕西北部各府、州、县先后叛降，或为贼攻占。真是遍布伪札，所在响应，土寇羌番蜂起，陕、甘处在风雨飘摇之中。这时京师已无兵可调，康熙为此大伤脑筋。
一六七五康熙十四年二月，甘肃巡抚华善建议：逆臣王辅臣今据关山以东，岐山以北，黄河以南，与蜀贼连结，加以西番土回乘隙屡犯，河西危急。目前情势惟有甘肃提督张勇能破贼恢复，但事权不重，未免掣肘，请赐敕加大提督张勇权力，以绿营兵扭转危局。康熙立即采纳这一建议，授张勇为靖逆将军，委以收复甘肃全省的重任，仍兼管甘肃提督事务，总督不得节制，一切征剿机宜，听张勇便宜行事，镇将各官悉听统辖调遣。不久，张勇斩王辅臣来使，出首吴三桂的伪札印，康熙又晋封他为靖逆候。张勇手下的西宁总兵王进宝、宁夏总兵陈福及甘肃总兵孙思克，个个骁勇善战，屡立战功。
同年二月十七日，康熙得知兰州城陷落，一面命大将军贝勒董额、将军阿密达等统领大兵分路速进，恢复秦州（今甘肃天水）、平凉，一面密令张勇及三位总兵率兵前来夹攻。
张勇亲自领兵下河州、洮州，进取巩昌（陇西）为南路兵；王进宝领兵攻兰州，为西路兵；陈福自宁夏南下恢复花马池、定边等地，为北路兵。加上董额等东路的兵力，对王辅臣取四面包围之势。孙思克策应各路并兼领凉州（今甘肃武威）、甘州（今甘肃张掖）。
自是年二月至六月，仅用五个月时间，除王辅臣盘踞的平凉及其附近的固原之外，其余失地相继收复，三边渐趋稳定。康熙令绿营官兵自成一军，独立作战，或以独立、平等地位与满军联合作战，提高了绿营官兵的地位，使绿营官兵的智慧和力量得到了充分发挥，因而取得了骄人的战绩。
大将军董额因袭旧习，不尊重张勇的功绩。康熙察觉后，告诫董额：将军张勇劳绩甚多，不要藐视，以免引起愤懑。然而大将军董额并没有听从康熙之劝，最终果然不出康熙所料，张勇对董额的态度甚为敏感，因而一再向康熙表示不愿与董额合攻平凉府。这时董额也无力解决平凉府问题。
是年五月十七日，图海肩负重任，踏上征途，根据康熙重用绿营兵的政策，组织满洲兵与绿营兵以基本平等的地位联合作战。至平凉，在城北的虎山墩击败王辅臣所部断其饷道之后，立即派参议道周昌（字培公）入城招抚。
同年六月十五日，王辅臣率众来降，固原、庆阳等地相继归附。康熙以宽大为怀，复王辅臣原职，加太子太保，擢靖寇将军，命其立功赎罪。
至此，陕西全省平定，四川的逆贼十余万尽已歼灭。西北形势的隐定，使康熙能分出兵力增援江西。为表彰绿营领军功，加封靖逆将军张勇为一等侯；王进宝为一等阿思哈尼哈番，授为奋威将军，仍兼管平凉等处提督事务；孙思克升为一等阿达哈哈番、凉州提督。
通过西北平定王辅臣之役，全国绿旗官兵地位普遍有所提高。康熙见各省绿营兵剿御贼寇，恢复地方，功勋显著，于是，更加予以重视绿营兵。
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