佛教在西藏发展的历史分两个历史阶段，一般称“前弘期”和“后弘期”。7世纪中叶到9世纪中叶约2百年为前弘期。这一时期，佛教在吐蕃还是一种外来宗教，它在与当地原有的苯教不断斗争中发展起来，其间曾一度占优势。赤松德赞（755一797在位）时从印度迎来寂护和莲花生两大师，建立桑耶寺和僧团组织。期间，在印传佛教和汉传佛教之间曾引发一场争论，最终印传佛教在赞普的支持下得以取胜。赤祖德赞时，又委僧人为大相，并规定七户养僧一人之制等，佛教得到进一步发展。他的继任者赞普达玛期间，佛教遭受严重打击，但其后约百年，卫藏地区的佛教仍不绝如缕。
10世纪，佛教逐渐由西康、青海、阿里等地将戒律传回卫藏地区。同时有一些人去印度求法，其中最有成绩的是仁钦桑波，译出以密宗为主的不少显密经典。又从印度迎请阿底峡进藏，主要传授显宗教理，兼及密宗。这样，佛教逐渐在吐蕃复兴，并发展成独具高原民族特色的藏传佛教，而且从11世纪开始陆续形成各种支派，到15世纪初格鲁派的形成，藏传佛教的派别分支才最终定型。
格鲁派兴起后，噶当派则并入格鲁派而不单独存在。藏传佛教的派别差异既不像印度的小乘十八派是由于其遵行的戒律不同而分派，也有异于印度的大乘因其主张的教义不同而分派。其派别差异是因不同师承、不同修持教授、所据不同经典和对经典的不同理解等佛教内部因素和不同地域、不同施主等教外因素而形成众多派别。这是藏传佛教的又一特点。
藏传佛教教义特征为：大小乘兼学，显密双修，见行并重。显宗说一切有部、经部、唯识、中观四宗中以中观为最发达。龙树一系的论典以“正理聚六论”为中心，经过宗喀巴的倡导，中观应成派月称所著的《入中论》最受推崇，成为中观论著的代表作。《现观庄严论》与《入中论》两书汉文未译，而龙树的《大智度论》藏文未译，因而成为藏传与汉传佛学之一重要区别。藏传密宗一般分为事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部等四部，而各宗派多以无上瑜伽部的各种教授为主要修行法门。
藏传佛教的文献极为丰富。藏文《大藏经》分《甘珠尔》和《丹珠尔》两大部分，其中《甘珠尔》包括显密经律，主要为佛教的原始经典，《丹珠尔》为论藏，系释迦牟尼弟子对佛语的阐释和论述的译文集成。
藏传佛教传习和修证的处所分为讲道院和修道院两种，也有综合者。较大的寺院都有规定学制。各派各寺的规定不完全相同。如格鲁派哲蚌寺郭莽札仓规定：因明五年，般若四年，中观两年，俱舍四年，戒律一年，必须循序而进。戒律学完之后统称噶仁巴（经学士），其出路有三：1、少数申请应试格西学位，2、自由讲学或闭关修持，3、入密宗学院继续深造。藏传佛教的学位有多种名目，如噶希（四论士）、饶绛巴（博学士）等，原仅为尊称，后学制逐渐严密，须经过考试才能取得诸如拉仁巴、多仁巴、林赛、曼仁巴（医药士）等各种称号，统称为格西。
格鲁派中的“格鲁”一词汉语意译为善规，指该派倡导僧人应严守戒律。又因该派认为其教理源于噶当派，故称新噶当派。格鲁派既具有鲜明的特点，又有严密的管理制度，因而很快后来居上，成为藏传佛教的重要派别之一。
鲁派的佛教理论继承阿底夏所传的龙树的中观应成派思想，主张缘起性空。所谓缘起，即待缘而起，也就是说一切法的产生均有原因；性空则是自性空的略写，一切法均无自性，从缘而起，这便是缘起性空。修行上采取“止观双运”的修行方法，止观兼重，即主张止往修、观察修两种轮次修习。格鲁派认为，修止就是把心安住于一境，如果得到轻安之感，即是止的本体；修观就是通过思维而得到轻安之感，此为观的本体。修习应止观相互配合，由止到观，由观到止，而达涅。格鲁派认为戒律为佛教之本，因此重视一切微细教法，要僧人以身作则，依律而行。在显密两宗的关系上，格鲁派则强调先显后密的修习次第和显密兼修的方法。同时格鲁派寺院还重视文法、修辞、工巧、医药、历算等学科，对藏族思想文化的发展起过重要的作用。
对于葛尔丹来说，来到这里是他人生中最大的转折点，在近15年的生涯里，在学业上得力于**喇嘛的亲睐亲自教学，再加上他的勤奋好学，还有他的举一反三的能力，另外由于桑结嘉措是个不可多得的学习上的伙伴，学识渊博的桑结嘉措是西藏历史上卓越的天文学家和医学家，一生中写有30余部天文历算著作，以《白琉璃论》最为著名，成为西藏的官方历书。同时还撰写集藏医大成的《四部医典蓝琉璃》。如果他没有参与到政治，作为学者一定会名垂青史。有了这些内在与外在的辅助，很快葛尔丹再藏学和佛学以及天文等学目中成就不小。
另外闲时，和桑结嘉措的好友戴巴图尔宰桑切磋武艺，戴巴图尔宰桑用得一手好刀法，令葛尔丹羡慕不已，遂拜其为师，几年下来，刀法异常精湛，戴巴图尔宰桑大喜，特地去远地赶制“逐月弯刀”赠与葛尔丹，以表其用心。
无外乎五世**对他精心培植，曾道“**喇嘛之徒遍西域，特重葛尔丹，所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。
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忽一日，葛尔丹正在和戴巴图尔宰桑切磋功夫，忽传**喇嘛速令他去内室相见，于是，葛尔丹卸下盔甲和武器换上学服赶紧去了。
赶到内室后，发现桑结嘉措和一面熟只人都在其中。那蒙人见到葛尔丹后，激动不已，速滚地而拜，道“我的王子啊，终于寻见你了啊”随后痛哭不已。桑结嘉措紧接着说“弟啊，这是你的族人，你家出大事了”
“啊....这”葛尔丹虽不甚明白但听到族人赶紧扶其起身，又听家中出大事了。一把抱住此人狂叫到“怎么怎么拉，父汗他们怎么拉，是父汗让你来的吗！你说啊！”
**喇嘛看情形有些失控，于是示意桑结嘉措扶此人和葛尔丹坐下，然后听那人慢慢道来。
原来在这十多年里，葛尔丹专心学习就刚开始和家里有所书信，而后基本上没有了音讯。他的父汗巴图尔珲台吉在多年的征战中劳心过渡而过世，而本身厄鲁特个部都暗里不和，主帅空缺人心不稳后都想夺取它的地盘，但无法明夺，故，当葛尔丹之兄僧格即位后，异母兄弟车臣台吉和卓特巴巴图尔自持有别部支持，杀害了僧格夺了她的大帐，母亲和妹妹也不幸遇难，而僧格旧部阿奴可敦和博罗特和卓依然且战且退不肯归降，现站在面前的就是博罗特和卓。现如今的准葛尔部陷入车臣台吉和卓特巴巴图尔之手。而追兵以至阿尔泰山地区。
“大哥啊！”听到僧格和母亲都被杀，葛尔丹大吼一声晕了过去。
次夜，葛尔丹醒来，桑结嘉措就在身边照料，看到他醒来赶忙起身抚摩着他的头，道“我弟啊，我也万分伤痛啊，想当年你父汗待我如子，你兄待我如弟，虽然相处尽半年，但已经感情深厚了。”然后狠狠的看着窗外说“听到他们被害，我已经都痛恨入骨了。我会请求藏王，无论如何帮弟报仇。请弟稍微宽心啊”
葛尔丹握紧了拳头和桑结嘉措对击后，道“不抱此仇，不复为人！”
“好！”
“那你休息下，我会好好的，你放心！让我独自呆会”葛尔丹拿出贴身的琉璃玲珑刀，望的出神。
“唉那好吧，你的族人，都安排好了，你也放心！”说完看看葛尔丹，推门而出。
至深夜，忽杀声四起，葛尔丹提起逐月弯刀纵身出门。门外火光冲天，好象庙堂那边出事了，心中一紧。正要冲去，忽一群黑影突现，各个蒙面但看身型很象蒙人，一下子围住葛尔丹，葛尔丹大惊奋力挥舞着逐月和他们撕杀。但砍翻一个又一个上来，背上被砍数刀，猛的险境跌生。
正在左突右挡，远处冲来一队人马，近身看到原来是戴巴图尔宰桑带着博罗特和卓和喇嘛武僧。一下子情形大为改观，蒙面人纷纷被砍翻，剩下的做猢狲散。而后，藏侍卫也到了，纷纷追逐而去。
“怎么回事，怎么会有偷袭者，这么大胆！”葛尔丹撕下衣服绑住背上伤口后说道。
“是你准葛尔的反叛者，来暗杀你的。快到庙堂去，那边被纵火了。”戴巴图尔宰桑赶紧说，其他人紧随其后冲到主堂那边。
确实是车臣台吉和卓特巴巴图尔派来暗杀葛尔丹的，但为了声东击西，遂从别处下手，先纵火然后遇人杀人，已经有几十僧人被杀，而好几个扎仓都纷纷被烧，几百僧人丧命于火海。
一切收拾停当后，**喇嘛同意僧格旧部避至藏区，而通蒙的各个通道上严加把手，然后待旧部休整完毕后命葛尔丹率部属去剿灭叛军，而令桑结嘉措带上戴巴图尔宰桑提兵3万协助其行动。
至此总共蒙藏合兵共5万余人于此年(1670)，离藏开赴阿尔泰山地区，准备和车臣台吉和卓特巴巴图尔决一死战。而至此，蒙古草原上空乌云密布，一场席卷全蒙乃至全国的暴风雨就要来临，由漠西蒙古准葛尔部开始的兼并战争由此打响。一代雄鹰就此拨开云雾，直破重天。而草原民族最后一次绝唱由此开端....
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