在迎来盼望已久的和平以后，幸存下来的人正在期盼着新生活的开始，有些人甚至认为他们已经进入了永久的和平，没有了萨菲罗斯的世界，充满了欢乐~幸福，人们对过去的悲伤渐渐的淡忘。但是，在平静的背后新危机的萌芽正在慢慢的生长。
在曾经被称为地球上最繁荣的城市里，也就是萨菲罗斯曾经在那里挑起战争的亚特兰迪斯城里，有一些人正在谋划着挑起新的世界大战。他们都曾经是萨菲罗斯的追随者，不甘心失败的他们对这个星球，有着更深的仇恨。在这些人当中，有一个叫做亚求卡斯的神战士，他对萨菲罗斯有着深刻的思念，在他和他的两个同伴体内都寄生着杰诺娃遗传思念，他们不断的召集那些曾经追随过萨菲罗斯的人，然后在一起向这个星球报复。
在杰诺娃遗传思念的驱使下，亚求卡斯和他的同伴菲卢斯，格力目焦对杰诺娃细胞有着很强的思念，因为只要能够得到杰诺娃的本体细胞，他们随时都可以重造一个强大的萨菲罗斯。在上次大战以后神罗公司的高层们，对过去所做的一切深感不满，他们撤换了以前的社长，把前任社长的势力驱逐出神罗，并且神罗的著名科学家?宝条，找到了一种可以将杰诺娃暂时封印的方法。神罗的新任社长?斯特莱夫也极力主张将杰诺娃细胞封印，直到他们找到可以将它毁灭的方法。
为此，斯特莱夫派出了他的两个最得力的助手?安琪鲁和北极雪，他们两个带着宝条博士发明的时间封印来到了地底之城，而这时亚求卡斯一伙人得知这个消息时，也急忙赶到了地底之城，大战后的第一场正义与邪恶的较量开始了。
正当北极雪要封印杰诺娃之时，亚求卡斯的出现将这一切都打断了。
“你确定要这样做吗，北极雪？”亚求卡斯充满蔑视的说，“是啊！我劝你们还是先花点时间，想想应该怎样逃命，才是最重要的吧！”格力目焦一脸高傲的表情，拔出了那把曾经夺去多人生命的利剑。
“亚求卡斯！！！”北极雪和安琪鲁一脸的吃惊，他们没想到萨菲罗斯的追随者们，竟然还没有死心，而且获得情报的速度是那么快，神罗的高层领导才刚刚下达封印杰诺娃的命令，亚求卡斯就已经知道了。“现在该怎么办呢？”北极雪在心里盘算着，以她的实力是绝对不可能打败，曾经身为神罗公司最强神战士之一的亚求卡斯。
但是，如果不尽快封印杰诺娃的本体细胞，整个星球又将会面临一场更大的灾难。正当北极雪在着急彷徨之时，突然格力目焦挥动着长剑，向她砍了过来，战斗就这样打响了。
正当北极雪被格力目焦的突袭惊呆之时，一个看似强大的身影挡在了北极雪的面前，那就是安琪鲁，他曾经也神罗公司最优秀的神战士之一，他所能做的就是尽可能的拖延时间，以便让北极雪有足够的时间去启动时间封印。安琪鲁用他的长剑顺利挡下了格力目焦的袭击。
“安琪鲁！！你想和我们为敌吗？”格力目焦一脸冷笑的说；“格力目焦，你们还不死心吗？萨菲罗斯已经不存在了，和平与安定才是这个世界的主流！”
“安琪鲁，你还不明白吗？只要母亲还在，萨菲罗斯大人，就永远不会消失”站在一旁沉默的亚求卡斯终于说话了。
“母亲？是杰诺娃吧，你这个不孝之子。”安琪鲁用一种嘲笑的声音说；“母亲对你们有什么意义，可以回答我这个问题吗？”这时神罗公司的斯特莱夫社长突然出现了，在他的身后还有神罗公司最近才成立的战斗组织——雷霆小组，小组的每一个成员都是十分优秀的战士，尤其是队长扎科斯，他曾经是神罗最强战士三巨头之一，是上次的大战的关键人物。
“可以吗？亚求卡斯”斯特莱夫问；“哈哈……没想到啊！斯特莱夫社长会大驾光临啊，我真是荣幸啊！”亚求卡斯兴奋的说；“谢谢，与其说那么多废话，倒不如快点回答我的问题。”斯特莱夫说；“母亲的意义”亚求卡斯停顿了一下；“是啊！你们的目的是什么”斯特莱夫问； “我们需要母亲的力量，为了再结合，无论如何……”亚求卡斯回答；“再结合？”斯特莱夫一脸的疑问；“哼哼…不明白吗，得到母亲细胞的兄弟，再次集中到一起，然后再向星体复仇啊，准备正在切实的进行着…”亚求卡斯露出了令人恐怖的笑容；“准备，难道你们已经做了什么吗？”斯特莱夫吃惊的问；“星痕症候群，你很了解吧，社长。生命之泉中寄托着母亲的遗传思念呢，可是我们却不知道母亲在什么地方。”
“你这是什么意思，亚求卡斯？”
“这可真要感谢你的两给优秀的助手啊，是他们为我们指明了寻找母亲的方向——地底之城。”
“是吗，恐怕让你失望了啊，我们并没有打算把杰诺娃交给你，萨菲罗斯的时代已经结束了，他给这个星球带来了太多的灾难，没有人会真正的期盼他回来”斯特莱夫郑重的说；“那就没办法了，因为我们是思念体，要想达到真正的再结合，只靠星痕和思念是不够的，所以我们需要母亲，找到母亲，并把细胞分给我们，否则是无法回复原来的样子的”
“原来的样子，你说什么呢”斯特莱夫用一种嘲笑的语气说；“想见识一下吗？”格力目焦又开始说话了；“什么？”斯特莱夫?北极雪还有安琪鲁以及在场的所有神罗公司的人，心里充满了疑问：“原来的样子到底是什么意思”
突然，亚求卡斯蹲了下来慢慢的他的身影逐渐变大，轮廓变得模糊，一个混沌的萨菲罗斯出现了。
“明白了吧，社长大人”亚求卡斯变得越来越恐怖，周围的人都出了一身的冷汗，“只要得到母亲，我们就可以完成再合体，像母亲那样，以这个星球作为船，去探索新的宇宙，直到找到另一个适合于我们的星球”
“那这个星球呢？”站在一旁的扎克斯耐不住性子了；“噢，扎克斯……不，应该叫你哥哥才对，但你是个彻彻底底叛徒，你背叛了母亲。”亚求卡斯声音颤抖的说，身上释放着一种令人毛骨悚然的气息；渐渐的亚求卡斯又变得平静。
“这个星球吗，那就要看你们的了，萨菲罗斯大人终究是要重新降临这个世界，是谁都无法阻止的”
“围绕着这个星球的生命之溪流，周旋于生与死之间的狭缝，如果说生命的本质就是如此的话，那么历史会循环那也是必然。”斯特莱夫回答说；“说的没错啊！社长，那些寄生母亲思念的人，他们的灵魂会返回生命之河的源头，然后不停的憎恨?怨恨这个星球。”
“也许你的想法是对的，亚求卡斯。可是对于我来说，拖延历史的循环，延长星球的寿命是我们的使命。”
“使命？哼哼，真够无聊的啊，真不知道，这个世界还有什么东西那么重要”格力目焦紧紧握住自己的长剑准备从北极雪手中抢夺杰诺娃和时间封印；“对我们来说，这个世界上没有什么东西是不重要”扎克斯生气的怒吼起来，“我会教会你怎么真爱这个世界的。”
这是的扎克斯挥动着自己的武器向格力目焦冲了过去，正在这时北极雪启动了时间封印，他们真的能顺利的将杰诺娃封印吗？
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