“贝格尔”号从卡廖出发，驶往加拉帕戈斯群岛。这些岛屿位於赤道线上，离美洲西部很远。这纯粹是一些火山岛屿，岛上有各种各样的大小不同的火山口。尽管这些岛屿位于赤道线上，但是由于南极的气流能到达这里，所以岛上的热度便有所减轻。
达尔文登上的群岛中的第一个岛是查塔姆岛，岛上荒无人迹，地面被太阳晒得滚烫，布满了一层波状的黑色玄武岩熔岩。这里全是大戟科构成的灌木以及洋槐树和仙人掌，没有什么树木。很多熄灭了的圆井形火山口以及很多悬崖峭壁和倒塌的火山顶使这个地方的地形显得很不自然。使达尔文觉得这个地方同象斯塔福德郡那些有很多铸铁厂的地方很相似，而舰长菲茨·罗伊讽刺地说，这个岛是一个适合于集中各种魔鬼的地方。达尔文在路上碰见了两个大乌龟，每个至少有九十公斤；在那黑色的熔岩中，在那无叶的灌木丛中和巨大的仙人掌中，这两个乌龟在达尔文看来就好象是某些有生命的矿物。
九月二十三日，“贝格尔”号驶往查理岛；那里有很多来自厄爪多尔的有色种族的流放犯，他们居住在将近三百米高处的一个有几百人的殖民区里，那里有碧绿而密茂的植物和黑色土壤。当地居民经常猎捕野猪、山羊和乌龟，他们只种甘薯和香蕉。达尔文竭力从这个岛上收集各种动物和植物，以便如他在《航海日记》中所写的那样，“在将来的比较中弄清楚，这个群岛上的有秩序的生物应当属于生物的哪个范围或哪个中心”。
十月二十八日，“贝格尔”号从南面驶抵加拉帕戈斯群岛中的最大岛屿——阿尔贝马尔岛。第二天，“贝格尔”号绕过该岛的西南端后，通过了这个岛和纳尔博罗岛之间的海面，晚上停泊在阿尔贝马尔岛的邦克湾。翌日晨，达尔文上岸去散步，他考察了一个很大的椭圆形火山口，在火山口底有一个蓝色的浅湖。难以忍受的炎热和灰尘使达尔文喘不过气来。于是他急速地走到浅湖处，贪婪地去喝水，但是水却咸得很。在沿岸的悬崖峭壁上，有很多灰黑色大蜥蜴，它们差不多有几米长。而在丘岗上，则有很我另一种蜥蜴在跑来跑去，这种蜥蜴呈棕褐色，样子很难看。前一种蜥蜴，脚上长有一种能游水的蹼，蹼的边缘处被蜥蜴的尾巴压成了扁的。这种蜥蜴常常能游到离岸好几百米远的地方。达尔文把这种蜥蜴的胃剖开后，发现它们吃的几乎全是海中的藻类。这种海里的蜴蜥在所有的岛上都能看到。陆地上的那种蜥蜴，尾巴是圆的，脚趾之间没有蹼。这种蜥蜴只有在阿尔贝马尔岛、詹姆斯岛、巴林顿岛和英第法替给勃尔岛上才能看到，而在南面和北面的很多岛上却碰不到。
达尔文在日记中还提到他访问詹姆斯岛的情况，在这个岛上，他曾同一位旅伴——“贝格尔”号的医生拜·伊诺，在捉乌龟的人那里和淦夫那里过夜，还吃过乌龟。但是从他的收集品中可以断定，他到过这个群岛上的所有岛屿或几乎所有岛屿。
陆地上的蜥蜴也吃植物。它们吃仙人掌、各种树叶、特别是洋槐树叶（有时沿洋槐树干爬到很高的地方）和一种酸果。
这些岛屿上的居民告诉达尔文，他们区别各个岛屿的乌龟，不仅是根据其大小，而且还根据其它一些特征。达尔文在对生长在加拉帕戈斯群岛上的动物和植物作了调查之后，得出了一个使人很感兴趣的结论：鸟类、爬虫类、昆虫和其它一些种类的生物，都是这些岛屿上的“原有居民”，它们在其它地方是见不到的；从所指出的在各个岛屿上的乌龟之间的差别也可推及到其它各类动物。同时它们又都表现出与生长在美洲的动物有着明显的种属关系，尽管五百六十海里这一广阔的海洋地带把它们同大陆隔离开来。当然，更确切的材料是他后来在英国经过专家们对收集品进行整理加工之后得到的。但是，毫无疑问，这些事实本身他在当时当地就已经看清了。例如，他在这里曾经找到了一只特殊的、对美洲大陆来说是十分典型的白兀鹫，一只凤头鸡，三只非常厉害的鹟和一只斑鸠。这些动物都和美洲的很相似，但毕竟又有所不同。他还看到一种特殊的燕子（它与美洲的很接近）和几只反舌鸫（它们是美洲所特有的）。特别有意思的是几只花鸡，它们的种类不同，嘴的形状也不同：有宽形的，象蜡嘴雀的嘴；中等类型的，象海雀的嘴；有更尖细的，象知更鸟的嘴；有的象舍契德雀一类鸟的嘴，很象旋木雀的嘴。
所有这些观察对达尔文进化观点的发展，具有重大的意义。按照当时博物学家们通常所固有的观点来看，动物和植物是由“理性的始因”为它们所预先决定的要生存于其中的和它们正在其中生存的那一环境而创造的。因此，根据这一观点来看，在这些离大陆很远的土壤性质相同的热带岛屿上的动物群和植物群，都应当是相同的，即使这些岛屿彼此距离很远（象佛得角群岛和加拉帕戈斯群岛那样）也是如此。但是达尔文吃惊地发现，情况并不是这样，恰恰相反，位于热带美洲以西的加拉帕戈斯群岛上的动物群和植物群，却与美洲的形态接近。而佛得角群岛上的动物群和植物群则与靠近大陆即非洲的动物群和植物群接近。同时，虽然岛屿上的动物和植物与靠近大陆的动物和植物接近，但它们毕竟不同，前者以其一定的特征而区别于后者。这就使人们认为它们都是由一个共同的根源产生的，因而又使人们认为物种是可变的，物种是进化的。
“为什么生长在加拉帕戈斯群岛上的基本生物是按美洲类型的生物创造出来的呢？”——这是达尔文为自己提出的问题。
诺拉·巴尔劳在一八三五年发表了达尔文关于加拉帕戈斯群岛上的反舌鸟的手稿：
秦卡鸟。这种鸟从外表上看，同智利的秦卡鸟极接近。这是一种活泼、敏锐、活动性强、跑得很快的鸟，常栖息在房屋的旁边，以便啄食那些挂出来（晒干）的龟肉，它们叫得相当好听；据说它们筑的巢很简单，是露天的，这种鸟很轻信，它有着和其他的鸟所共有的特征。不过我认为，无论是它们的歌声或叫声都和智利的秦卡鸟有所不同。它们在整个岛上非常多，它们主要是被房屋和耕地吸引到一些（较）高的、潮湿的地方去。
我有从四个大岛上弄来的几只这种鸟；从查塔姆岛和阿尔贝马尔岛上弄来的几只看起来是一样的，但是另外两只则和（它们）不同。只有这一种在每个岛上都能碰到：它们的习性很难区别。
我回想起这样一个事实，就是西班牙人根据乌龟躯体的形状、甲壳的轮廓和体职的大小，能够立即说出这个或那个乌龟是从哪个岛上弄来的。我看到一些岛屿，它们一个接一个地排列起来，这些岛屿上只有有限的几类动物，在这些岛屿上栖居的鸟类在结构方面没有很大的差别，它们在自然界聚集在同样的地方。当我想到和看到这些情况时，我不能不作出这样的推断：它们只不过是一些变种。在这方面我所知道的唯一事实，就是正如人们所经常断言的那样，在福克兰群岛东岛和西岛的狼形狐之间是有区别的。如果说这种见解多少有些根据的话，那么对这个群岛上的动物学就非常值得加以研究了，因为这类事实是会驳倒物种不变的观点的”。
这是我们知道的达尔文最早所明确表明的关于进化的见解。
一八三五年十月二十日，“贝格尔”号从加拉帕戈斯群岛向西航行，开始进行三千二百公里的长距离的转移。由于天气晴朗，又是顺风，所以这次转移并不困难。“贝格尔”号穿过了低群岛或者叫做危险群岛，在这里由一些地势低的珊瑚岛形成的一些环形，环形内有一些静水构成浅水海湾，刚刚露出海面。十一月十五日，“贝格尔”号驶抵旅行史上有名的塔希提岛，在马塔凡湾停泊下来。象访问过这个岛屿的一切旅行家一样，达尔文也对山脚旁的这个低地十分赞赏。这个低地由一些构成静水海湾的珊瑚礁挡住了海浪，而这个静水海湾则可以用作停泊船只的港湾。低地上长满了非常好看的热带植物——香蕉树、橙子树、椰子树和面包树，而在开辟出来的空地上则种着参薯、西洋甘薯、甘蔗和菠萝。长着极其好看的大叶子、叶子上又有很深切口的面包树是塔希提岛热带风景的独特之处。达尔文在《日记》中写道：“当看到整块整块的树丛，树干粗壮、枝叶密茂（象英国的栎树）、同时又结满了营养丰富的累累硕果时，真使人为之惊叹……
当看到这些美妙的树林，一想到它们将带来很大的利益时，就更使人为之赞叹不已。”
这个岛上的居民给达尔文留下了极其愉快的印象。
第二天，将近两百个当地人划着小船把“贝格尔”号包围起来，并且登上甲板要作买卖。早饭后，达尔文到近处的高达六百——八百米的陡峭的山上去游览，从那里可以清楚地看到邻近的一个被暗礁所包围起来的爱米奥岛。
当达尔文从山上下来时，一位当地人迎接了他，并用香蕉、菠萝、嫩椰子汁来招待他，这种椰子汁真使在炎热的太阳下游玩之后的达尔文十分解渴。达尔文同他约好，第二天由塔希提人带他沿提阿乌拉河谷往上走到这个岛的最高的地方去，提阿乌拉河在离金星角不远的地方入海。在生长茂密的各种各样植物之间，有一条深深的狭谷，狭谷之间是一条河床，这条道路就顺着这条河床向前延伸，路上风景美丽如画。几位向导带了一个挂在铁环上面的小鱼网，潜入河水深处，“真象水獭那样，瞪大眼睛，窥视着各个角落和**洞中的鱼，就这样来捉鱼”。后来，当这条河流在上游分成几条小支流，象瀑布一样降落下来时，塔希提人和达尔文便开始沿着几乎是陡直的斜坡上那些稍微突出的部分向上爬，要不是各种植物遮住了他们脚下的那些深不可测的山谷的话，达尔文未必会在这里向上攀登。
在河岸上挂满熟香蕉的香蕉树林里，塔希提人用一些竹竿、树皮和香蕉叶，很快造成了一个小屋子来过夜，而用枯萎的树叶当被褥。塔希提人把一根木棍的一端在另一根木棍上的孔眼处转上几圈，很快就取得了火，把篝火点燃起来；他们用篝火把一些石头烧热，然后把用叶子包起来的牛肉块，鱼肉块、香蕉和欧竽头放在这些石头上面，并全部盖上土。二十五分钟之后，晚饭就非常理想地完全烤制成了。第二天凌晨，下了一阵暴雨，但是由于这几个行路人躲在用芭蕉叶盖的屋顶下，所以没有被淋透。他们沿着原来陡峭的山坡往下走，二十日中午时分回到了马塔凡。
第二天，菲茨·罗伊命令起锚，“贝格尔”号开往新西兰。
在无边无际的太平洋上经过长期航行之后，十二月十九日达尔文及其旅伴们远远地望见了新西兰。次日，“贝格尔”号驶进北岛的群岛湾，并在这里停下来。这个外形柔和岗峦起伏的国家，被许多海湾切成一小块一小块，近处被蕨类植物所覆盖，远处则被一片片的树林所覆盖。岸上的茅舍用作传教士及其仆从和工人停留的地方。英国人住在那些粉刷得洁白的小屋子里，当地人则住在那些小窝棚里。
达尔文预定在第二天对周围地区的游览并不是轻松的，因为这里长满了茂密的蕨类植物和灌木，许多小河和很深的海湾又截断了道路。这里无论在什么地方，而尤其是在丘陵地带，到处都可以看到过去构筑的工事、台阶、台地和堑壕的遗迹。在达尔文所处的时期构筑的新工事已经是另外一种情况了，它们构筑在平坦的地方，其形状是两道曲折的栅栏，栅栏外面再堆起一些土围墙。早在科克舰长航行时期就表现得非常英勇的新西兰人，在达尔文所处的时期还保持着这种英勇精神，并且具有残忍、粗暴和狡猾的特点。
十二月二十二日晚，达尔文和菲茨·罗伊到科罗拉季卡这个大村庄去闲游了一次。当时新西兰住有许多流放犯，那些传教士们对本国同胞所作所为的不满远远超过了对当地人所作所为的不满。传教士们甚至常常请求当地的领袖来保护他们，免遭其他国人和英国人的欺侮。
十二月二十三日，达尔文坐着一条小船，沿着一道小湾，在英国领事布贝和一位新西兰领袖的陪同下，到一个距离群岛湾有十五海里的叫作惠马特的小地方作了另一次短途旅行。这位新西兰的领袖是达尔文深入新西兰各村庄去旅行时的向导。这里的居民们吃的是欧洲人运来的马铃薯、蕨类植物根和海滨的一些软体动物。当地人见面时要通过相互碰鼻子和握手来表示欢迎对方。他们的茅屋很象肮脏的露天牛棚，这种茅屋有一堵墙把一间用来睡觉和保存财物的小屋隔开。
这里土地肥沃，属于火山土壤。覆盖在土地上面的蕨类植物，在那些从前长着树木、后来被烧光并加以开垦的地方，长得非常茂密。在树林里，达尔文观赏了那些高大的贝壳杉松，这种松树的根部，周围约有十米长。树干高达二十五英尺，树干上没有树枝，是一种光滑的圆柱，上下粗细差不多。新西兰的树林根本无法通行。树林中鸟很少。可以看到很多由英国人和法国人运进来的欧洲植物，它们已开始在有力地排挤着当地的植物。
十二月二十五日这一天，达尔文是在纳希亚村过的圣诞节，次日，他同谢利万和布希贝一起，坐上一只小船，沿着卡瓦卡瓦河逆流而上，观赏美丽的风光。后来这三位旅游者访问了几个村子，观看了一个地方酋长女儿的葬礼，查看了一些石灰岩（这些石灰岩很象是一座古城堡的废墟，后来被用作坟地）之后，就于当天回到了舰上。十二月三十日，“贝格尔”号离开了群岛湾，驶向澳大利亚的悉尼。
“贝格尔”号于一八三六年一月十二日抵达澳大利亚，在悉尼海港抛了锚。由于达尔文晚上在这个城市散了步，所以感到非常高兴。在几十年中，这里真的已经兴起了一座崭新的城市，市内有许多宽大的正规街道，还有许多两三层楼高的石屋和商店。
象在任何地方一样，在这里达尔文也组织了一次到内地去的旅行。他雇了一名向导和两匹马到一个叫作巴瑟斯特的村镇去，这个村镇离城大约有一百二十海里，从前是一个大畜牧区的中心。
达尔文沿着一条非常漂亮的石子路，很快地往前走，这条路是靠放逐到澳大利亚的那些苦役犯的强迫劳动修筑起来的。它周围的风景很单调，只有一个稀疏的树林（树木没有荫凉，因为树叶的侧面都是垂直地向太阳长着）和一片细弱而泛白的绿草。傍晚时分，达尔文遇到了二十来个澳大利亚的当地人，他们的样子都很善良，并向达尔文显示了惊人的投掷镖枪的技艺。澳大利亚人的文化水平和聪敏程度要比火地人稍高一些，虽然他们过的是一种漂泊不定的生活方式，他们不种地，不盖房，也不牧羊。酒类的输入，欧洲人带来的各种疾病在当地人中间的传播（其中某些病如麻疹，对他们的危害特别大）对当地人所食用的野生动物的捕杀，都使得殖民地的土著人数迅速减少。达尔文后来在《考察日记》中写道：“只要欧洲人一到那里，死亡就无不立即摧残着当地的居民”。
一月十七日，达尔文渡过尼比翁河，很快就到达了蓝山山脚，蓝山是超出海滨低地的砂岩高地。从高地往下看，下面是一片十分广阔的森林，风景非常美丽。尤其漂亮的一些地方，是从树木右边突然展现出的深达四百多米的那个大山谷，山谷的悬崖峭壁完全是笔直地挺立着。悬崖峭壁的底部的土地上长满了茂密的树木。
达尔文离开了高地，穿过芒特·维克托里亚通道，来到了一个树木更加稀少的树林和绿草更加茂密的地方后，在边区的一个养羊场停了下来。在这里他捕捉袋鼠，但没有捉到，而只是弄到了一只小家鼠；他观看了一些白鹦鹉和其他一些鸟，使他感到满意的是，他看到了一些一会儿在水面上嬉戏，一会儿又潜入水中的鸭嘴兽。
达尔文躺在一个水塘的岸边，思索着澳大利亚的动物不同于世界上其他地方的动物的那种奇怪的特性。他在由他的孙女出版的《航行日记》中，当时作了这样的记载：“一个什么宗教都不信仰的人，可能会感叹地说：在这里肯定有两种不同的创造者（着重号是我加的。——作者注）在工作；但是他们的工作对象是相同的，他们在每一场合下的目标都完全达到了。”除了澳大利亚的哺乳动物（单孔目和有袋亚纲）的动物群不同于世界上其他地方的动物群的这些区别而外，他还发现了一个例外情况：他在自己的脚下看到一个圆锥形的深坑，这是蚁狮设下的典型的陷坑，他观察了蚁狮幼虫捕捉苍蝇和蚂蚁的情况，蚁狮幼虫从陷坑的深处射出一股股沙子，迫使那些吃力地顺着沙粒流动的坑壁向外爬的昆虫滚到自己跟前并成为自己的牺牲品。不过这种陷坑要比欧洲通常的陷坑小一半，可能是供当地特有的那种蚁狮用的。达尔文进一步思考：“不信教的人现在对这种情况将说些什么呢？能否认为有两个创造者，他们每一个都发明了这种如此美观、如此简单、同时又如此精巧的装置呢？不可能这样认为。无疑，创造世界的是用一只手。也许地质学家会说出一种推测，说什么创造的时期是各不相同的，这些时期在时间上彼此距离很远，并且创造者在其工作中·有·所·间·断”（着重号是我加的。——作者注）。
这段精采的记载表明：达尔文在继续坚持思考物种起源的问题，许多事实在他的心目中开始使他不再相信圣经上关于“创造”的概念，他已经开始感觉到自己是一个不信教的人了，而对于“创造者”，他发现他们有不少滑稽可笑的地方。
一月二十日，达尔文继续前进，这一天非常闷热，从沙漠里刮来的风吹得尘土飞扬。他到达了旅行的目的地——巴瑟斯特。当时很干旱，草地变成了褐色，河流完全干涸，很多幼小的果树和葡萄树都已死去。归来路上没有什么特别的东西。
一月三十日，“贝格尔”号驶向塔斯马尼亚，于二月五日到达那里。塔斯马尼亚的当地人曾经对英国人进行过拚命的抵抗，这时已经被征服了，并被迁移到一个孤岛上，接着他们在那里就很快地死光了。
在塔斯马尼亚停留的十天中，达尔文经常出去游览，主要从事地质学的研究。他在自己的笔记中提到，他曾在这里登上了一座不高的（差不多一千米高）惠灵顿山，山上长满了茂密秀丽的植物，要穿过这些植物是极其困难的。除了高大的桉树外，这里长得非常茂密的象树一样的蕨类植物尤其使达尔文感到惊讶。
三月六日，“贝格尔”号驶抵澳大利亚最西南角的乔治王湾。在这里“贝格尔”号只停了八天，达尔文认为，在旅行期间他从来没有这样无聊过。因为这里的植物单调而贫乏，在这里任何有意义的观察都没有，这就使得达尔文不想再到附近去游玩。只有当地人举行的那种粗鲁的但却迥非寻常的“柯罗别利”舞会还使人感到有某种民族文化习俗的趣味。
达尔文在《考察日记》中结束关于澳大利亚的一章时写道：“别了，澳大利亚！你还是个小孩子，不过是一个正在迅速成长的小孩子，毫无疑问，有朝一日你将会成为南半球的伟大的女皇，在温柔和眷恋方面，你已经太伟大、太野心勃勃了，而在尊严方面，你却还不够伟大。我离开你的海岸时没有任何婉惜和悲伤”。
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①此处原文有遗漏。——译者注
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