内丹仙学源于先秦神仙家的理论和方术，开始略分行气（炼气士）、房中（房中术）、服食（方士）三派，秦汉间三派方术相互融汇，曰见精致，至汉末魏伯阳着《周易参同契》，为内丹仙学和外丹仙学（方士）奠定了理论基础。而后内丹仙学靠师徒秘传延续下来，至隋唐时外丹仙学盛极而衰，内丹仙学遂传向社会。唐末五代著名内丹家钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操等以内丹仙学遂传道度人，使内丹仙学成为道教的主要修持方术。延至宋、元、明、清，道派和丹派合一，内丹仙学衍生出南宗、北宗、中派、东派、西派、文始派、青城派、伍柳派、隐仙派、龙门派等多种门派，逐渐发展到炉火纯青的境界。
中国的丹道学，有天元神丹、地元灵丹、人元大丹之分。据陆西星《玄肤论》而言，前两者属外丹学，人元大丹属内丹学。
丹有三元，皆可了命。三元者，天元、地元、人元之谓也。在丹道学中，人元大丹称作内丹，地元灵丹和天元神丹称为外丹。
天元谓之神丹。天元神丹乃是一种心灵转化物质神丹者，上水下火，炼于神室之中，无质生质，九转数足，而成白雪，三年加炼，化为神符，得而饵之，飘然轻举，乃药化功灵圣神之奇事也。贵在收积虚空中清灵之气于身中，然后将吾人之神与此气配合而修养之，为时既久，则神气打成一片，而大丹始成。”
地元谓之灵丹。灵丹者，点化金石而成至宝，其丹乃银、铅、砂、汞有形之物，但可济世而不可以轻身，九转数足，用其药之至灵妙者铸为神室，而以上接乎天元，乃修道之舟航、学人之资斧也。地元丹法，又称地元神丹，即外丹烧炼术。外丹烧炼又分为黄白点金术与炼制丹药术两种。黄白点金术，就是采取矿物质，用来烧炼黄金白银，以充修道之资，因为修道过程中是需要费用的，如古云“无财不足以养道”（关于此语的详细讨论，将另撰文）。炼制丹药术，是通过各种秘法，烧炼成丹药，用来服食，以点化自身阴质，使之化为阳气，而即身成仙。
这两种外丹方法，一直秘密传承，而今鲜有人知。
人元丹法，即男女双修派功夫。
古来仙家相传有“内丹成，外丹就”的话，換言之则为“内丹不成，外丹难就”。地元灵丹除去“黄白术”的药金、药银可作修丹之资斧而外，炼出的丹药多有剧毒，如非修成内丹的特异体质之人，服之必然丧命，又何言长生久视哉？至于天元神丹，乃是佛教所谓“心能转物”之大神通，若非以人元大丹开发出人体之生命潜能和心灵潜能，岂能采天地曰月之灵气凝为神丹乎？据说由地元上接天元，须先以地元炉火之金华筑为神室，此步功夫要七七四十九曰凝神不动以采金华，至于进一步采宇宙虚空中之阴**华聚于神室，而无中生有炼成白雪神符，更须人元大丹成就之仙人才可为之了。天元神丹是一种凝聚态的道，服之立即可以与道合真，连衣服、用具也同人体一起气化，化形为仙。相传黄帝鼎湖跨龙白曰升天，许旌阳服之拔宅飞升，刘安服之鸡犬升天，我辈无法究其实，仅视为丹道中古仙留下佚闻而已。内丹学真正要研究的，还是人元大丹。
人元谓之大丹。大丹者，创鼎于外，炼药于内，取坎填离，盗机逆用之谓也。古者高仙上圣，莫不由之。故了命之学，其切近而精实者，莫要于人元。”
人元大丹乃以人体之精、气、神炼养阴阳的**门，其中又大致可分为修炼自身阴阳、同类阴阳、虚空阴阳三种途径。分为四种：即虚无丹法、清净丹法、彼家丹法、龙虎丹法。
虚无丹法指文始派，近乎修炼虚空阴阳之法。至于修炼虚空阴阳的丹法，乃修炼虚空阴阳的法门乃人体和宇宙，心灵和虚空，体道合真的感应法门。丹家中派李道纯讲最上一乘妙道，以太虚为鼎，太极为炉，清净为丹基，无为为丹母，中为玄关，明心为应验，见性为凝结，三元混一为圣胎，性命打成一片为丹成，乃形神俱妙，直超圆顿之功夫，乃摄取虚空阴阳，浑照、浑化、浑忘之术。
清净丹法指北派，即修炼自身阴阳丹法。修炼自身阴阳者，俗称清净丹法，全真道北派多传之，以龙门派丹法为正宗。世间所传《大成捷要》、《伍柳仙踪》、《大丹直指》、《性命法诀明指》等丹经，皆是炼养自身阴阳成丹的法门。
彼家丹法和龙虎丹法是修炼同类阴阳的法门，俗称阴阳派。
彼家丹法走男女双修采补的路子，彼家丹法即修同类阴阳之双修法门，以陆西星之东派为高。东派双修双成者为高，此外尚有双修单成者乃至采补暖气之泥水丹法，修炼同类阴阳者，丹家俗呼之为阴阳丹法，内丹学南宗多传此法，乃是《周易参同契》、《悟真篇》一脉相承的丹家真传。这种修炼最高深不过**仙，小还丹。但若是在修炼时双方精气神异常契合，达到与天地阴阳交感，引来真阴真阳，自身阴阳和合，从而菜药结胎，成就地仙的境界。再继续下去则进入大道，可以神交感天地。不过能到这一部禀赋，心性、时机缺一不可。
龙虎丹法即同类阴阳之栽接法，须三家相见，龙虎并用，火药俱全。其中铅汞龙虎、弦望晦朔、火药符信、采取抽添等种种法诀，然三家之法难遇难闻，法财侣地之条件又难备，世间少有知者。有孙教鸾父子的《金丹真传》传世。
道教中一般将《周易参同契》和《悟真篇》视为丹经之祖，特别是南宗更将《参同契》与《悟真篇》作为隐有丹法秘诀的宝典，这是对的。但在内丹学的圈子里，丹家似乎更加推崇老子《道德经》和《黄帝阴符经》，认为此二书也隐有内丹法诀特别是南宗法诀。老子《道德经》和庄子《南华经》一偏于阴阳双修，一偏于清净孤修，分别为内丹学南北二宗丹家所喜爱。
南宗丹法必须用鼎，故将南宗称为“丹鼎派”。其实南宗丹法“先命后性，重在命功”，北派丹法“先性后命，重在性功”，这才是南北丹法的根本区别。
性是神，丹家以元神作药物，性功修炼是一项凝炼常意识（识神），净化潜意识（真意），开发元意识（元神）的系统工程；
命是气，丹家以元气作药物（炁）。命功是炼精化炁或者说精气合一的功夫。命功的要诀只有一句：凝神入炁**，炁**就是下丹田
丹家之药物，为精、气、神，但指先天的精、气、神。
人体有形、气，神三个层次，丹道入门功夫是对形，气、神三个层次的修炼．称作筑基。将人体的三大生命要素精、气、神作为炼丹的原料（药物），这些药物可以按后天、先天等不同层次分为阴性物质和阳性物质，再以人体的某些生命敏感部位（丹田）作为生理反应器皿（鼎炉），从控制呼吸和意念入手的鼎炉中炼养阴阳，由此激发出热、力、光等生理和心理效应、通过“回风混合，百曰功灵”，在以下丹田为中心的小腹部位产生可以觉察到的热量，称为“起火”，这种“天然真火”是药物在鼎炉中产生了放热的生理反应，反应物在中丹田和上丹田烧炼时还有力和光的效应，同时使人体转换为新的生理和心理信息编码程序。
丹家只有首先调息，耐心在丹田做积精累气的功夫，才能找准感觉，然后跟着感觉走，一步有—步的效验。如此回光返照下丹田，持续保持“炉中赫赫长红”，逐步“积精累气”，久而形成以肚脐为中心的原始星云般的沉甸甸的“物”，形象地称作“铅”，也叫先天真气，写作“炁”。炁中有**．称为炁**，于是“凝神入炁**”，便由气功进入丹功的先天修炼境界了。先天的精、气、神生成，才转化出真正的药物，才会产生自动转河车运药的内丹周天功夫。
人体的精、气、神有先天和后天之分，后天的精、气、神是呼吸气、交感情、思虑神，属有形有像、人为的东西；先天的精、气、神是无形的、自然本能状态的、功能性的、超越时空的东西。
先天的精、气、神在内丹学中称作元精、元气（写作炁）、元神，它们分则为三，合则为一，既是生命运动的三个层次，又是属于同一个生命运动的三种表现形式，相当于物质运动的热、力、光三种效应。
气功大多修炼后天精、气、神，待修到玄关一窍展开，转入先天的元精、元气、元神，才进入丹功阶段。人体有三个层次，即形、气、神，气功和丹功都要在形、气、神这三个层次上修炼。
炼精者，炼元精，炼气者，炼元气，口鼻呼吸之气。炼神者，炼元神，非心意念虑之神。”丹家将以意念引导气感贯通任、督二脉称作“转咕辘”，和内丹仙术“转河东”根本不同。至于气功师的“大周天气功”，是进一步将气感引向下肢及遍通全身，也和丹家炼无化神的大周天仙术不可同曰而语。
在炼气这个层次上，内丹学的要诀是“调息”。调息这功夫人人皆知，无非要求呼吸细、长、匀，逐步达到胎息的境界。
在炼神的层次上，丹家的要诀是“止念”。丹诀云：“大道教人先止念，念头不止也枉然”，足见止念为炼神的入手功夫。止念先要“端直其体”，即先调整身体的姿式。止念要身体直正，松、静、自然，特别要放松咽喉声带肌肉，以抑制语言信号的神经冲动，因为人是靠语言来思维的。以虚、寂、恒、诚为法决，先使精神进入恍惚杳冥状态，不昏沉不杂乱，渐入念中无念之境。凝炼常意识，净化潜意识，开发元意识”的心灵修炼
内丹学要花十来年死功夫从根本上变化人的体质，开发人体潜能，凝炼人体精、气、神，这须要外部环境和人体的内部环境相适应，以便发生天人感应的作用。
内丹学将常意识称作‘识神’。内丹功法在入静初期一切杂念、游思都属于识神的活动，通过常意识的自我控制可以凝炼为意念力，集中意念力又能开发深层意识“潜意识”，潜意识是一种非理性的意识，包括人们平常不易觉察的童年记忆和隐藏的**、各种人生**、心理创伤等，这些潜意识在背后强有力地影响着人们的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神病等心理状态中破译出潜意识的原形。内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、各种魔境、幻觉等都是潜意识作怪。内丹功法要净化潜意识，并通过一定方式（如熟读丹经、牢记师傅、背诵口诀、默念咒语、反复训练等），将炼丹的程序编码输入潜意识之中，使之转化为‘真意’充当引导炼丹过程的‘黄婆’。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为阴神。阴神是人格化了的潜意识，可以脱体而出，具有透视、遥感，预知等超心理学的人体潜能。
人类心理的最深层次是‘元意识’，在内丹学中称作‘元神’。在内丹修炼到元意识显现时，呈一种极端清醒却毫无思维的心理状态，这说明元意识是比潜意识更深一个层次的意识，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫长的生物进化中遗传在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真正的‘自我’，因之丹家也称之为‘主人公’。元意识在内丹学人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为阳神。
这样，内丹学实际上是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的人体系统工程。阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，可以脱体存在，是人的身外之身，丹家称作‘法身’。
内丹学中还有一最重要的理论，是关于“先天一炁”的学说。内丹学认为，在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，先有一炁产生，丹家称之为元始先天一炁、真一祖气、太乙含真气。这种先天一炁，是宇宙大爆炸之前的初始信息，是宇宙本源的节律，是生机勃勃的道炁。
内丹学的清净功夫或阴阳功夫，都是要通过阴阳交感的原理将先天一炁招摄到体内，使自己的身心与宇宙的自然本性契合，反回到先天的道的境界。内丹家炼精化炁、炼炁化神、炼神还虚的步骤，也是要通过元神的激发，在量子层次上调谐人体节律和宇宙的内在节律，使元意识凝聚为阳神，在人脑与宇宙的同构感应中，达到天人合一的绝对境界。
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