一六八一康熙二十年正月初一，赖塔在平定两广之后，从广西最西部的西隆州（隆林各族自治县）出发，大败伪将军何继祖等，夺石门坎隘口，恢复安隆所。又在同年二月初二大败伪将军詹养等两万贼众于贵州西南端的黄草坝（贵州共义），打开进滇门户。同年二月十二日，兵至云南曲靖府，十五日从曲靖府起行，相继收复马龙州、易龙所，十六日收复杨林城、嵩明州，进抵云南首府昆明。
与此同时，久驻云贵边界观望不前的大将军贝子彰泰，也率部向昆明进军。两路大军会师于归化寺，在是年二月十一日大败出城列象阵拒战的吴军万余人，然后进围昆明。云南、贵州的少数民族因痛恨吴三桂的暴政，感恩于清廷以往对彝、苗各族的优待，大力支援清军，协助解决军饷，对战局的胜利发展起了重要的作用。康熙特嘱大将军贝子彰泰，要奖励苗彝各族。
在四川方面，康熙重新起用王进宝，驰赴保宁，兼守汉中，以对付谭弘父子的骚扰。并调换指挥不得力的满洲将军吴丹和鄂克济哈，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路；以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。令其驰赴赵良栋军前，会商剿账。力争就地歼灭入蜀吴军。当康熙得知胡国柱等逃遁消息之后，于三月二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等：于文到之日，即各统官兵速行追击，勿使其援云南之敌。赵良栋从三月起追剿胡国柱于观音崖，五月收复泸州、叙州（宜宾市）、永宁（叙永），七月取建昌（西昌），乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱由鹤庆入云龙州，因走投无路而自杀；马宝逃到姚安，被迫投降；夏国相逃至广南，势穷乞降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵抵昆明。
至昆明后，赵良栋发现，先到的两位大将军，离昆明四十余里安营，并未设兵断敌水路，致使贼众米粮照旧运行，城内并无危急。而清兵十余万，围城九月未下，粮饷供应已较困难。因此，他主张就近速战，并要求担任主攻。大将军贝子以满洲贵族特权为重，却不顾大局，断然拒绝这一正确主张。幸好赵良栋已向康熙奏请，并得到支持。
同年九月二十二日，康熙以云南省城围困已久，若不从速克取，未免劳敝兵民，糜费粮饷。命大将军贝子彰泰、赖塔等，均派戴罪官兵及投诚绿营官兵，速行攻取云南省城。
同年十月初八日，彰泰等遵旨攻城，因指挥失利，而无进展。同月二十日：公议令赵良栋破南坝之贼，赵良栋于二十二日夜率所部，亲冒矢石，破南坝，夺玉皇阁，近逼新桥。贼据桥死战。赵良栋伏骑兵于南坝两岸，分步兵为三队，在墙外营壕，持大刀督阵。
同月二十五日夜攻桥，贼殊死挣扎，伪国公郭壮图亲自上阵搏战，三进壕墙；而伏兵三起应击，贼败走，赵良栋夺桥追至三市街。贼兵见抵不过清兵，人心开始动摇。这时，彰泰令诸军齐进，在桂花寺大败吴军。二月二十八日夜，逆首吴世瑶、郭壮图及其子郭宗汾自杀，次日伪将军纱或等率众出城投降。
至此，为时八年的平叛战争胜利结速，这年康熙已二十八岁。这场大规模的战争，锻炼了年轻的康熙，最初由于经验不足，处理三藩问题有些冒失，而后在指挥作战中逐渐走向成熟稳健。
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