第一集四路丧师
明万历２４年和２５年，紫禁城里连遭两场大火，烧毁了两宫三殿。怠政、好色又贪财的万历皇帝以重修两宫三殿为借口，派出大批太监到全国各地开矿收税，搞得民不聊生。白山黑水间的努尔哈赤乘机统一女真各部，于万历４４年建元称汗，国号后金。万历４６年，攻占抚顺、清河。万历皇帝大怒，起用杨镐为辽东经略，征调杜松、刘綎、马林、李如柏为大将，率领八万官兵，号称４７万，分四路进攻努尔哈赤，企图“犁庭扫**、绝其种类”。努尔哈赤采取“任尔几路来，我只一路去”的战法，首先集中兵力，在萨尔浒消灭杜松主力，然后各个击破明军，杜松、刘綎牺牲，马林、李如柏败逃，明军惨败。万历皇帝大惊，命令捉拿杨镐回京治罪，改派熊廷弼经略辽东。
第二集三案悬疑
熊廷弼到达辽阳，斩杀逃将，从严治军，冒雪巡视沈阳、抚顺，边事暂得安定。
万历４８年七月，本来就有病的万历皇帝经萨尔浒大败的打击，病情加重，即将宾天。内阁首辅方从哲召集顾命大臣商议为皇上起草遗诏的人选，大臣们推荐詹事府左春坊左谕德兼翰林院侍读、万历三十二年的榜眼孙承宗。方从哲想起，当年内阁在处理“挺击”案的时候，内阁大学士吴道南就曾经请教过孙承宗。孙承宗给吴道南出的主意是“事关东宫，不可不问；事关皇宫，不可深问。庞保、刘成而下，不可不问也；庞保、刘成而上，不可深问也。独皇上能了此，须中堂密揭启之耳”吴道南照此办理，果然妥当地平息了那场宫庭风波。于是决定由孙承宗起草皇帝遗诏。孙承宗在遗诏中写下补充阁臣、停止太监采矿榷税、发内帑给边防等重要内容，天下大悦。
万历皇帝病逝后，光宗皇帝朱常洛继位，不久病重。李可灼进红丸，皇帝服用后开始减轻，随后薨逝。光宗在位仅２９天。光宗死后，李选侍要求封后，不肯离开乾清宫，顾命大臣杨涟、左光斗等力排宦官阻挠，迫使李选侍移宫，拥立皇长子朱由校即位，史称明熹宗。
第三集皇帝讲官
朱由校即位后，孙承宗被任命为经筵日讲官，成为皇帝的老师。孙承宗讲课生动形象，联系实际，深得皇帝尊敬。
努尔哈赤意欲进攻沈阳，范文程建议先打蒲河。后金军包围蒲河，明军守将韩原善派人向熊廷弼求援。有人主张出动沈阳兵马援蒲，熊廷弼却自率辽阳兵马弛援，打败努尔哈赤，蒲河城失而复得。
辽东巡按姚宗文以私怨弹劾熊廷弼，朱由校糊里糊涂罢免了熊廷弼，改以袁应泰为辽东经略。努尔哈赤得知袁应泰不懂军事，抓住机会兵进萨尔浒，并攻陷沈阳，守将贺世贤、尤世功殉难。努尔哈赤乘胜进军辽阳。
第四集会极荐贤
努尔哈赤乘胜在浑河两岸打败明朝援兵，进军包围了辽东首府辽阳。经略袁应泰出城迎敌，败回城内固守。努尔哈赤利用间谍，里应外合，攻破辽阳。袁应泰自杀殉国，巡按御史张诠被俘不屈牺牲。
沈阳、辽阳失陷，举朝震惊。朱由校惊惶失措，大臣们漫无主张。下朝后，御史方震孺在会极门邀请文武百官，举荐皇帝的老师孙承宗出任兵部尚书，专责辽事。孙承宗却只同意作兵部侍郎。吏部将百官荐贤的章奏报告皇上。
孙承宗退朝回家，好友冯从吾、钟羽正来访。二人劝说孙承宗不要到兵部任职。孙承宗请二人欣赏一部军事百科全书式的巨著《武备志》，著者为茅元仪。
朱由校舍不得孙承宗离开讲筵，重新任命熊廷弼为辽东经略。同时命张鹤鸣为兵部尚书，王化贞为辽东巡抚。
朱由校选张嫣为皇后，举行大婚
第五集承宗入阁
内阁首辅叶向高到任，朱由校十分高兴。
熊廷弼出关，提出“三方布置”，王化贞却主张“一举荡平”。二人意见相左，争论不休，分歧一直闹到朝廷，朝臣也分成两派。努尔哈赤抓住战机，度过辽河，进攻西平堡，守将罗一贯顽强抵抗。王化贞在广宁寄希望于中军孙得功策反降将李永芳，岂料孙得功早已被李永芳策反。在孙得功的蛊惑下，王化贞派祖大寿、孙得功等出兵救援西平堡，在平阳桥遭遇后金军。孙得功故意呼败，明军溃乱，弃广宁而走。王化贞被副将江朝栋救出逃窜到大凌河，遇到前来救援的熊廷弼，二人护送难民进山海关。明残兵由祖大寿收容退至觉华岛。御史方震孺担心辽军有变，与水师将领张国卿造访觉华岛，对祖大寿晓以大义，说服祖大寿率军进关。努尔哈赤攻克西平堡，不战而得广宁，辽西土地大部沦陷。
在边事危如累卵的形势下，朱由校只好接受百官请求，任命孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，参与机务，入阁办事
第六集振刷朝风
孙承宗入阁兼枢，立即弹劾罪臣，逮捕逃将，整饬朝风，朝政振刷一新。
朝廷任命兵部左侍郎王在晋为新的辽东经略。王在晋不敢赴任，又不敢推辞，找首辅叶向高求计。叶向高为他分析利害，王在晋只好去山海关。
在兵部为王在晋送别的宴会上，王在晋历数孙承宗主持兵部以后的成就。兵部职方主事鹿善继向孙承宗推荐茅元仪。
曾任高阳县令的顺天府通判杜应芳拜访孙承宗，向孙承宗介绍了皇上的保姆客氏和司礼监太监魏忠贤发迹的经过，提醒孙承宗小心应对。
魏忠贤与客氏密商如何拉拢大臣，把持朝政。
第七集关东义民
努尔哈赤占领了广宁，又派皇太极和莽古尔泰向东攻略，占领了义州、锦州等地。义州百姓不忍后金奴役，在大侠杨三的带领下，杀敌起义，占据了十三山。杨三与降官刘伯漒联络，为十三山运盐。却被副头领毕麻子乘机夺取了领导权，杨三被杀，十三山抵抗力量削弱。
方震孺回到北京，向孙承宗报告了十三山义民的情况，孙承宗十分着急。
魏忠贤与客氏商议，在宫内举办“内操”，即武装和训练宫内太监、宫女。朱由校不但批准，而且在魏忠贤怂恿下亲自检阅。在阅操时试验火器，险些被炸伤。因为皇后张嫣不同意举办内操，又在检阅时提前回宫，朱由校对皇后不满，二人渐生嫌隙。
王在晋到达山海关之后，主张在关外八里铺修筑一道重关，耗银一百万两。监军袁崇焕、阎鳴泰以及边臣沈棨、孙元化等劝说王在晋不听，只好写信给首辅叶向高。叶向高拿不定主意，征求孙承宗的意见。孙承宗决定报皇上批准，亲自到山海关视察决定。
第八集出关阅视
六月，孙承宗带领职方主事鹿善继和中书宋献前往山海关，途中经密云征求总督王象乾的意见。在永平，孙承宗听到了从辽东逃进关内的百姓讲述被后金烧杀奴役的情景，痛恨万分。
在山海关，孙承宗在王在晋的陪同下视察长城防御。孙承宗判定修筑重关实为蠢着，苦口婆心劝说王在晋改变主意凡七昼夜，王在晋却执迷不悟。孙承宗去视察宁远，又被王在晋苦苦拦住。孙承宗只好回京。途经建昌营，遇到大雨，便与鹿善继等向皇上书写奏折，形成并阐述了守关御敌收复失地的基本思想。孙承宗在建昌营还见到了马世龙、满桂等将领，十分高兴。
第九集自请督师
孙承宗回到北京，向首辅和皇上报告了视察山海关的情况，指出要固关恢复，最为迫切的是选择以为“沉雄博大、端谨精详”的统帅，王在晋徒有口舌笔墨功夫，其实恇惬无能，不能担当大事。朱由校令孙承宗推荐统帅人选。
中秋节，朱由校与皇后张嫣等赏月，命内官厚赏孙承宗酒食。孙承宗遍选天下人才，找不到堪任辽事者。经再三考虑，决定亲自到山海关去督师。便写了《自请督师疏》。首辅叶向高大惊，皇上朱由校大喜。便命孙承宗以原官督理关城及蓟辽、天津、登莱各处事务。勉励孙承宗“惟以密勿赞襄之臣，兼干城腹心之任，既谟谋于帷幄，复筦摄乎戎枢。今且秉鉞以统元戎，建牙而分外阃，安危之任，实为一身。朕所倚赖，亦惟卿一人。汉则孔明，唐惟裴度。卿其勉建勋猷，除凶雪耻，以标名麟阁。”
鹿善继放弃调吏部为官的机会决心随孙承宗去山海关赞画军务。
八月十九日，孙承宗上朝陛辞，皇上赐尚方宝剑、银币、坐蟒。命令文武百官穿吉服入朝，为孙承宗送行，一直送出崇文门外。
第十集关门视事
送走了孙承宗，皇上朱由校立即在魏忠贤的陪同下到南海子、旋磨台等处玩耍。
孙承宗到达山海关，马上开衙视事。命令江应诏编定军制，袁崇焕建造营房，李秉诚、孙元化等教演火器。经过调查研究，孙承宗感到关上事务最迫切的是招兵选将，有兵有将，是固关恢复的基本条件。经与鹿善继等商议，决定了招兵选将的具体措施。
阎鳴泰、沈棨等违反军纪，孙承宗给予批评和处分。
第十一集更换大帅
魏忠贤的势力越来越大，开始干预朝政。他指使言官弹劾邹元标、冯从吾等东林正臣举办首善书院是分立门户，致使二人辞职。礼部尚书顾秉谦为了入阁，无耻地投靠了魏忠贤。
孙承宗招兵选将取得进展，经过一番观察，他破格提拔马世龙为大帅，取代“騃不中程”的江应诏。袁崇焕督建营房有力，收到孙承宗表彰；但又擅杀把总，受到孙承宗批评。
皇上朱由校一味贪玩，朝政日益荒乱。为防止魏忠贤乱政，太仆少卿满朝荐写了《谏颠倒疏》，被削职为民。新科状元文震孟上《勤政讲学疏》，险些被施以廷杖，回吴县老家。
第十二集石门题诗
魏忠贤施展权术，将自己的亲信顾秉谦和魏广微塞进内阁，东林内阁开始瓦
解。
孙承宗代皇帝行授钺礼，把皇上颁赐的尚方剑授给马世龙。命令以总兵官马
世龙领中部五营，以总兵官王世钦领右部五营，总兵官尤世禄领左部五营，以总
兵官赵率教辖前部五营，以总兵官孙谏辖后部五营。另在一片石部署五个营。统
括五部三十营，总兵力有十一万多人，统由总兵官、大帅马世龙节制指挥。在马世龙等指挥下，关内外开始了大规模的练兵运动。
孙承宗十多万雄兵在握，几十员战将环绕，真正有兵有将了。
孙承宗率领文武官员沿长城视察，到石门寨。守将梁朝柱请马世龙作画，孙
承宗题诗，勉励大家以戚继光为榜样，从严治军，打败后金，收复失地。
魏忠贤派太监到山海关犒军，欲拉拢孙承宗，孙承宗上书皇上，反对中使观兵。
第十三集安定西部
兵备佥事万有孚听说后金退出了广宁，便通过巡抚阎鳴泰向孙承宗建议，让蒙古察哈尔部作先锋进驻无人防守的广宁，杀死几千投降后金的汉人当作后金人报功，可得封侯之赏。孙承宗闻听气愤不已，怒责万有孚。
察哈尔部捍将抽扣儿抢掠明军谷种，赵率教斩杀抽扣儿。万有孚与王象乾上报兵部尚书董汉儒，要求孙承宗斩赵率教以维护“抚夷”大局。孙承宗坚决反对，写信给董汉儒，据理力争，保住了赵率教的性命。
为了安定西部，孙承宗重用女真人王世忠，并通过王世忠的表姐中根交好察哈尔部首领林丹汗。林丹汗派大将贵英恰拜见孙承宗，孙承宗以礼相待。从此西部蒙古各部反金助明，不再侵扰。
孙承宗在殚忠搂题额赋诗，命令各将进驻关外，派军队填实关外城堡。
第十四集后宫风云
孙承宗劳累致病，想念家人。他感到关内外整饬已经步入正规，萌生退意，便在病中向皇上上疏，汇报防御情况，要求还乡，并建议改变易生掣肘的“一柄三操”领导体制。有朝臣上疏言孙承宗“在朝朝重，在关关重”，朱由校不放心孙承宗离关，派使臣到关慰劳。
御史周宗建弹劾魏忠贤的亲信，受到皇上处分。魏忠贤与客氏设计害死了主持正义的老司礼刘克敬和赵选侍，又派徐应元迫害李庄妃娘娘，矛头指向张皇后。朱由校依然只是贪玩，放任客、魏在宫内胡作非为。
第十五集决守宁远
茅元仪来到山海关，孙承宗十分高兴。他打算请茅元仪到觉华岛筹建水师。茅元仪却坚持先作调查研究，孙承宗同意。茅元仪先后找了新任巡抚张凤翼、大帅马世龙和袁崇焕谈话，向孙承宗表示，如果一意为守，自己便不必留下，如果力图恢复，便愿意在山海关效力立功。孙承宗建议与茅元仪一起视察宁远，决定是否决守宁远，而后决定去留。
孙承宗带领茅元仪等再次视察宁远，途中，他为赵率教题词“充隐堂”，勉励大将鲁之甲、王楹等向赵率教学习，筑城屯田练兵争先立功。蒙古察哈尔部大将贵英恰前来拜见孙承宗。在宁远，孙承宗批评祖大寿筑城潦草，亲自规定标准责令返工。
通过这次视察，孙承宗下定了决守宁远的决心，茅元仪也下定了追随孙承宗在山海关建功立业的决心。孙承宗决定派自己的中军大将满桂守卫和经营宁远城。
第十六集椒宫危难
朱由校正在宝善门外跑马戏嘻，忽见张皇后的执事太监陈德润来报，说皇后身体不好。朱由校急忙赶到坤宁宫，原来是皇子早产夭折。朱由校大怒，他不知到这是客魏设定的阴谋，只处治了造成皇后早产的宫女。
朱由校去看望另外三个怀孕的妃子，回到乾清宫后，听信了客氏的诬告，下令将张裕妃幽闭冷宫惨死。
孙承宗视察宁远回到前屯，安排第二年的屯垦事务。他与茅元仪详细讨论组建车营的必要性和具体方案。
孙承宗远放哨探，嫌参将侦察不细，特派茅元仪与满桂、左辅、祖大寿等到大小红螺山一带侦察地形敌情。
茅元仪等侦察到锦州附近，与小股敌人遭遇，歼敌三人，顺利返回。孙承宗又亲自到宁远以东巡视，直到自己对宁锦地区了然于胸，才放下心来。
第十七集组练车营
孙承宗开始大规模地组建和训练车营，他命茅元仪修改以前的战车，设计了一种以使用火器为主的偏厢车，每车２５人，其中１６人执火器。每个车营编制１２８辆战车。孙承宗每晚与文武将吏一起讨论研究车营的战法，写出了《车营百八扣》供大家学习。
蓟辽总督王象乾推荐一位奇人，孙承宗经过检验，竟是一个骗子。
马世龙演练车营发生了爆炸，孙承宗写信给马世龙，严厉批评，马世龙十分惭愧。
第十八集车营阅兵
为了稳定军心民心，大年初三，孙承宗又赴宁远阅视。
魏忠贤利用庆寿的机会，笼络朝臣，排斥异己，将矛头指向首辅叶向高。
孙承宗在山海关见到朝廷有人弹劾马世龙的邸报，十分生气。立即上疏皇帝，
为马世龙剖白，并调查事情原委，得知后台就是张凤翼等人。孙承宗决计将张凤
翼调走，防止其危害固关封疆大业。
茅元仪从泰州等地招募水师舰船回来，以六万两白银购得十八万两船舰。承
宗大喜。孙承宗保护了马世龙，马世龙感奋，练兵更加努力，车营训练大有进展。
孙承宗在八里铺检阅车营，非常高兴，犒赏三军，赋词《塞翁吟》为贺。并与茅元仪、鹿善继等商议，增设前锋、后劲营，以弥补车营之不足。
朱由校了解到山海关练兵情况，派人到山海关慰问。
第十九集弹劾魏阉
魏忠贤到涿州进香，接受了小翰林冯铨的投靠。
魏忠贤陪同朱由校打猎，得意忘形，跃马惊圣。朱由校射死魏忠贤的座骑，责令魏忠贤会私邸反省。东林党人以为这是弹劾魏阉的机会，杨涟上疏弹劾魏忠贤二十四项大罪。岂料魏忠贤已经重召进宫，朱由校信任如初。魏忠贤见到杨涟的奏疏，大为惊恐，上门求韩爌解救，结果碰壁。只好与客氏密谋，拖住皇帝三日不朝，而后与太监们哭诉冤枉。朱由校怒责杨涟等，杨涟等求叶向高帮助，叶向高却态度暧昧，魏忠贤得以免死。魏忠贤准备报复。
第二十集扩建水师
为了保证组练车营的物资马匹，孙承宗派鹿善继和杜应芳回北京筹措。鹿善继等奔走于朝廷各部，顺利完成了任务。茅元仪从南方购置的舰船也已经到港，孙承宗立即召集文武，研究决定建立一支以装备火器为主，以登陆作战为主、能够两栖作战的新型水师。
孙承宗派杨朝文等深入敌后，策反了努尔哈赤的养子刘兴祚，为大举恢复作内应。
魏忠贤蛊惑皇上恢复廷杖，打死了工部郎中万燝，又借故冲入首辅叶向高府邸搜查，迫使叶向高不安其位，终于致仕回乡。阉党更加猖獗。
孙承宗派马世龙率领大军出巡辽西，官兵威名远扬。
第二十一集承宗回京
魏忠贤设计将李成妃关进冷宫，又选来任氏进宫封容妃以夺皇后之宠。首辅韩爌被排挤罢官，顾秉谦出任首辅，阉党内阁形成。客魏开始大规模地迫害杨涟、左光斗等东林党人，并将矛头指向张皇后和孙承宗。
为了解救东林正士和决定进军复辽的时机，孙承宗与鹿善继利用为皇上祝寿的机会进京觐见朱由校，魏忠贤大惊失色，与众阉绕床大哭，诬陷孙承宗带大军进京清君侧，阻止孙承宗进城，孙承宗走到通州，被皇差挡回。
第二十二集掣肘恢疆
孙承宗回到山海关，部署十二车营出关，前锋、后劲、水师、火营都部署妥当，孙承宗感到进攻时机已经成熟，便上疏皇上，申领２４万两饷银，朱由校批准。魏忠贤担心孙承宗建功，便与朝中苟安派联手，故意移文往复，相互推诿，掣肘封疆大计，错过了进攻恢复的大好时机。
孙承宗恨憾不已，上疏请辞，皇上旨令廷议，结果无人可替，朱由校只好挽留。
为掣肘孙承宗，魏忠贤又让皇上下令“简汰、清饷”。孙承宗无奈，从督师府开始清简，汰去２２０人，只剩５２人。全军节省军资６５万两。
第二十三集东林惨祸
冯铨、崔呈秀等人向魏忠贤出主意兴大狱、撒大网，整东林。捏造熊廷弼为了活命，给东林党领袖人物杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等人行贿，定事关封疆大罪。魏忠贤下令将六人捉拿关入诏狱。
朱由校在西苑划船，不慎落水，惊吓受寒致病，魏忠贤更加专权。
六君子在诏狱受尽毒刑，先后被害。侠士燕客与田荆设法与之通透信息，将六君子的遗物**狱外。
熊廷弼被斩，传首九边。
第二十四集承宗离关
阉党弹劾孙承宗和马世龙，孙承宗为马世龙辩护，同时上疏辞职，朱由校不准，孙承宗只得振奋精神，继续加紧备战。
孙承宗与茅元仪等谋划，打算以水师为主，发动一次局部进攻，首先攻取盖州，而后占领沿海南四卫，为将来恢复打下基础。
马世龙收到谍报说耀州空虚，决定夺取耀州和盐场，接回十万难民。茅元仪劝说无效，回关报告孙承宗。由于在水师的巡抚俞安性不让水师接应渡河，造成柳河兵败，损失四百多人。此败被阉党夸大为死亡数万人。孙承宗引咎辞职，告老还乡。魏忠贤命亲信高第为辽东经略。
孙承宗离关，满桂向茅元仪请教如何固守宁远，茅元仪教满桂、袁崇焕使用红夷大炮。
第二十五集阴谋废后
任容妃为皇上生子得宠，魏忠贤羽翼丰满，加紧进行废后阴谋。
孙承宗回到家乡高阳，鹿善继、茅元仪、杜应芳也都辞职。高第上疏，诬陷孙承宗虚报兵额，说关上兵数只有五万，孙承宗并不辩解，说只按五万发饷即可。高第谎言不攻自破。
魏忠贤编纂《三朝要典》，为三案翻案。又编《点将录》等黑名单大肆迫害东林党人。并利用李实的空头奏本陷害周起元、周宗建、缪昌期、周顺昌、高攀龙、李应升和黄尊素等七君子。
第二十六集宁远之战
辽东经略高第贯彻“撤关外以守关内”方针，命令山海关外明军全部撤回关内，又将撤退变成了逃跑，几十万辽民沦为难民。孙承宗呕心沥血创建的战车被委弃沟壑，车营实际被瓦解。只有宁前道袁崇焕和守将满桂抵制高第的命令，决心与宁远城共存亡。
努尔哈赤听说孙承宗被罢，率领八旗军杀来，包围了宁远。袁崇焕和满桂从容指挥，凭借坚城大炮和各类火器保卫城池，打败了努尔哈赤。努尔哈赤被炮炸伤，只好退兵。临走，派人登觉华岛烧毁了明军的粮草和战船，明军亦损失巨大。
宁远大捷之后，皇上论功行赏。魏忠贤攘夺军功，封赏最重。高第被免职回家。
第二十七集生祠风波
魏忠贤派锦衣卫便衣到高阳城监视孙承宗。孙承宗在鹿善继的劝说下编写
《督师奏议》，孙承宗与鹿善继、茅元仪、杜应芳游览高阳名胜古颛顼墓、高阳
台等，并着手撰写《督师纪略》。
魏忠贤大搞个人崇拜，到处建立生祠。保定总督和巡抚亲自到高阳，请孙承宗出面具呈，在保定为魏忠贤建祠，孙承宗严词拒绝。魏忠贤大为恼火，再派“大内高手”去骚扰孙承宗。
第二十八集七君遇难
魏忠贤命令缇骑到各地捉拿“七君子”。高攀龙不肯受辱，自沉于池。周顺昌被逮，在苏州激起民变，颜佩伟等五义士痛打缇骑。孙承宗的门生李应升自常州起解，一路上登舟作赋，倚马吟诗，每得佳句，击节自赏，从容赴难，无一丝悲愁悒郁之色。
第二十九集祸及皇后
七君子入京，先后被害，激起天怒人怨。北京王恭厂发生莫名其妙的大爆炸，朝中正士乘机上疏规劝皇上，魏忠贤严厉弹压。
为了废掉张皇后，魏忠贤先是买通罪犯冒认皇亲，又指使官吏弹劾张皇后的父亲张国纪，最后竟雇佣大盗潜入坤宁宫败坏皇后的名声，种种伎俩虽然有效，但最终没有得逞。皇后张嫣在宫内继续教授宫女诗词。
朱由校生病，魏忠贤的升赏达到无以复加的程度。魏忠贤举办六十大寿，有故交恩人来访，魏忠贤辜恩忘本，遭到当堂大骂。
第三十集宁锦大捷
努尔哈赤病死后，皇太极即位，率领八旗军来攻打锦州。巡抚袁崇焕从容调度，令锦州总兵赵率教坚守勿出，令山海关总兵满桂增援锦州。皇太极攻锦不下，与满桂野战不胜，转而攻打宁远，又被袁崇焕打败，再回头打锦州，仍然不克，只得退兵。明军获得宁锦大捷。
魏忠贤仍然攘功自赏，袁崇焕却只加衔一级。袁崇焕引疾求罢，皇上竟然批准。霍维华请求让功给袁崇焕，遭魏忠贤大骂。
朱由校病重，魏忠贤慌乱不知所措。
第三十一集客魏覆亡
朱由校病危，魏忠贤企图立自己的侄子魏良卿为慑政皇帝，让张皇后垂帘听政。或者让张皇后假装怀孕，取魏良卿的儿子为子，长大后立为皇帝，在此之前让魏良卿“监国”。这些都被张皇后一口拒绝。张嫣劝说朱由校将皇位传给弟弟信王朱由检。
朱由检进宫，默默地看着事态发展。魏忠贤优柔寡断，未敢发动政变。朱由检继位，年号崇祯。立即下令让客氏出居外宅。魏忠贤只好收起往日“九千岁”的架子，带着厚礼去找原信王府管事太监徐应元求助。
工部主事陆澄源、兵部主事饯元悫、海盐贡生钱嘉征等弹劾魏忠贤，魏忠贤进见崇祯皇帝分辩，崇祯皇帝当即贬魏忠贤到凤阳祖陵司香。魏忠贤走到阜城，听说皇帝派人来追拿，畏罪自杀。客氏被送到浣衣局乱棍打死。阉党集团覆灭。
朱由检一面清查阉党，一面召回袁崇焕全面负责辽东防务。
第三十二集枢辅蒙冤
客魏覆亡，普天同庆，孙承宗在家乡过了一个快乐的新年。李国普致仕，告诉孙承宗，不久要被皇帝起用。然而孙承宗等来的却是阉党余孽的诬告。
朱由检在平台召见袁崇焕，袁崇焕在应对时承诺五年复辽，朱由检十分高兴，对袁崇焕更加信任。袁崇焕推荐王象乾复出专责抚夷事务。袁崇焕到关，出海杀掉了东江总兵毛文龙。
新任兵部尚书王在晋害怕孙承宗复出、诬蔑孙承宗虚报兵数，皇赏不清，“偏任贪将，致坏东事”。朱由校不知就里，令刑部尚书查实。马世龙亦蒙冤入狱。鹿善继写信给袁崇焕，请袁崇焕为孙承宗和马世龙说公道话。在赵率教等人的请求下，袁崇焕终于同意向刑部发咨，说明实情。
第三十三集后金入关
孙承宗的案子拖了一年多，迟迟未结，杜应芳来看望孙承宗，告诉孙承宗说袁崇焕杀了毛文龙，孙承宗以为不妥。
皇太极利用与袁崇焕谈判的时间，征服了朝鲜和蒙古林丹汗部，又没有了毛文龙的牵制，便绕过锦州宁远明军防线，借道蒙古从西线大安口攻入长城，杀向北京。袁崇焕大惊，急命山海关总兵赵率教率领轻骑入援，自己率辽军主力随后入关勤王。
赵率教在遵化附近与敌主力遭遇，大战牺牲。袁崇焕大军追敌到蓟州城内，皇太极却不攻蓟州，顿兵三日后直接杀向京师。袁崇焕只得离开蓟州向北京追去
第三十四集起家陛见
后金大军逼近北京，京城内外一片恐慌，崇祯皇帝六神无主。大学士成基命推荐起用孙承宗，朱由检命令原官起用，以兵部尚书兼中极殿大学士，督理军马，控御东陲，立即起家陛见，驻守通州。并派人飞马赶赴高阳，让孙承宗务必在五日之内到京见驾。孙承宗夕受命，朝引道，到京后，立即平台召见，从容应答。崇祯大喜，命孙承宗调度京师守御。孙承宗半夜巡视北京内外城，布置百无一备的京城防御。
第三十五集急赴通州
由于敌情急迫，崇祯皇帝又改变主意，再次命令孙承宗防守通州。孙承宗顾不得等待护送官兵，只带领二十七骑出东便门，冒着危险向通州进发。傍晚到达通州，通州守将开始以为是敌人伪装，竟不敢开城。孙承宗入城之后，立即动员战守。当他听说袁崇焕大军已经到达广渠门，满桂军在德胜门的时候，马上派战将带兵前去支援。
满桂与敌大战德胜门，误中自己的炮火负伤，败入瓮城。
袁崇焕与后金军在广渠门外展开骑兵大战，在孙承宗派来的大将尤岱的支援
下获得初战胜利。皇太极放弃攻打广渠门，收拾残兵，向南袭取南海子，扎下营盘。
第三十六集追还溃将
皇太极与范文程运用反间计，离间君臣，让朱由检认为袁崇焕是有意放金兵入关，是“拥军纵敌、引乱协和”。朱由检利用平台召对逮捕了袁崇焕。辽军首领祖大寿惊惧失行，带领辽军脱离战场，东溃出关。
孙承宗得到消息，一面报告皇上，一面派将追赶，明以事理，曉以恩威。之后，又离开通州，亲自到山海关追还溃将。皇上也令袁崇焕写信晓谕祖大寿，祖大寿终于回头，重新回到孙承宗麾下。
第三十七集出海牵制
满桂与后金主力在永定门外大战，因寡不敌众，英勇牺牲，五千人全部战死。
皇太极并不攻打北京，而是向东攻略，企图从里面拿下山海关，粉碎关宁防线，打通辽西走廊。
孙承宗在山海关修筑内侧长城，解决关上缺兵、缺水、缺饷的困难，加强战备，保卫山海关。同时从关外抽调兵马交给马世龙，支援西路军作战。
为了迫敌出关，孙承宗决定派茅元仪和周文郁率领水军出海，宣称攻打沈阳，以实现牵制金军的目的。
刘兴祚来投奔孙承宗，孙承宗得一大将，十分高兴。
第三十八集斩使焚书
祖大寿带领三万关宁铁骑回到了山海关，孙承宗派出督师府的五百亲兵到第一关门外列队欢迎，然后与祖大寿到演兵场阅兵誓师，将士们精神大振。
皇太极决定发兵三路，占领昌黎、抚宁和乐亭，结果由于孙承宗先有准备全部失败。皇太极又尝试直接进攻山海关，仍然未能得逞。皇太极企图策反祖大寿，派使者到祖大寿营送信议和。祖大寿向孙承宗请示处理意见，孙承宗暗示祖大寿，祖大寿回营之后，斩使焚书，表明了自己忠于大明的态度。
第三十九集收复四镇
孙承宗派兵收复建昌营，打通了与朝廷和西路军马世龙部的联系。茅元仪出海前发生兵变，孙承宗改派周文郁实施出海牵制。
皇太极接到沈阳阿敏求援的急报，从冷口出关回沈，并派阿敏进关来守永平、遵化、迁安、滦州四镇。
孙承宗和祖大寿商议收复四镇事宜。西路军总兵官马世龙和新任冀辽总督张凤翼起草了收复四镇的作战方案征求孙承宗意见，主张先打遵化，实现关门打狗。孙承宗认为不妥，主张先打滦州。并详细论述了先打滦州的道理。其谋划滴水不漏。
按照孙承宗的谋划，明军先取得双望之捷，又经过激烈的战斗，先后胜利地收复了四镇，关内恢复了和平局面。阿敏逃回沈阳，被皇太极囚禁而死
第四十集再生掣肘
朝中政局发生了变化，奸佞温体仁等进入内阁，逐渐把持了朝政。朱由检将后金入关的责任归咎于袁崇焕，袁崇焕被磔冤死。
孙承宗积劳成疾，时常便血。求罢不得，只好振奋精神，再整雄关。
朝廷派邱禾嘉任辽东巡抚。邱禾嘉立功心切，背着孙承宗进军锦州，打算收复广宁，结果被后金军包围在锦州。孙承宗派何可纲去救，邱禾嘉却埋怨不派祖大寿出关解救，衔恨孙承宗。
邱禾嘉弹劾茅元仪，茅元仪被谪戍福建。孙承宗十一次上疏求罢，崇祯温旨慰留，还派官到关赏赐。孙承宗感激皇恩，决心以身相报。
第四十一集凌河筑城
崇祯四年元旦刚过，，六十九岁的孙承宗开始东巡关宁，过了宁远，忽见从锦州方向急急开来一队军马，带队的是锦州守将孔有德。原来是孔有德接到烽火台卒报告，说后金兵来，觉得锦州兵少，难以固守，竟弃城而走。孙承宗大怒，要斩孔有德，邱禾嘉求情得免。孙承宗又西巡长城到达平谷。回关后他倚着病榻，写出一份长达七千六百字的《条次东西边政疏》，系统论述蓟辽防务。为了能找到一位能接替自己的大臣。又写了《以衰病求退，兼举太仆寺少卿傅宗龙自代疏》，
巡抚丘禾嘉建议收复广宁，孙承宗认为以目前军力，还不应当急图进取，而应当在巩固关宁现有城堡的同时，以主要力量经营蓟镇三协十二路的防御，防止敌人再从西线踏破长城，威胁京师。为不打击邱禾嘉的积极性，孙承宗提出先恢复右屯，在恢复右屯之前，先在大凌河筑城。邱禾嘉表示赞成。在筑城过程中，邱禾嘉不服从孙承宗指令，三番五次地捣乱，朝廷也反复掣肘，使得工程一拖再拖。致使皇太极带领八旗大军包围了大凌河，使明军限于被动。
第四十二集长山之战
皇太极采用“困死孤城，围点打援”的办法围困大凌河，同时不断地劝降祖大寿。孙承宗命令邱禾嘉，让宋伟、吴襄二部，马步合营，星夜东驰，集中兵力，急援大凌。邱禾嘉却一个月在锦州按兵不动，
孙承宗到达宁远，立即命令副将靳国臣击敌于双堡。初战告捷。孙承宗命令在锦州的宋伟、吴襄部主力乘胜出击，打败双羊堡守敌，直接挺进大凌河。丘禾嘉恇怯不肯出战，孙承宗写信斥责丘禾嘉贻误军机。
孙承宗到锦州督战，明军乘夜突破后金阻击线，于凌晨四鼓进军到长山。邱
禾嘉、吴襄先逃，宋伟独力难撑，明军失利。形成大凌河不能不救，野战不得不打，处处被动的局面。
孙承宗派祖大弼夜踹皇太极大营，指望祖大寿出城接应解围，岂料祖大寿已
经投降，何可纲自杀殉国。原来祖大寿是假降，皇太极攻打锦州，被明军打退。
第四十三集雄襟万里
后金撤兵，祖大寿面见孙承宗说明真相，孙承宗令祖大寿坦白上奏朝廷，求得皇上宽宥。
明军长山战败，孙承宗引咎辞职，连上十疏。崇祯下旨削去叙宁远功之金吾世荫，赐路费一百两，纻丝四表里，驰驿回籍养病。孙承宗临行前，总结边防军事经验教训十六事，并在澄海楼题词：雄襟万里。
孙承宗回乡，心境十分平静，周文郁一路相送。孙承宗拟订了庞大的著作计划，每日在师检堂著书。
鹿善继和孙奇逢等朋友到高阳为孙承宗祝贺七十大寿。孙承宗向鹿善继等介绍自己的子孙。
孙承宗偕鹿善继等游览白洋淀，抒发情怀。
第四十四集善继殉城
崇祯九年四月十四日，皇太极率贝勒大臣祭告天地，受称“宽温仁圣皇帝”尊号，建国号曰大清，改元崇德元年，并派阿济格进关抢掠。
阿济格率领清军越过长城，占领了天壽山，放火烧毁了德陵，南下攻略良乡，涿州、房山一带。督师张凤翼、总督梁廷栋，带领大军尾随其后，不敢交战。
清军进攻定兴，在江村开馆授徒的鹿善继前往县城指挥守御，屡创敌军，但终因众寡悬殊，定兴失陷。鹿善继壮烈殉难。
孙承宗到定兴哭祭鹿善继，写诗诵文，悲愤不已。
第四十五集高苑伺圃
清军从冷口出关，沿路，他们把大树剥了皮，写上“众官免送”以羞辱明军。
张凤翼、梁廷栋两人自知罪责难逃，饮药自杀。
孙承宗的门生钱谦益被温体仁诬陷关入刑部大狱，二郎孙鉁想办法见到了司礼秉笔太监曹化淳，为钱谦益洗清了冤枉。温体仁被罢官。
钱谦益出狱后到高阳看望孙承宗，幻想有朝一日自己被皇上起用入阁，请老
师相第三次出山，挽救每况愈下的辽东战局。孙承宗打听茅元仪的情况，请钱谦益将自己的《高阳集》带给茅元仪，请茅元仪帮助润色。钱谦益生出为老师相撰写行状以流传后世，教育后人的念头。
孙承宗到山东高苑县看望作县令的大儿子孙诠，孙诠在自己住所后面开辟了一个小花园，孙承宗命名为“隘园”，在隘园侍圃种菜。孙承宗勉励孙诠“在外能为真父母，居家便是好儿孙”。孙承宗在高苑半年，临别，孙承宗请孙诠捐资修筑高阳城墙。
清军再次入关，接近高阳，孙承宗决心率领子孙们保卫家乡。
第四十六集满门忠烈
十一月初九日，多尔衮率领清军大队人马向高阳城杀来。县令雷觉民换上便衣偷偷地潜出城外逃命。孙承宗与退休在家的原山东邹平知县魏克家、教谕周之谨、典史鲁之蕃商议守城事宜。将自己的五个儿子，还有孙子、侄儿、侄孙十几人分配到四座城门守卫。多尔衮命令清兵攻城，孙承宗登上北门，指挥义民壮士战斗，多次打退清兵的进攻。多尔衮伪装退兵，在高阳义民欢呼胜利的时候又突然杀回，高阳终被攻破。孙氏子侄与敌搏战，全部壮烈牺牲。孙承宗被执，多尔衮口称宰相，劝作军师，孙承宗唯有痛骂。汉奸孔有德劝降，被怒斥逐出。最后自杀殉国。全家遇难四十人，满门忠烈，慷慨悲壮。
崇祯十二年七月六日，长子孙诠在高阳为孙承宗举行葬礼，茅元仪、孙奇逢、钱谦益等都来参加，高阳大地天愁地惨，一片素缟哀哭。
此后五年，崇祯十七年三月，明朝灭亡。清朝统治者查烧有关孙承宗的典籍
使这位功勋赫赫的民族英雄被历史埋没，只有故乡的人民永远纪念他。
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