新计划的灵感，来自于百年前蒙古西侵的时代，那场战争中，魔法师们意外发现，被蒙古萨满的瘟疫攻势扫荡过的地方，教廷的威信往往直线滑落，当地幸存者们，对于上帝的信仰几乎荡然无存，反而是各种各样的异端邪说，都能够轻易的招揽的信徒。
从传统意义上说，魔法师与教廷之间在信仰上并没有太大的冲突，可是当科学教计划提上日程以后，这一切就都改变了。众所周知，信仰这东西，只有在形成规模以后才能产生巨大的力量，一个两个，根本无济于事，然而，当时的欧洲大陆却已经处在一个信仰饱和的阶段，想要把新的信仰在人群中扎根，首先就要想办法把人们的脑袋清一清。基于这种考量，一个大胆的想法，出现在很多激进派魔法师的脑海中。
应该说，能够进入科学教决策层的魔法师，大都属于道德观念淡漠的家伙，但是道德观念淡漠并不代表没有道德观，而无论如何，这个后来被定名为重塑的计划，实在太有点超出人类所能承受的心灵底线，以至于在它诞生的一百年内，默契的，没有任何一个魔法师把它提交到联席会议上讨论，然而，又因其有效性，在它被提交后，竟然也同样没有一个人去反对，于是很快的，一场恐怖的瘟疫席卷了欧洲大陆。
从莫斯科到马德里，从罗马到尼德兰，整个欧洲笼罩在黑死病的阴影之下，其恐怖的威力，甚至连创造它的魔法师们都始料不及，其所过之处哀鸿遍野、十室九空，天空被焚烧尸体的黑烟所掩盖，空气里到处都是死亡的味道，更令教会感到头痛的是，这场瘟疫爆发之初，他们还在忙于处理百年战争的善后事宜，以至于完全没有意识到这场灾难的恐怖，至于发现问题以后，却已经连自身都难保了……
然而，教会的报复也来得相当激烈，他们毫不犹豫地把所有法师都打入另册，视为魔鬼的代言人，并且，在大陆上展开了一场轰轰烈烈的猎巫运动，于是，除了处理死者的火葬堆以外，焚烧巫师的烧烤架也成了欧洲大陆上的一景，很多隐居在市井中猝不及防的法师们不幸遇难，反倒是，真正罪魁祸首的科学教，却借助海峡的保护，没受到半点波及。
猎巫运动影响深远，从教会的角度来看，正是因为这场运动，在一段时间内，有效的阻挡了科学教向大陆的扩张趋势，并且让大陆上的当权者看清了，到底谁才是欧洲的主宰。然而对于大多数定居陆地的魔法师们来说却是一场彻头彻尾的无妄之灾，结果，就算原本对于科学教制造这场瘟疫心怀不满的施法者们，为了保住自己的小命，也不得不投入科学教的怀抱，为其进一步的发展奠定了基础。
瘟疫消退，正如魔法师们所预料的那样，教会的信仰基础在很多地方变得岌岌可危，趁此机会，魔法师们在大陆上建立了一连串新的据点，其中尤其以原本就是罗马共和国统治核心的意大利地区成就最为辉煌，一夜之间威尼斯与佛罗伦萨的街头，多出了无数打着科学家、艺术家旗号，改头换面的魔法师们，人们争先恐后的来观赏这些新时代的奇迹。
面对这种危险的局面，教会迫切的需要一些变化、一些轰动来转移人们的视线，于是，在教会控制最严密、宗教裁判所势力最强大的伊比利亚半岛上，决策者们深思熟虑之后，制定出了一个同样改变了世界格局的远航计划——然而，改变的方式，却和他们所希望的截然相反。
作为一个历史悠久，并且出现过一位圣者的基督教会，对于这个世界的地理构成自然是非常清楚，然而他们所清楚的东西，普通的老百姓却并不知道，而远航计划的目的，正是把那片不为人们所熟知的，富含黄金、白银的大陆找出来，展示在大多数人面前，以此来展示上帝的奇迹，唤醒人们的信仰之心。
计划大部分是成功的，他们的确带动起了一股潮流，然而教会却忘记了，魔法师们之所以能够在英格兰扎根立足，正是因为有一道浅浅的海峡保护，让他们远离了教廷的核心控制区域，而无疑，新大陆的地理位置，简直比英格兰又要好得太多太多了。于是，教会的石头搬起来了，没有建成奇迹，却砸了自己的脚。
科学教第一时间涉足新大陆的业务，首先，是利用一系列经过魔法强化的航海物品来讨好远航者，奠定自己在这一领域的地位，紧接着就在这片新的土地上开设分部，甚至为了能够顺利进行移民计划，不惜再次释放瘟疫，一气灭亡了新大陆上九成的土著居民。
在这一期间，为了能够放开手脚，科学教秘密鼓动英国君主另立教宗，从而彻底斩断了来自教廷的干涉可能。此时此刻，科学教已经再也不是一个处处受到教会势力压迫的小小反抗组织，反而成了一个日渐崛起的、咄咄逼人的新生强权，受此刺激，就连教会内部都开始出现要求改革、妥协的不同声音。
此后，教会又一连几次试图对科学教的力量进行围剿，然而无论是武力攻击还是政治迫害最终却都被一一的化解，反而是自身最重要的海上力量，号称纵横七海的无敌舰队被科学教一举击破，沉入大海，从此，彻底失去了对新大陆的控制。
不过真正使得教会发生改变的开端，却来自于一位伟大的魔法师埃萨克•牛顿爵士。历史上，牛顿爵士是地球位面中第一位系统阐述波构造理论从而为科学计划奠定理论基础的伟大奇才，并且，也是枯魔期以来第一位突破生与死的界限成为科学巫妖的强**师。然而，他最大的成就莫过于晚年义无反顾的投入教会怀抱，并且最终获得教皇的信任，为科学教彻底控制这个生死大敌打下了基础。
面对着越来越严酷的局面，教廷的有识之士们不得不做出了最坏的打算，他们利用各种各样的借口把一批信仰最坚定的教士聚集起来，连同一大批珍贵的圣物和医院骑士团、条顿骑士团、马耳他骑士团等宗教武装组织的精英一起，通过一个强大的神术转移到了月球背面，并且，在那里建立起一个复兴基地。
此后的局面完全符合了有识之士们的预期，科学教步步紧逼，教廷力量节节败退，只能依靠宣传科学和宗教并不矛盾之类的说法，苦苦坚守着最后一点信仰资源。尽管如此，科学教的最后一击，却终将到来。
科学教领导者们的恶趣味不能不叫人感慨，他们所选择的，给予教廷最后一击的地方，正是当年第一次登陆尝试失败的法国，只不过，这一次吸取了教训的科学教，却再也不会那么愚蠢的亲自披挂上阵了。
经过多年经营，在欧洲大陆的本土上，科学教已经成为真正的唯一强权，从意大利亚平宁半岛上兴起的名为文艺复兴实为思想重塑的运动已经深入影响到了社会生活的方方面面，在此基础上，科学教取得彻底胜利本是水到渠成的事，然而，大约是为了向全世界展现自身的实力，又或者，是出于不甘寂寞的报复之心，经过周密的策划之后，一场轰轰烈烈的大革命运动席卷法国，并进而影响到整个世界的格局。
计划的第一步，是思想上的鼓吹造势。在科学教的思想占据主流之后，民众本就对于传统上所谓神授的王权积累了大量的不满，而此时，魔法师们又通过各种途径，把用尽一切溢美之词加以修饰的传统联席会议政治形式充分展示在他们面前，其效果，简直好像是往一锅已经烧得滚沸的油锅里扔了一团火球。
教廷的阻拦显得如此无力，以至于根本不需要科学教进行干涉，仅利用法兰西旧有的投石党传统，就已经取得了一场华丽的胜利，然而，在最初的胜利之后，科学教内部竟然陷入了莫名其妙的路线之争，对于到底要不要直接出面统治的问题，几方势力相持不下，甚至造成内讧，直接导致拉瓦锡等著名魔法师死亡（详见科学教大事记）。
最终，这场胜利，莫名其妙的被一个自称来自意大利的青年魔法师波拿巴所篡夺，此人在革命前期曾经做过不少细致的工作，从而为他换来相对较高的位子，并且，由于其正统魔法师的身份，虽然在统治以后对科学教上层不假颜色，很长时间内，英格兰的本部也并没有质疑此人行为的正当性。
一个极隐秘的事实是，这位伟大的征服者阁下实际上是一只出身于科西嘉岛上的吸血鬼，因此，他虽然借助科学教上达高位并且得到强大的武力支持，但始终和正统的魔法师们若即若离，甚至不停的冲教廷抛着媚眼，借此来左右逢源，进而横扫欧洲大陆。
波拿巴身份被最终揭露，完全源于一个意外事件。当他终于忍不住诱惑决定登基的时候，教廷甚至请出教皇本人为他加冕，面对如此殊荣，由于对神圣力量的天然恐惧，他却作出一项非常不合时宜的举动：从这位神明代言者的手上抢下了王冠……
虽然这个事件后来被他以没其他人有资格为自己加冕的理由掩盖过去，但是手掌上一圈火烤过似的痕迹却瞒不过有心人的眼睛，于是他的好日子到头了。
教廷上层对于一个死灵篡夺了属于人类的最高权力固然愤恨不已，科学教也同样不希望欧洲大陆的力量平衡被打破，甚至就连世界上唯一一个非人者统治的国度俄罗斯——蒙古人灭亡以后由一群狼人所建立——也不愿意出现这么一个竞争对手，群起围攻之下，波拿巴大帝的帝国迅速崩溃，大量吸血鬼混入法国与俄罗斯的民间。
波拿巴本人反而并没有死于这场灾难，更大的不幸在等着他。因为魔法师们无意间，在这只吸血鬼的血液里发现了很奇妙的东西。
我们知道，现代世界的魔法网络，是依靠人们对科学的信念而维持的，信念原自灵魂，而血液是灵魂的载体，吸血鬼在吸食血液的过程中收集到这种信念力量，融入自己的血液中并加以提纯，这样一来，就让吸血鬼的血液变得如此非同一般，乃至于只要小小的一滴，就足以让一个学徒连续扔出四五个解离法术。
现代社会中，科学教最看重的资源便是吸血鬼的血液，而这个秘密最初，就是从波拿巴的身上发现的。为此，科学教不惜留他一命，名义上加以流放，实则将他抓进了实验室。
由于科学教内部问题和波拿巴的出现，教廷得到了一次苟延残喘的机会，但是科学教本身却也并没有遭到损失，反而因为吸血鬼血液妙用的发现实力大增，于是，当他们卷土重来时，便更加的势不可挡。
应该说，教会也是认识到了这个问题的，为了提防科学教的再次进攻，他们不惜将最后的一些力量全都投放到法国，谁料，这却带来了一场灭顶之灾。
根据剿灭波拿巴时的协议，科学教不得介入法国内部事务，如此这般，光靠法国本地投石党的力量根本不可能与教廷所布置的强大武力争锋，然而，谁都没想到，看起来隔岸观火的魔法师们，往棋盘上扔下了一颗名为贞德的苹果。
法兰西的圣女、自由之神的化身，曾经让科学教头疼无比的贞德，在被雪藏了几百年后再次出现在自己的国土上，受到鼓舞的民众焕发出百倍热情，把教廷最后的一点力量撕成了碎片，并且，意犹未尽的，一位画家根据贞德在大革命中的表现，绘制出了一幅艺术史上的经典作品：自由引导人民。
可怜的教廷，大半力量被送到月亮上，小半力量让圣女阁下撕了下酒，结果就是，当受到科学教暗中支持革命浪潮烧到自家门口时，已经彻底失去了自保的能力，不得不四处求告找人救命，不但英格兰的魔法师联席会议，就连俄罗斯那些几千年势不两立的变形人都看到了罗马上空血红的SOS。
牛顿爵士百余年前埋下的棋子终于生效了，隐身在教廷内部的魔法师们趁势而起，篡夺了教会上下所有的权利，从那以后，这个曾经统治着整个欧洲的庞大军事组织，彻底变成了科学教的意大利分部。
教廷的陷落，象征着科学教完成了对整个西方世界的支配，完成了这项伟大成就以后的魔法师们，开始放眼全世界，并且把目光对准了东方。那里，有一群从之前的千余年起，就始终占据了枯魔期魔法成就顶峰的人们。
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