同年八月，康熙皇帝分别派遣礼部右待郎折尔肯、翰林院学士傅达礼去云南，户部尚书梁清标赴广东，吏部右待郎陈一炳往福建，会同总督、巡抚、提督，经理各藩撤兵起行事宜。
康熙皇帝深知云南之行多有风险，于折尔肯、傅达礼启程之日，特遣侍卫赐御用佩刀一口，良马各二匹，以示关怀，并壮其势。
同年十二月二十一日，差往贵州备办吴三桂撤藩事务的兵部待郎党务礼、户部员外郎萨穆哈，奏报了吴三桂的返叛详情。
消息传来，举朝上下为之震惊。尽管反叛并非一时一事酿成，但撤藩是导火线，人们的视线不可免避免地集中在撤藩之议，因而责怪倡义者是理所当然的。
大学士索额图力主将前议三藩当迁者，皆宜正以国法。康熙皇帝十分冷静，断然否定索额图的意见，自己承担了全部责任，他说：联自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂返叛遂诿过于人耶？他力保主张撤藩者，诸臣对此：莫不感激涕零，心悦诚服。
康熙皇帝意欲派遣八旗劲旅平定叛乱，但朝内出现分歧意见。汉官左佥都御吏魏象枢反对自京发兵，说：圣人舞干羽而有苗格，何必劳师于远？贼至，我逸侍劳，即可息弭矣。
满族朝臣虽然在撤藩问题上意见分歧，但在派兵平判上意见却一致。他们当面反驳说：汉大臣反对自京派兵，主要是担心军需浩繁，不胜负担，所以建议就近调兵御守。户部尚书米思翰答道：贼势猖獗，非绿营兵所能克制，宜以八旗劲旅会剿。军需内外协济，足支十年，可无他虑。最后，康熙决定出兵平叛。
是年十二月二十四日，命多罗顺承群王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总领诸将驻守荆州。多罗贝勒察尼、都统觉罗朱满等八人参赞军务，都统范达礼、王国诏、副都统鲁西巴图鲁等十四员大将同往。因叛军已进湖南，荆州居民十分恐慌，为了大军早至荆州，安定兵民，康熙命大将军勒尔锦于所领兵内，又陆续派出三批先遣军，继硕岱之后，日夜兼程，开赴刑州。
荆州位居天下之中，自古即为兵家必争之地，康熙派重兵据江固守，遏制叛军北进之路，是稳定战局的重大决策。此外，又曾派都统赫业为安两将军，率京城所发官兵同将军瓦尔喀等由汉中入蜀，护军统领胡礼布为副将军，谐署前锋统领穆占、副都统颜布同往。两路大军出发之日，康熙亲赐敕印，谐堂子行礼，祭旗纛，亲出西长安门送行，可见对其寄予了厚望。
康熙考虑到大兵进征楚蜀，援兵自京发遣，难以及时赶到，而且会导致士马疲劳。于是，以山东兖州地近江南、江西、湖广，山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，故令副都统马哈达领兵驻兖州，扩尔坤领兵驻太原，秣马以待，所在有警，便即时调遣。又于距潼关、郧襄皆近的河南府（府治洛阳）设立新的中转站，命副都统塞格等率兵驻守。康熙为了及时掌握前线军情，命兵部于原有的驿站之外，每四百里置笔贴式、拨什库各一名以快速转递前方的军报，保证及时了解和掌握各路战况，尽快采取对策。吴三桂最初轻视了康熙，以为年方二十，怎会指挥打仗？
军事部署就绪后，康熙即于十二月二十七日颁发了一个声讨吴三桂背恩反叛罪行的诏书，宣布削其亲王爵位，表示以武力平定叛乱的决心。诏书训谕云、贵两省文武官员、军民人等：各宜安分自保，无听诱胁。即或误从贼党，但能悔过归城，悉赦已往，不复究治。至尔等父兄子弟亲族人等，现在直隶各省出仕居住者，已有谕旨，俱令各安职业，并不株连，尔等勿怀疑。其有能擒斩吴三桂头献军者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁，及以兵马城池归命自效者，论功从优叙录。联不食言！
一六七三康熙十三年四月初，吴三桂放还朝廷使臣礼部待郎折尔肯、翰林院学士傅达礼，并携来词语乖戾，妄行乞请的奏章。此后不久，喇嘛出面，建议朝廷莫若裂土罢兵。吴三桂欲以平等身份与朝廷对话，迫使康熙承认既成事实。康熙义无反顾，认为对背恩反叛之徒，或征剿或招降，必消灭为止，不能退让，为彻底粉碎吴三桂的幻想，康熙采纳诸王大臣建议，于同年四月十三日决定将吴三桂之子吴应熊及孙世霖处绞。将吴应熊正法，确实起到了以寒老贼之胆，以绝之望，以激励三军之心的作用。最初吴三桂自恃已占半壁江山，儿子又是皇帝懿亲，朝廷必不杀以为之招抚，当他闻及吴应熊被绞死，惊悖气夺，遂底于亡。
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