12月1日，日本当局在联合国大会上请美国出面，要求与中国展开停战和谈。中国驻联合国代表李英凡义正辞严的指出：和谈可以，但日本必须首先检讨发动战争的罪行，退出所有中国被占领土地，赔偿中国人民在战争中所遭受的损失，这是中日和谈的前提条件和基础。另外，和谈应当在联合国的主持下展开，美国没有资格当和事佬，因为，美国自己也正与中国处于交战状态，双方之间只是暂时停战，还没有完全结束战争状态。而中国人民是有决心和能力将这场卫国战争进行到底，直至取得最终的胜利。
中国代表在联合国大会上的强硬发言表明了中国将继续战争的坚定立场，这对以美国为首的侵华联军是一个不小的打击，这促使美国当局重新调整了其亚太战略部署，决定对中国施加更大的压力，迫使中国政府尽快屈服，因为只有这样才可能把中国逼到谈判桌前展开和谈对话，早日结束这场地区性战争。
于是，美国的秘密特使开始忙碌地穿梭于世界各地，英国、法国、德国、俄罗斯、印度、蒙古、哈萨克斯坦、巴基斯阿富汗、越南、柬埔寨、菲律宾、马来西亚、台湾等国家和地区处处都能看到美国特使诡秘的身影，一张更大更深的网迅速撒开了……
12月3日，侵华日军开始实施代号为“落叶”的大清洗计划，日本当局再被占领区宣布了五条军管措施：
1．凡日军占领区的中国居民，必须在7天内申请日本国籍，否则将被驱逐出境。
2．凡日军占领区的中国居民，都有权自由离开被占领区，日军件提供交通便利。
3．凡日军占领区一切原国有资源全部由日本驻中国战区管理局接管，涉及私人资产者需重新申请登记。
4．为保护平民免遭战争伤害，日本驻中国战区管理局将重新规划占领区的人居分布，建立新居民营为迁移者暂居地。
5．为维护当地治安，日本驻中国战区管理局将招募组建新的地方政府和治安部队，凡占领区拥有日本国籍的居民均可提出应征申请。
这五条军管措施一颁布，顿时再被占领区激起轩然大波，有些不甘心当亡国奴的热血中国人立即组织起来开始逃离被占领区，也有些人希望在日本当局那里捞个一官半职的，在第一天就欢天喜地跑去申请日本国籍，更多的人则是在观望等待，想看看以后的形势再说。
七天的期限一到，一个个由日军和汉奸组成的搜捕队开始抓捕驱逐那些没有日本国籍的中国人，他们被一车一车运到集中营，然后统一驱逐出境。为了便于控制，日军在中日主要战线接触地区划出了几个长达数百公里宽大的隔离区，并在各个交通枢纽建立了众多庞大的集中营，每天都有数以万计的中国人被成群结队地赶进集中营，然后运往隔离地区任他们自生自灭。
美国战地记者汤姆森在自己的战地日记中写道：
那些被驱赶的中国人像牲口一样被宪兵塞上闷罐火车或集装箱卡车拉走，在十几个小时的苦难旅程中，他们得不到食品、得不到饮用水，甚至连一条御寒的毯子都没有。在寒冷的冬夜，他们唯一能做的就是透过车厢的缝隙仰望明亮的星空，乞求初升的太阳早日到来，因为那样他们会感到暖和一些。当他们到达集中营或隔离地区时，多数已经是半死之人，这时候人们才能分到可怜的一点饮用水，食物是没有的，完全要靠自己解决。其现状惨不忍睹，不由得令人想起当年犹太人在纳粹德国集中营的情景。
在日军有计划高效率的清洗下，首先是沿海被占领城市中没有日本国籍又不愿自动离开家园的中国人被迅速清洗一空，他们或是被运往集中营，或是直接被投入隔离区不闻不问。他们的住房和财产立刻被来自日本的移民接受，紧接着清洗范围不断向内地扩大，大批的中国人不得不开始逃离被占领区沦为难民，对于那些自愿离开占领区的难民日军也不刁难，相反还提供种种交通便利，一开始人们还以为日本人是良心发现，但当他们进入隔离区时才知道自己是大错特错了。在绵延数百里的隔离区内密集的挤满了百万计的难民，无数缺衣少食的难民们在旷野瑟瑟的寒风中木然呆坐饥寒交迫。
中国政府对日本这种大规模清洗行为表示了极大的愤慨，在联合国大会上指责日本是在制造人道主义灾难，日本代表则反唇相稽指责是中国首先对日威胁使用核武器，制造了日本的人道主义灾难，迫使大批日本人不得不背井离乡逃避战乱。两国代表说到伤心激愤之处最后竟大打出手，把联合国大会听证会便成了一场东方功夫对抗赛，最后还是在各国代表的拉扯下才结束了这场激烈的外交之战。
对于汹涌而来的难民大潮，中国政府事先并没有做好充分的思想准备。刚开始对于那些逃难过来的被占领区居民各级地方政府还能够提供妥善的安置，但很快就发现力不从心了，一开始难民人数每天只有几万人，后来迅速激增到几十万，很快又突破了一天百万难民入境的记录，到这时候中国政府才开始警觉日本方面这是在有意识把被占领区的人口包袱转嫁给中国，但这已经为时已晚， 短短十天内超过700万的难民涌入了大后方。
这些难民的到来打乱了中国政府原定的反击计划，为安置他们的食宿和取暖问题，军方不得不动用军用物资储备救济难民，但即使这样也是杯水车薪无济于事，每天仍有数以百万计的难民汹涌而至，他们要吃饭、要穿衣、要治病、要住宿，这些在往常看来非常简单的问题今天却让所有的地方官员头痛不已。人以食为天，当几百万吃不饱穿不暖的人聚集在一起，那如同是一座将要爆发的火山，各种刑事案件偷盗抢劫案件层出不穷，好在绝大多数人能够向以政府的号召，有秩序的向内陆转移，但即使这样，有限的火车汽车交通运输能力也无法在短时间内将所有的难民运往内地，许多人因此不得不仍待在隔离区苦受煎熬。
截止到1月20日共计有约五千万的难民被日军驱逐出被占领区，这几乎相当于整个法国的总人口，日本总人口的三分之一，美国总人口的六分之一。为接纳这些被占领区的同胞，中国政府尽了自己最大的努力，在甘肃、新疆、西藏、内蒙古兴建了大批临时居民区，为了使难民早日得到安置，中国政府还铺设抢修了几条快速通道，火车、军车、民用汽车昼夜不停的奔波于内地和前线之间抢运难民，支撑如此庞大的运输行动仅靠民间力量是远远不够的，为此国家不得不动用战略石油储备和粮食物资储备。
在运送难民的同时，中国方面也相应的作了一些战略部署调整，把大西北的开发建设提高的大战略后方的高度，在以往的西北开发的基础上又按照“战时需要，百年大计”的标准抢建了大量军事基地、兵工企业、新兴城市，全国各地大批军事科技人员、物资、机器也开始向西北方面疏散。
在此期间日军利用其空中优势经常对内地进行骚扰，但没有再发动什么大规模的进攻，因为日本方面也在抓紧时间向占领区抢送军用物资，同时向海外转移国民。中国方面尽管无力展开大反攻但还是派遣了大批小部队渗透入日军占领区进行游击作战，千方百计破环日军在占领区的统治。就总体战局而言，中日两国在这一阶段都在谨慎地积蓄力量，积极备战，把主要精力放在整顿后方的基础工作上。
因此，也有人说中日之战的第二阶段打的是一场运输能力战，在这一局中双方打了个平手。
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