台湾回归，施琅遣吴启爵驰京奏报康熙授施琅为靖海将军，晋封靖海侯，世袭罔替，其所属官员再各加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意。
一六八三康熙二十二年郑克爽、刘国轩、冯锡范等奉命至京，康熙授郑克爽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶上三旗，并令工部拨给房屋土地。其余郑氏文武官员并明裔等一律于附近各省安插垦荒。兵四万余人愿入伍归农听便。
台湾归降后，摆在康熙面前的一个突出问题，是台湾或弃或留，亟须作出决断。
当日，不少朝廷官员、封疆大吏认为台湾孤悬海外，易薮贼，欲弃之，专守澎湖主张迁其人、弃其地。
在这关键时刻，福建总督姚启圣、靖海将军施琅、都察院左都御吏赵士麟、侍郎苏拜、大学士李蔚等挺身而出，坚决反对弃台的荒谬主张，龙其是旋琅的真知灼见，对康熙的决策很有影响。
施琅经过亲自调查后，对台湾的弃留问题看的很远。他于同年十二月二十日上疏，具体深入地部析了台湾的情势，阐明了弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉的意见。
赵士麟、苏拜、李蔚等奏称：据施琅奏内称，台湾有地数千里，人民十万，则其地甚要。弃之，必为外国所踞，奸宄之徒，窜匿其中，亦未可料。臣等以为守之便。
康熙听取了各方面的意见，最后明确谕示：台湾弃取所关甚大，镇守之官三年一易，亦非至当之策，若徙人民，又恐失所，弃而不守，尤为不可。他要大学士会同议政王大臣、九卿、科道等再行确议具奏。之后，大学士明珠回奏：议政王大臣等认为，上谕极当。提巨施琅目击彼处情形，请守已得之地，则设兵守之为宜。
于是，台湾充立一府三县。置巡道一员分辖，隶属于福建省。抚曰台湾，附郭为台湾县，南为风山县，北为诸罗县，由台厦兵备道分辖。同时台湾设总兵官一员，副将一员，兵八千，分为二营，每营各设游守千把等官。康熙任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵，在杨文魁上任陛辞时，康熙特地面谕：台湾远在海隔，新经底定，彼处新附兵丁，以及土人黑人种类不一，你到任之后，务期抚辑有方，宜用威者慑之以威，宜用恩者怀之以恩，总在兵民两便，使海外晏安。他还告诫杨文魁：台湾以海洋为利薮，海舶商贩必多，尔须严饬，不得因以为利，致生事端。之后，文武各官陆续就任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，至此，台湾正式隶属于清朝中央政权的行政管辖之下。
台湾设治，始于宋、元，但皆编在澎湖。顺治十八年（1661），郑成功从荷兰人手中收复台湾之后，曾建立过承天一府及天兴、万年二县。郑经时又改为东宁府，升二县为州，设南、北路及澎湖三安抚司。统一后，康熙二十三年四月十四日，康熙批准差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建总督、巡抚所上奏疏，改东宁府为台湾府，于南路设风山县，于北路设诸罗县，于府治设台湾县，澎湖归府直辖，使台湾地方政权的建置逐渐完备。台湾府县的文职官员，准福建督抚于本省现任官内拣选，奏请皇帝批准调补，三年任满，工作称职，即予优升。
经督抚会疏交荐，康熙批准，台湾第一任知府由原任泉州府知府、汉军镶白旗人蒋毓英调补担任。他赴任之后，见井里萧条，哀鸿未复。躬历郊原，披荆斩棘，经界三县封域。相土定赋，罢不急之役。安抚土番，招集流亡，谘询疾苦，进父老子弟，教以孝悌之义。振兴文教，捐俸创立义学，延师课督，在政治、经济、文教等方面，均有所建树。他三年任满之后，升按察司副使，管台湾府事，实是连任三年。蒋毓英所建台湾府县政权组织完全与内地相同。台湾府衙署建在东安坊，大门向南开，改变了原来台湾官舍民居向西开大门的习惯，这是把台湾衙署采取和内地一样制度的象征。
政治上的统一，为台湾经济开发提供了必要的条件。康熙采纳兴化总兵吴英的建议，在驻台士兵中试行屯戍法，半为镇守，半为屯田。屯田者，每兵给田三十亩，牛一，课耕种，农隙操练，使兵有恒产，饷可省半。其后，福建沿海福、兴、漳、泉四府之民大量流入台湾，垦殖土地。
伴随土地的开发，粮食产量逐年增长，不但本郡足食，并可资赡内地。居民只知逐利，肩贩舟载，不尽不休。
台湾统一于清朝之后，文化教育事业也比郑氏统治时有进一步发展。蒋毓英于康熙二十三年建成台湾府学，其后又建社学三所，在他离任那年又建立一所书院，供学者讲学。
台湾建置，派驻重兵，实行与内地大体相同的政策，使边防力量大大增强，并在一定程度上促进了台湾经济文化的发展。
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