正当星际联邦为突然出现的自由同盟惶惶不安时，为了稳定民心，联邦高层又爆出了一个更惊人的秘密。在银河系远离联邦，与同盟正好处于反方向的地方，另有一个辉煌无比的国度——银河帝国。它所拥有的力量，完全可以保护联邦不受任何侵害。
公元前2000年，当天狼星人科技又一次获得了突破，实现超光速梦想时。由于担心受到众神的非议和打击，波塞东立法不准将此项技术实用化。天狼星人的科技日新月异，所能掌握的力量越来越强大。并通过星际探索和移民，将触角伸得越来越远。许多神灵跑到恩美雅，向波塞东施压，要求他限制人类的科技发展。甚至建议他毁灭这些人类，重新再造。波塞东一直顶着巨大的压力，他也明白此时己方的实力太弱了。真的和众神闹起来，将会是当年亚特兰蒂斯事件的重演。但一味限制自己下边人类的发展，也是十分不利的。如果将来有一天，真的惹来某些强大神灵的进攻，没有实力就会遭到毁灭性打击。波塞东经过认真思考，做出了一个大胆的决定。在银河系与这边相隔很远的地方，另外发展一个势力。做大做强，以便在危急关头，发挥决定性的作用。在众神的眼皮底下发展势力是不合适的，波塞东也深谙“韬光养晦”之理。
波塞东派出一支秘密舰队，也是利用蛙跳的方法，来到一个离联邦及众神领地极远的星系，扎根发展。最初几百年内，联邦将许多优秀的人才暗中送到了那边。由于联邦内部各星系人口流动性比较大，高层巧妙地将失踪人口掩饰掉了。在那里，任何科技研究都是合法的。因为波塞东也希望那里能够培育出银河系最强大的势力。否则的话，天狼星人的明天，很可能就是亚特兰蒂斯人的昨天的重演。这是波塞东一直以来的心病。毕竟在亚特兰蒂斯经受的教训实在是太深刻了。
经过三千年的发展，那边出现了一个强大的存在——银河帝国。EVA技术早已被研究得登峰造极。成年人都可以接受超级化改造，变成与神一样的存在。所以它又是一个遍地是神的国度。因为“人神统一化”这个特殊性，它没有采用如同联邦的政治制度，而是实行了神界常见的帝制。奉波塞东为天帝，实行典型的君主立宪制。因而它被联邦冠以“银河帝国”的称号。
其实人改神是一项难度极大的科学技术。以往人体基因改造，功能增强，都是基于物质层面的，以提升细胞能力，最大发挥潜能为目的。而人改神需要另一种形式的突破，主要基于能量和精神方面。大能之神，与人类和初级神灵相比较，最显著的特点是，脱离了**的束缚，是以巨大能量的形式存在的意识精神体。当然也可以根据需要，变化出一具**，依附其中，以此示人。
当神体内的能量强大到一定程度时，**是远远不能承受的。所以会导致**的毁灭，而元神则会受到强化。物质形态彻底演化成能量形态。像这种神就有一个特点，如果仅仅**受到重大创伤，是不会死的。比如说，被刺中心脏、砍下头颅。而人类和低级的神灵就不行。神一旦强大到一定程度，可以将能量转化为物质，凭空创造物体。也就是神话中经常出现的用精神力制造万物。
在机器中，用逐渐增大的能量强化细胞，淬炼元神。到一定程度，毁灭**，只留下强大的精神形态。技术只能将人改造到一定水平，而实力的继续提升，需要靠自身的悟性和努力。银河帝国出现了不少实力出类拔萃的神灵，强大到了可以自由移动行星，将之置于恰当的轨道，使之适合普通人居住。所以银河帝国的宜居星球数到达了56颗，远超其它势力。
在帝国，普通应用科技的研究也没有停下脚步。超光速飞船的最高设计速度达到了光速1.8倍，可以进行每次100光年内的长距离跳跃。当然这边的大能者还是喜欢自己飞行，穿梭于各个星系之间。像一条条彩色的光带，在太空中疾掠而过。
波塞东将帝国公诸于众，也是经过慎重考虑的。他一直以来惧怕众神舆论的压力，但现在形势又起了变化。帝国的实力已经非常强大，足以应付潜在的敌人。自由同盟的出现，相对缓和了这种压力。而且当需要兼顾两个方向的威胁时，众神的注意力会得到分散。
波塞东这些年专心发展帝国，对联邦的实力已经不是很看中了。联邦差不多成了一个幌子，主要用于对众神的战略欺骗。联邦内部严格封锁关于帝国的消息，绝大多数人都不知道帝国的存在。为了防止泄露秘密，联邦颁布了宇航禁令，限制各种私人形式的宇宙探险。官方也基本上不再向联邦外围继续探索，整个星域开发计划都停滞了。
公元前77年，由无人探测器发现的美雅斯星球，基本上已经是这种探测器所能达到的极限距离。从此之后联邦再也没有发现新的宜居星球。联邦的宇航禁令及超光速、空间跳跃等科技研究的限制，也使得自由同盟非常安全，一直没有被发现。
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