陕西在此气氛下，民军纷纷起义反袁，陕军旅长陈树藩与各路民军暗中联络，曾引起陕西将军陆建章的猜疑，把他由陕北调往陕南。陈在三原宣布独立。陆建章的长陕军第1旅旅长陆承武自告奋勇，率部向三原进击，在富平一役被陈部营长胡景翼生擒，陈把他当作人质，要挟陆建章宣布独立，否则请他自动离开陕西。
陆建章曾做过北京军政执法处处长，是个屠杀人民血债累累的大刽手，他既要保全儿的性命，又怕人民清算他的血债，因此愿意离开陕西。陈树藩率部队和平开进西安。陕西独立，陈树藩任陕西都督，让陆承武任陕西护**总司令。
陆建章离开西安时，把他在陕西搜刮的民脂民膏，装在几十箱内带走，走出城外，就被陈树藩的部队拦路劫去。后来陈树藩替他追回了一部分，并派兵护送出境。
冯国璋自五将军密电泄露后，又发一电报给袁，表示对袁的政策不满。那些北方军阀中见这面旗帜已经竖起，便有不少人通电劝袁退位，袁的火气闷在肚里，装着不知冯已有异心，却派阮忠枢南下，请冯联络未独立各省军民长官，联名发出一个拥护定居总统的通电，以加强北洋军的团结。袁又去电叫冯会商各省，迅筹调停之法。冯国璋默筹甚久，自道不若将计就计，即准备联合未独立各省在南京举行会议，成立临时政府，选出临时总统，然后完成南北统一，召开正式国会，产生正式总统，他冯国璋再以东道主与盟主身份把总统争过来。
冯国璋便打电报给张勋、倪嗣冲，三人联名发起召集南京会议，电请未独立各省派遣代表参加。
张勋立志复辟清室，从未更改主张；那倪嗣冲打算对袁效忠到底。三人各怀异志，凑在一起，自然不可能有统一的行动。
全国各方面都提出以袁退位为解决时局办法。到沪国会议员256人联名通电，声明背叛国家的人没有与西南议和的资格。唐绍仪通电骂袁丧尽廉耻。张謇写信给徐世昌，叫他劝袁退位以平民忿。伍廷芳劝袁退位以求灵魂的安乐。除了极少数帝制派和主战分外，甚至北洋军阀也纷纷电请退位。袁只能借口保持国家安全。先筹善后办法，退位与善后则到南京会议上去解决。
参加南京会议的有奉天、吉林、黑龙江、直隶、山东、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈尔、热河、绥远15省区和上海、徐州、蚌埠等地区的军阀代表20余人。山东代表丁世峄在会议上首先提出袁氏必须退位，冯国璋暗中支持，河南代表陈裔时首先附和，各省代表都没有相反意见，虽未提付表决，但已占有极大优势。
不料倪嗣冲当天晚上忽然带领卫队三营赶到南京，他奉袁世凯密令来监视会议。次日，倪出席会议首先发言。主张维持袁的总统地位。丁世峄表示反对，湖南代表陈裔时、湖北代表冯国璋、江西代表何恩溥先后发言，都站在丁的一边。
倪回过头来问丁：
“你是不是靳将军的代表？靳将军是拥护中央地。你为什么却私通南方？”
陈裔时代丁解释说：“不是不拥护中央。爱人以德。”
冯、何恩溥也都随声附和说：“主张退位并不等于反对总统。而是为袁总统着想。”
倪嗣冲气得脸上青筋暴起。和他们争吵起来。张勋地代表万绳也支持倪地意见。反对袁退位。因此。以前同意袁退位地代表都不敢发言。冯国璋声明：“关于退位问题。本会无权表决。应召集国会来讨论决定。”大家一致赞成。
关于备战问题。倪和万绳询问各省能出多少兵。山东、江西和两湖代表都不发言。同样无法作出决定。
当南京会议发生争吵地时候。四川将军陈宣布独立。
进入四川与护**交战地北洋军将领都不肯替袁卖命。因而士气异常低落。冯玉祥两次派人和蔡锷接头。表示响应起义。愿联络在四川地北洋军采取一致行动。他主张倒袁后推举冯国璋继任总统。蔡叫他先劝陈宣布独立。张敬尧有信给蔡。表示他决不为项城一人争总统。蔡同样劝他宣布独立。
袁授意陈与蔡锷进行地方性的停战议和谈判。陈见冯国璋态度日趋明朗，曾公开打电报要袁退位。蔡锷又一再劝他宣布独立，以取得护**与民军谅解，形势逼人，陈叫秘书起草独立电报，一连换了三个秘书，起草了三份电报稿，总觉不当己意，不肯发出。
陈入川之前抱住袁氏之腿。恳请早登大位。当时就有人道，陈此举正是与袁有异心。抱腿属非常之举，正要结袁氏欢心，使他不疑，他日陈必反。固陈无耻，亦是袁世凯待人以奸，人以待袁以诈，不得不然耳。
袁世凯接到陈电报，竟然气得晕了过去，待醒来时，脸色涨紫，两眼热泪盈眶，万般悲痛，口中低沉无力地频频吐着：“人心大变”、“人心大变”四字。
袁氏发一道申令痛骂陈，怒骂陈背信弃义，又令陈入京，以重庆镇守使、川军第1师师长周骏为崇武将军，督理四川军务，曹锟督办四川防务，张敬尧加将军衔，帮办四川军务。却是想叫四川军人赶走陈，而以在四川的北洋军为监督。后来周骏果然打着崇武将军的旗号进攻成都，护**救援不急，陈鬯弃城而逃。
时隔数日，湖南将军汤芗铭依样宣布独立。湖南民军纷纷而起在各县暴动。陆荣廷电劝汤芗铭独立，汤长兄汤化龙亦从上海派人去长沙劝其起义，反戈一击立功自赎。汤惧湘西有北洋军4师之众，那倪嗣冲的弟弟倪毓芬又率安武军15营到达岳州。汤能指挥的北洋军只有一个混成旅，一旦宣布独立，必成俎肉，遂观望不定。后广西护**向湘边移动，永州镇守使望云亭不能支。向汤请示，汤即示以“独立求自保”，望云亭遂改所部为湘南护**，宣布永州独立。
广西护**继续向衡州移动，湖南民军声势更大。汤芗铭请袁撤退湖南境内北洋军，首先撤退岳州的安武军。才能避免南北两军在湘作战，湖南以中立姿态出现，可作缓冲地带，对北方有利。汤暗示陆荣廷，北洋军一撤，即宣布独立，请勿进兵过速。
袁世凯果然令安武军撤走。此时，汤化龙通过谭延与国民党军人派取得联络；国民党承认乃弟汤芗铭为湖南都督，保证不算旧帐。由国民党军人协助汤芗铭收编民军，改成湘军3师。
汤芗铭见有了保障，遂通电宣布独立。汤不好意思痛骂袁氏，措词温柔，引起护**不满，疑其为假独立，真拥袁，汤又补发一电，道：“公即取消帝制，不负为国法之罪人，芗铭虽有知遇私情。不能忘国家之大义”云云。
袁接汤此电，气得语不成声，原就病累不堪，遂卧床不起，召集有关人员举行榻前会议，令公布“帝制始末案”，道：“即今日之反对帝制者，当日亦多在赞成之列，尤非本大总统之所能料及。此则不明不智无可讳饰者也。”
袁又召蔡廷干道：“听说各国使馆认为我应该或者将要辞职？”
蔡见老袁面容黯淡无光，惟眼中一点火星尚未熄灭，便委婉答道：“大家都认为您十分需要休息，政府财政前景非常不好，困难与日俱增。”
一位法国医生和一位中医负责为袁治疗，诊断为尿毒症，已经不能排尿，遂决定从后背导尿，但只导出一滩血水。在场诸人一阵惊惶。老袁亦知病情严重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、张镇芳至榻前。对诸人略作点头，却已无力，只道得：“约法”两字。守在一旁的袁克定忙补了一句：“金匮石室。”
法国医生给袁打了一针强心针，袁慢慢醒过来，微有叹息之声，道：“他害了我。”说完气绝身亡。
有人说，袁最后服了一帖“二陈汤”以致送命，二陈是指陈树藩、陈，汤是指汤芗铭。
袁死后，众人打开“金匮石室”一看，总统继承人写着黎元洪、徐世昌、段祺瑞三个人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、张镇芳便讨论谁继任总统。众人无法开口，都推徐世昌表态，徐世昌道：“据约法，该以副总统继任。”
徐世昌这个老官僚地精明之处，不言新旧约法，因为新约法是西南护**所反对的，旧约法又是北洋派所不满的，但言约法，就能够做到两面讨好。无论根据新约法或者是旧约法，黎元洪都有资格继任总统，利用黎来收拾残局，利用这个政治俘虏为北洋派服务，对北洋派来说是当时最好地打算。徐怕他地主张堵塞了段想做总统的出路，于是瞟了段一眼说：
“这只是我个人的意见，最好还是总理决定。”
段祺瑞左手端着烟斗，右手往身后一背，心想，如果我当总统，不仅西南护**不会答应，就是冯国璋也不会同意。冯在反对袁世凯帝制活动中，形成了在袁与护**之间的第三种势力。如果让徐世昌当总统，他是袁的金兰密友，而且是北洋军阀“团体精神”的主要塑造者，和袁两人共同造就了北洋军阀，而且此人足智多谋，是不好驾驭地。想来想去，只有让黎元洪出任总统才比较妥当。一来让黎出任总统，名正言顺，能摆平多方关系；二来黎手里没有兵权。就让黎元洪当一个傀儡总统，大权仍操在我责任内阁总理手里，岂不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道：“很好！”
黎元洪继任总统遂定。
梁启超早已提出以黎代袁的主张，而且得到护**地赞同，那老袁在未死之前，对护**公开提出由黎继任大总统，对黎是否会公开倒向护**方面，十分担心，对黎防范甚严。他特派步军统领江朝宗监视黎的行动，江密令黎私邸之守卫队长：“无论如何不可使黎出东厂胡同一步。”
黎元洪不顾一切。竟在宅中放置一口空棺，以示其处境之险恶。黎的左右亲信都认为，黎居虎**，长此以往，实难保证安全。于是秘书瞿瀛、郭泰祺等人，通过日本东方通信社驻北京社长井上一叶。同日本公使小幡西吉，策划了一个协助黎元洪出京到南方行使大总统职权的计划。办法是：黎宅与刘钟秀宅一墙之隔，将墙凿穿，让黎易服钻洞入刘宅，再由日人一叶驾同仁医院病车，扬言刘有急症，须送医院，遂驰车送黎疾驰东交民巷。即由小幡从东交民巷使馆陪同黎元洪乘专车出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意这个计划。不料出走前消息走漏。东厂胡同黎宅附近军警密布，出走计划告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文绣流露将要出京之意。危文绣诘问何往，元洪未明答，只说：“将来再派人接你。”
危文绣早已受袁克定收买，因她与外交部特派湖北交涉员胡朝栋之妻为“手帕姊妹”，胡又与杨士琦过从甚密，从而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持价值2万元地珍珠赠黎妾危文绣，使探黎动静。危文绣得知黎元洪欲出京消息后。即告胡朝栋，胡又告杨士琦、袁克定。黎元洪出走不成，并不十分懊恼，反而说：“我是副总统，叫我易服钻洞，岂不失了体统！”
袁世凯气绝后，段祺瑞三往黎宅，劝黎根据约法代理总统。黎初闻袁死，将信将疑。先派长女绍芬去袁家探视，绍芬回报后，方信袁死。他对段祺瑞说：“项城聪明一世，不意竟有今日。”遂从私人存款中拿出10万元赠袁家属，为袁治丧。袁曾以10万元购买东厂胡同宅邸赠黎，黎以这种方式归还。对于接任总统一事，黎最初推辞不就，继而又表示无力维持秩序。段毅然道：“公为副总统，当然继任。公出。北京秩序。祺瑞当一人负责。”
1914年6月7日，黎元洪在东厂胡同宅邸前宣誓就职。
孙中山在上海发表宣言。要求政府恢复约法，尊重国会，即要求恢复民国元年地《临时约法》，把被袁世凯解散地国会恢复起来。西南军务院抚军长倪瑞也于6月10日通电北京政府，提出恢复民元约法，召集旧国会，惩办帝制祸首，将抵制护**之军队撤回原地，召集军事善后会议等4项条件，声明北方如同意此条件，即可撤销军务院和取消西南各省独立，云云。
段祺瑞对孙中山及西南护**地要求偏偏不理。又有国会议员孙洪伊、谷钟秀等，在上海自行召集议员250多人，联电致段祺瑞，要求恢复旧约法。
段祺瑞接此电报后，怀着极为矛盾的心情，与幕僚们研究对策，几天来都拿不出应付的办法。作为总理，他主张责任内阁制，而袁世凯的新约法地主要内容则为总统制，与他的愿望相背；旧约法的主要内容则是责任内阁制，对他甚是有利。但恢复旧约法，国会也将随之恢复。老袁非法废止旧约法，非法解散了国会，国会问题同约法问题，乃是一个问题的两面。要责任内阁制，就要旧约法和国会，国会之中，国民党人占多数，一旦恢复，他想个人军事独裁便行不通。
在南北双方就新旧约法问题之争陷入僵局时，不料驻沪海军总司令李鼎新率海军宣告独立，声明如不恢复《临时约法》，不恢复国会，不新组织责任内阁，海军就拒不接受北京政府地命令。此时北洋集团内部中，江苏将军冯国璋、河南将军赵倜等也主张恢复旧约法。
段祺瑞面对来自各方面地重大压力，感到有点难以支持，不得不于6月29日接受南方条件。
于是，黎元洪以大总统的名义，发布命令说：“共和国体，首重民意，民意所寄，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自3年1月10日停止以后，时越两载。迄未召复，以至开国5年，宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法。以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年3月11日公布之临时约法，至宪法成立为止。”
黎元洪还发布命令，定于7月1日召集国会复会。并下令裁撤参政院、肃政厅、北京军政执法处等机关。
关于约法问题和国会问题，段祺瑞虽然被迫屈服，但是惩办帝制祸首问题，段又与西南各省争执。
西南方面提出惩办地帝制祸首有：杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛所谓的“六”，和朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽所谓地“七凶”，合起来称为十三太保。事实上。参加帝制活动的岂止“十三太保”，除了不计其数的政治流氓称臣劝进地而外，还有为袁家皇帝摇旗呐喊的各省北洋军阀在内。
西南方面。认为如果牵涉面过广，可能会影响与北方地和平解决，因而只提出这些人，其余不究，希望北京政府惩办，以便对全国人民有所交待。所谓的十三太保，不但是护**所指出的“内乱重要罪犯”，应当“明正典刑以谢天下”，而且也是通国皆知的洪宪王朝的罪魁祸首。应说是绝对没有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等与不少帝制祸首具有血肉相联地关系，就替他们说话。北京政府在研究这批祸首名单时，首先袁克定从彰德打来急电，为雷震春、张镇芳乞情，这两个人就从名单中剔出；随后冯国璋为段芝贵乞情，李经羲又力保严复和刘师培，说他们是“当代不可多得地人才”，名单上又剔出了这三个人；
黎元洪认为李燮和、胡瑛都是老同盟会会员。为了对国民党表示善意，通缉祸首的名单中不宜罗列与国民党有关地人物，因此这两个国民党变节分也可逍遥法外了；
袁乃宽因与袁世凯有同族之谊，段也把他地名字剔出了。这样，“六”剩下“两”，“七凶”剩下“三凶”，合起来“十三太保”，只剩下了“五太保”。
还有人替梁士诒乞情，说他与银行界具有深切关系。留着他替政府筹款也是好的。但黎元洪大不以为然。他说：“那么，我们不下这道命令倒还好些。”因此梁“财神”仍然榜上有名。
由于祸首地人数越研究越少。北京政府自己也觉得交代不下，才又补进了并非首要分的顾鳌、夏寿田、薛大可三人，于6月14日以大总统名义发布命令，将这八人“拿交法庭，详确讯鞫，严行惩办，为后世戒。其余一律宽免”。
北京政府在惩办令发表之前，预先示意榜上有名的人赶快离开北京，因此，杨度、孙毓筠、梁士诒等从容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一带，有地则被张勋召往徐州，礼为上宾。北京法庭自然也就没有捉到一个祸首。
虽如此，西南护**也就满足了。6月14日，护**抚军长倪瑞、副军长蔡锷、政务委员长梁启超及南方各省诸首领，联名通电，撤销军务院，取消独立。至此，南北实现了统一。
北京政府在下令恢复旧约法地那一天，黎元洪任命倪瑞为副总统，段祺瑞为国务总理，并发表：
唐绍仪为外交总长许世英为内务总长
陈锦涛为财政总长段祺瑞为陆军总长蔡锷为次长
程璧光为海军总长张耀曾为司法总长
孙洪伊为教育总长张国淦为农商总长
江大燮为交通总长
唐绍仪未到任前，派陈锦涛代外交总长。6月22日调任孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长，6月30日改派谷钟秀为农商总长。
7月1日，国会议员们重集北京，召开了国会。汤化龙、陈国祥当选为众议院正副议长，王家襄、王正廷当选为参议院正副议长。黎元洪向国会宣誓就任总统。
北京政府又发布命令，各省将军、巡按使改名为督军、省长，任命名单如下：
奉天督军张作霖兼署奉天省长
吉林督军孟恩远省长郭宗熙
山东督军张怀芝省长孙发绪
河南督军赵倜省长田文烈
山西督军阎锡山省长沈铭昌
江苏督军冯国璋省长齐耀琳
安徽督军张勋省长倪嗣冲江西督军李纯省长戚扬
福建督军李厚基省长胡瑞霖
浙江督军吕公望兼署浙江省长
湖北督军王占元省长范守佑
湖南督军陈鬯兼署湖南省长（西南）
陕西督军陈树藩兼陕西省长
四川督军蔡锷兼省长西南）
广东督军陆荣廷省长朱庆澜
广西督军陈炳省长罗佩金（西南）
云南督军唐继尧省长任可澄（西南）
贵州督军梁兴国省长戴戡（西南）
直隶省长朱家宝兼署直隶督
黑龙江省长毕桂芳兼黑龙江督军
甘肃省长张广建兼署甘肃督
新疆省长杨增新兼署新疆督
川边督军李延（西南）
又任命龙济光为两广矿务督办，汤芗铭为广东查办使，李烈钧授以勋二位和陆军上将衔，着即来京另候任用。
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