多少年后，世界上的环境开始好转。人类重回地面成为了可能。
然而，等方舟2号幸存的子民回到地面世界上时才发现，世界上的人类并未有因核战争而全部灭绝。虽然大部分的人类在末日后死去，或异化成为了兽人，人类的文明随同国家、城市的毁灭而消散于废墟之上，成为历史的尘埃。却还有些不少人类在恶劣如地狱般环境的考验中存活下来，并且开始了人类文明的重建。看来，实际的情况并不像电脑推导的那般恶劣，地面的环境还未恶化到人类无法生存的地步。
在发现还有其他人类存在，方舟内的人们感到了异常的兴奋。因为他们不再孤单。他们不再是地球上人类残存的遗孤，而每多一个人，也就意味人类世界的重建就多了一份力量。也意味人类文明多样性的存在就更多了一分可能。
但是，同其他幸存的人类的接触并不如他们所预期的那般令人愉快。联邦的建立出乎了他们的预料。恰巧的是，联邦七大城市之一的希望之城就坐落于离方舟不远的百里之外。
在发现希望之城后，他们曾派出人同联邦进行过接触。不过他们却未说明自己和游民的不同，更没有暴露过自己的位置。多年封闭的生活和遭人围攻的经历使他们对除自己之外的任何人都保持着一种警惕和防备。因此，联邦的官员也就将他们当作了普通的游民来看待。
方舟派出负责和联邦接洽的人却在接触中发现，联邦并不如他们所想象的那般美好。它绝不是人类紧密团结的楷模。联邦在力图消除各个国家、人种、民族和不同文化所带来的人与人之间的差异，试图由此消解各个民族和国家不同文化背景下所造成的人与人之间的矛盾，并由此从根本上杜绝再次发生世界大战的可能性，构建起一个大一同的人类社会来。
先不说这种想法是对是错，但他们极端粗暴的做法却是错到了极至。对于那些不同于这一信条的其他人类，他们采取了极端的暴力征服的手段。这种做法是诺亚方舟内的人们所宁死所不愿接受的。
诺亚方舟的居民中很大一部分是来自不同国度的学者和科学家，是人类社会的精英分子，是各个科学领域中的佼佼者。他们作为不同国家、不同种族、不同文化的代表，在自己所属国家和民族湮灭的今天，更加有一种民族的自觉，这种自觉促使他们坚守自己所信仰的文明，希望把它继承下去并发扬光大。又有谁会愿意就这样放弃辛辛苦苦保留下来的国家、民族的文化传统与信仰呢？那都是人类文明的宝贵财富，其价值远不是金钱可以估量的。
两者之间交恶，还有一点更重要的原因，却是联邦对兽人的剿杀。而这点，才是诺亚方舟和联邦矛盾对立不可调和的根本。原因？现在还不是说明的时候。
诺亚方舟的人因此与联邦关系交恶。不过由于联邦不知道他们的位置，所以两者间并未爆发直接的战争。但是诺亚方舟的人们为了自身的安危与目的，在关系交恶的那一刻起，就展开了对联邦，尤其是对希望之城的渗透与调查。好为以后的计划实施打下基础。
毕竟，防患于未然是诺亚方舟人们处事的一贯信条，这点从战前方舟的建立就开始了。
再后来，在联邦和游民的战争中，对于处于弱势的日族，他们给予了大力的帮助，以支撑他们不被联邦所灭。只不过在这一过程中，他们很好的隐藏了自己，未被联邦发现。
而近于灭亡的日族，也因为他们的帮助而支撑了过来。出于对诺亚方舟人民的感激，日族对联邦严密的封锁了所有关于方舟的消息。为了隐匿自己的行踪，方舟的人们对外时都称自己为密城的子民。日族的族人对外也遵守这一不成文的规定。同时允许方舟的子民在外以日族的名号进行活动。并和他们展开了最广泛的合作。
由于诺亚方舟与日族的亲密关系，在联邦的情报网上，误把诺亚方舟的人都当作了日族成员。这在很大程度上有利于诺亚方舟和他子民的隐匿。使诺亚方舟的子民在对联邦的战争中占得了很大的先机。诺亚方舟就这样作为隐秘的存在直到今天。
而今，随着夜魔部队在城内军事行动的展开，诺亚方舟也将揭去身上的神秘面纱，站到历史的舞台上来。
而这场战争的脚步，也因此越来越近了。
希望之城内，现在已是黄昏十分。街道上，来来往往的匆匆行人中，一位身着猎人制服的美丽女子很是惹眼。
她，就是初月。
低着头匆匆往家赶去的她，似乎有着很多的心事。那略微紧蹙的眉头中，带着一点点的担忧和迷茫。但这丝毫不减损她的美丽，反而更让人多了一分遐想：到底是什么让这位可人的美女感到烦心呢？
只顾匆匆赶路的她，和路旁只为多看两眼美女的行人并未曾发觉，五十米开外有个远远吊尾的神秘男子。
回到家中，草草的踢去鞋子，她在沙发上重重的跌坐下来，一天的疲倦和劳累立刻涌了上来，让人连一个小拇指也不想再动。
她用手揉着发胀的小腿，刚闭上眼睛，小政的影子就爬上了脑海。白天繁忙的工作中，大脑被各种工作所塞满，得不到一点空闲的时间，也就不用去这件事烦心。而回到家中，一旦静了下来，关于小政和那个身份牌的事就立刻的爬上了心头。
她试过很多方法，却无论如何去摆脱都不能对这个问题的思索。猎人医院的事件，明着是和病毒有关，暗地里呢？会不会和那个身份牌有什么关系？难道真的有人在拿猎人部队队员实验什么病毒吗？猎人部队里有什么人会这么做？我该不该将身份牌的事报告给上级？……无数的问题得不到解答，她的脑袋好象快要炸开一般混乱，虽然她的内心不愿意去承认，而是最最让她担心的，却是小政现在到底怎么样了。
从看到新闻报道上说猎人医院袭击事件中有小政的时候，她惊愕的失手摔碎了自己最心爱的杯子，看到他并未死，而是失踪的消息后，她开始了另外一种担心。
生死未卜的他，是被敌人抓住了，还是出现了什么其他的情况呢？她当然不知道小政给基打电话的事情，更不明白小政的失踪是他的一种战术。
从那以后，她开始不知不觉的开始留意起电视新闻来，在总部也有心无心的关注起工作人员中的各种小道消息和流言来。静下来的时候，小政那略带坏意的微笑和他生气时冷冷的目光总是会不禁意间浮现在眼前。这种担忧和思念越来越强烈，让她开始感到了一种煎熬。
小政啊小政，你现在在哪里？她在心中默默的念到。
一阵电话铃声打断了她的思绪。
她不情愿的站起身来拿起电话：“喂，这里是初月家。”
电话那头一阵沉默，没有声音。
“喂？你找谁？”初月又问道。
还是没人回答。
“奇怪的人！”初月嘀咕着想挂上电话。脑海却突然闪过一个念头，难道是小政？她赶紧道：“小政！你是小政吗？回答我啊！”
电话头终于传来了声音，很让人失望的，那却不是让她牵挂的小政那特有的低沉嗓音。
那分明是一个孩子的声音：“呵呵呵，阿姨，我要吃糖！”说完，啪嗒一声挂掉了电话。
听着电话中的盲音，初月好一阵失望。谁家淘气的孩子！可恶！她不情愿的挂上了电话。
初月居住的楼房后巷一间低矮潮湿的房间内，北岛摘下耳机，靠在了椅背上。
打错？不是小政的电话。那明显是个孩子的嗓音。整个看起来，仿佛是只是一个孩子的恶作剧。但细细想来，似乎又有些不对劲的地方。
听声音，对方是用街道上的公用电话打的，旁边有很明显的汽车轰鸣的噪音。一个孩子会拿自己家的电话搞恶作剧，但会拿钱去公共电话处搞恶作剧吗？可能性太小了！这个巧合太过差强人意。
呵呵，小政，你好狡猾！你怕被人监听，而故意不说话，而找个孩子来伪装，冒充只是恶作剧！想以此来迷惑对手！
没有直接对话，也就无法传递信息。而从初月听电话的反应上可以确定，孩子的那句话没有什么特定的含义。既然联系她的目的不是沟通，那他的目的就只有一个，那就是为了确定她是否在家，和家中情况是否正常而已。以此推断，那么小政下一步将采取什么行动呢？哈哈哈！我抓到你了！我的猎物！
北岛一跃而起，对着旁边的手下大喊道：“快，立刻赶到指定位置！没有我的命令，不许开枪！”话音未落，人已冲出了房门。他的脸上闪过一阵兴奋。如果他的推测没有错的话，相信很快就可以见到小政本人了。这次，我们一定要做个了断！
小政，我们又要见面了！
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