这样，一八五八年，特别是一八五九年，就成了达尔文一生中最光辉的年代。他关于生物进化的基本思想，是在他乘“贝格尔”号作环球旅行时产生的。经过二十年的深思熟虑和艰苦劳动，通过对大量事实的研究和收集，达尔文终于在僻静的唐恩小镇，将这些思想整理成文。这些相当有条理的思想，时而以简略的提纲表述出来，时而以系统的叙述表达出来，时而又以最详尽的著作形式出现，最后则展现在广大公众面前，而且必然引起他们的讨论，受到他们的评论，这种评论或者是恶意的和不公正的，或者是赞赏的和惊讶的，但决不会是漠不关心的。
《物种起源》一书出版的这一天，不只是在达尔文的个人生活中具有重大的意义，这也是十九世纪五十年代至七十年代大批有学问的人对生物界的观点和对人在生物界中的地位的观点开始转变的一天，这种转变就象哥白尼在十六世纪因指出地球在宇宙中的位置而实现的转变一样。然而在此以前，为捍卫达尔文主义这一进化论学说，曾不得不进行了十年的尖锐斗争，在十年的斗争过程中，达尔文的思想以及达尔文本人，曾经不断地受到攻击，这些攻击常常是粗暴的、恶毒的和不公正的。
达尔文的为人一向很温和，甚至对自己的对手也十分彬彬有礼，虽然他处于这些攻击风暴的中心，但他的一些朋友和拥护者却经历了最激烈的斗争时刻。然而，不管这些人的作用多么大，为达尔文争取越来越多的拥护者的主要斗争武器，还是他那部不断地行行新的版本和译本的出色著作《物种起源》，这部著作不知不觉地、不声不响地击丧了各个对手，说服了那些动摇分子，在越来越多的无私地寻找真理的人们中间，为自己争得了许多朋友和信仰者。
“风格即人”。这是经常为人们引用的一位早期进化论者、达尔文的一位前辈布丰的一句名言。布丰是在什么时候，什么地方以及在什么意义上说这句话的呢？这句名言是布丰一七五三年八月二十五日在法兰西学院一次会议上发表的《风格论》的演讲中说的，布丰在结束一个长句时使用了这句名言。
他说：“……知识的多少、事实的特殊性和新发现的本身，这些还不是流芳百世的可靠保证。如果这些著作写得平淡乏味，既不优美，也无才华，那么这样的著作就一定会成为一堆废纸。因为这样一来，知识，事实和新发现就很容易消逝，它们或者在别处出现，或者可能由更高明的人来表述。这些东西是人的身体之物，而风格则是人的本身。”
那么，《物种起源》一书的风格究竟怎样呢？整本书就是“一个长的论据”（赖尔语），它被用来论证整个进化论理论，特别是用来论证对这种进化原因给予最完美的说明的自然选择理论。这部书是根据一个明确的、有逻辑性的提纲写的，这个提纲大体上也就是一八四二年和一八四四年《概要》中所拟定的那个提纲。达尔文是从人的如下实践活动开始的：人们通过对种公畜的人工选择，或者通过对留作种子用的最接近理想的植物的育种选择，能够培育出许许多多家畜的品种或数千种栽培植物的亚种来。他证明，由于变异和遗传，人们能够获得这些结果。由于变异，也就是说，由于一对动物的后代，或者由同一个荚的种子生长出来的植物，彼此之间略有区别这种情况，选择是可能的；而由于遗传，即经常看到的亲本将特性传给后代这一情况，通过选择优良的种公畜或选择优良的植物种子，就能够获得具有这些改良特性的后代。
达尔文以他自己饲养的家鸽为例，证明这样的人工选择能够引起亚种之间多么大的差别。腿的长度，喙的长度和形状，尾羽的数目，腿部羽毛的差别和头部羽毛分布的差别是如此之大，以致这些差别如果是属于野鸽的话，那么它们就足以使人们把家鸽划分为不同的物种，甚至不同的属，然而，正如达尔文所出色地证明的那样，这些家鸽都起源了一个野生种——岩鸽。
达尔文从这种人工选择（它的意义对人来说是十分明显的）转到自然界的选择，即自然选择。他证明，自然界也有变异和遗传，自然界中代替人工选择的原因是“生存斗争，或者说是在生物按‘几何级数’增殖的情况下不可避免的生存竞争”。
达尔文作出了这一“自然的”解释之后，转而谈到理论的难点。难点之一是摆在反复思考想要解决物种起源问题的生物学家面前的一个根本问题：变种如何成为物种？为什么通常在各个物种之间没有过渡？没有过渡这一点也是物种“创造论”的拥护者的主要论据之一。达尔文在他最早的几本《概要》中还没有解决这个问题。在《物种起源》一书中，他提出了并深入地研究了“中间类型的性状的分歧和绝灭”的原理。达尔文认为，近似类型之间的生存斗争特别激烈。竞争者的生活方式和特性越相似，竞争就越激烈。反之，随着新的不同的特性的获得，竞争也逐渐减弱，我们以达尔文在《物种起源》一书中引用的例子为例。
如果某个地方的狼靠食鹿和绵羊为生，它就要追捕鹿和羊。如果说，要想捉住鹿，就要跑得特别快，而要想咬死羊，就要有特别大的力气，那么跑得特别快的狼和力气特别大的狼就能在生存斗争中获胜。狼跑得越快，它就越能专门捕获鹿，力气越是大于其它狼的狼，它就更能专门捕获羊。而一切中间类型的狼，即既不能跑得特别快，又没有特别大的力气的狼，在生存斗争中就不能被保存下来，就将绝灭。而在生存下来的两种极端类型的狼之间，即在跑得最快的狼和力气最大的狼之间，竞争则减弱下来，因为这两类狼中每一类都将转变为吃专门食物的狼。这两种极端类型的狼之间的区别越显著，它们竞争的激烈程度就越小。达尔文就是这样先设想变种的起源，后设想物种的起源的。达尔文把自己理论的这一结论叫做中间类型的性状的分歧和绝灭的原理。
在进行人工选择时，我们也看到了同样的情况：如果得出了某一个新品种，它就会把自己的先辈排挤掉。用达尔文的话来说，在英国，黑牛被长角牛所代替，而长角牛又被短角牛所代替。同时，据一个农业主说，头两个品种好象是被瘟疫毁灭掉了。马的情况也完全一样：如果追求的是速度，那么跑得快的优良品种的马一定排挤掉跑得不太快的品种的马，如果追求的是力气，那么优良品种的重驮马将排挤掉劣等品种的重驮马；最后所获得的将是越来越明显的极端类型：跑得快的那些品种的马将和重驮马具有越来越大的区别。达尔文认为，自然界发生的情况也是这样：如果一个类型内部生存斗争很激烈，那么中间类型总是处在不利的情况下，于是被保存下来的只能是在某个方面有专长的极端类型，从而使生存斗争中的竞争有所减弱。任何一个物种的后代越不同，这些后代彼此之间在习性和构造方面的区别越大，那么它们在自然界中就将争得更多的地位。
接着达尔文谈到了这一理论的其他一些难点。
他用为数不多的几个例子表明，即使是在这里也能够而且也需要承认，由比较简单的器官发展为比较复杂的器官，由比较简单的本能发展为比较复杂的本能，都是逐渐进行的。达尔文证明，即使是现在也还能找到一些生物，它们的器官是现代另一些动物身上存在着的向更完善的器官过渡型的器官。例如，飞栗鼠和具有降落伞式的膜的皮翼，这难道不就是真正的善飞鸟——蝙蝠的过渡形状吗？达尔文举了三个例子来说明复杂本能的发展情况：把蛋下在别的鸟巢里的杜鹃的本能，蚂蚁的奴隶本能和蜜蜂营造非常精美的蜂房的本能。并且达尔文善于在自然界中找到一些过渡形状来说明所有这些复杂本能的发展情况。
要解释各变种之间杂交时如何由通常的能育性转变为物种彼此之间杂交时发生的不育性，那就更难了。这个障碍有很大的意义，因为达尔文反复证明，变种是“初期的物种”，而物种则是“强化了的变种”。达尔文指出，变种的能育性也和物种的不育性一样，绝不是经常存在的，可以发现这两种状态之间的过渡情况，这就缓和了这种异议。最后一个难点是当时没有现在各种类型的祖先在古生物学方面的直接连续，在古生物学的发现方面存在着一些很大的空白点。达尔文证明，这些空白点是不可避免的，原先那些动物的残迹随着时间的推移总是在逐渐消失，总之，我们任何时候也不能妄想得到一份比较完整的“地质记录”。
对自己的理论提出批评，并且是长达几章的批评，这是这本书的一个特点。达尔文非常诚恳地不仅不隐瞒上述理论方面的难点，不仅不象许多坚持自己观点的作者那样，不去注意这些难点，而且还让自己的对手找出自己在理论和结论方面的弱点，仿佛他在寻找这些难点，并预见到一切可能提出的异议。是的，他并未使这些异议悬而未决，他总是对这些异议加以分析，并竭力使那些难点与自己理论的论点一致起来，后来，达尔文认为，他这本书之所以成功，是由于多年来他遵循着一条金科玉律，他在自传中说：“每当我在报刊上遇到同我的一般结论相反的新的视察或思想时，我都立刻如实地摘要记下来；因为我从经验中确信，这一类事实和思想远比那些适合心意的事实和思想会更容易被遗忘。由于这种习惯，我才很少遇到以前未曾注意到的或者不曾企图答复的反对我的观点的异议”。一个科学者越是诚实，越是对自己要求严格，那么别人要想反对他的思想就越困难，华莱士正确地指出，达尔文从来没有得到过暂时性的成功，但是成功本身却总是跟随着他。
接着，达尔文谈到通过选择来得到足以说明进化理论的证据。不论“地质记录”是多么不完整，但是“各种生物在出现时间方面的连续”这一众所周知的事实，在达尔文看来是和他的理论相符合的。而生物的地理分布，特别是生物在难点方面的不同进化情况，而且难点起作用的时间越长，其进化情况就越不同，这些都证明他的理论是正确的。最后，生物的分类，生物的体系，以“性状分歧”原则的观点来解释的“系谱表”，证明属于同一类别的各种类型所具有的一般古代性状、有时是不适宜的性状（痕迹器官）的比较解剖学和胚胎学等，所有这一切都证实了他的理论。该书总的结论是，物种通过自然选择而起源的理论要比创造论者的理论优越得多。
这样，这本书的基础就仍然是一八四二年和一八四四年的《概要》中的那些基本思想。而且书的总的结构几乎也是一样的，但全部材料则进行了彻底的加工。《概要》中有几章在这里作了进一步的发展，并且由于增加了一些新的材料而使内容更加丰富了，从另外几章中选取了最有意义的材料，而其余部分则省略了（关于本能的一章）；还有几章重新作了修改。对原来的《概要》来说，有两处较大的增补：一处是关于鸽子的起源，另一处是关于中间类型的性状分歧和绝灭的原理。
但是决定这本书的风格的不仅是全书的大纲和思想的逻辑发展，而且还有更详尽的叙述方法。达尔文一时一刻也没有忘记书的基本目的是要使读者相信，各种类型的物种借助于自然选择而进化的观点，优越于每个物种是由创造而产生的旧观点。自然选择理论是一种复杂的理论，它包括达尔文指出的几个前提以及由此得出的几个逻辑结论。每一个前提和结论，达尔文都必须极其严肃认真地和最有说服力地加以论证，并且一些实例来证实。还必须对理论中的困难之处加以阐述和分析，驳倒对这一理论的一切异议或使人们对这些异议产生怀疑，也必须对这一理论的那些最重要的结论加以论证。所有这一切都要求对大量复杂的材料作出长篇论述，因为不然的话，读者很容易被这样的材料搞糊涂，很容易忘记某个例子在总概念中放在什么地方，某个论断在总概念中又起着什么作用，总之，由于大量的细节，很容易使读者感到疲倦，为了使读者能够比较容易地抓住本书的基本思路，达尔文在该书绪论中扼要地叙述了这一思路，并指出他是如何将该书划分为若干章的；每一章结束时他都对本章的内容写出一个提要并重复其主要结论，全书结束时，他写了个《复述和结论》，再一次阐述了人工选择和自然选择理论的基本原理，他还接连不断地检查了分散在全书各处的所有对理论的异议，并且再一次集中地审查了所有的论证，这些论证看来要比那些异议的说服力大得多，因此，读者自然而然就能得出结论来。但这还是不够的。
在每一提要的最后，几乎在每一章的最后，都有一句看来是达尔文特别精心编写的结束语，在这句话里他再一次对有关选择和进化的思想加以强调。为了使读者更加注意这些结尾部分，他常常在结尾处用大写字母写某个要素的名称，如“变异”，“选择”等等。我们撇开第五章、第九章、第十一章和第十四章的结尾部分不谈，而来引用其它各章的结尾。
请看《结论》的结尾：“而且，我相信‘自然选择’是最重要的因素，但不是独一无二的变异因素”。
第一章《在家养下的变异》的结尾是：“‘选择’的累积作用，无论是有计划地和迅速地进行的，或者是无意识地和缓慢地但更有效地进行的，都超出这些引起‘变化’的原因之上，它似乎是最重要的‘力量’”。
第三章《生存斗争》的结尾是：“当我们想到此种斗争的时候，我们可以用如下的信念来引以自慰，即自然界的战争是有间断的，而且不会感觉到任何恐惧，死亡一般是迅速的，而强壮、健康和幸福的生物则得到生存和繁殖”。
第四章——《自然选择》是最重要的篇章这一，它的结尾部分是一段很长的比喻。有关达尔文理论的通俗著作经常引用这个比喻：
“同一纲中一切生物的亲缘关系有时用一株大树来表示。我认为这种比喻是很符合实际情况的。绿色的，发芽的小枝可以代表现存的物种；数年前生长出来的枝条相当于长期连续的绝灭物种。在每一生长的时期中，一切生长着的小枝都向各方生出嫩枝，而且试图遮盖并弄死邻近的嫩枝和枝条，物种和物种群在巨大的生活斗争中，随时都在战胜其他物种。巨枝先分为大枝，再逐步分为更小的枝，当树幼小时，它们都曾一度是生芽的嫩枝；这种旧芽和新芽由分枝来相连结的情形，很可以代表在群又分群的分类中的一切现存物种和绝种物种。当这株树还仅仅是一株矮树时，在许多茂盛的小枝中，也许只有两个或三个小枝被保留下来，成长为现在的大枝，并且负荷着其他的枝条；生存在久远的地质时代的物种也是这样，它们之中只有少数物种遗留下现在还活着的变异了的后代。从树开始生长的时候起，许多巨枝和大枝都已经枯萎而且脱落了；这些枯落了的、大小不等的枝条，可以代表那些没有现存代表的、已成为化石状态的全目、全科及全属。正如我们在某些地方看到的，一个细少的枝条从旧树枝的废墟上生出来，并且由于某种偶然机会，至今还在顶端生长着那样，有时我们看到如鸭嘴兽或肺鱼之类的动物，它们在某种程度上由亲缘关系把生命的两条大枝连络起来，并由于生活在有荫庇的地点，便从致命的竞争里得到幸免，如果由于生长而生出新芽，这些新芽如果健壮，就会分出枝条遮盖和压倒四周许多较弱的枝条。所以我认为，这巨大的‘生命之树’在其传代中也是这样的，这株大树用它的枯落的枝条填充了地壳，并且用它的分生不止的美丽枝条遮盖了地面”。
第六章是《学说的难点》，这一章的结尾部分也是值得特别注意的。这里达尔文极其巧妙地把居维叶以模式统一法则和生存条件法则所表达的神学论原则和唯心论原则变为自己理论中的话，变为因果关系的话。他把模式统一看作是遗传作用和自然选择的结果，因为自然选择使生物变异。使生物无论过去或现在都适应“生存条件”。
这一章的结尾是这样写的：“人们都承认，一切生物是依照两个**则即‘模式统一’法则和‘生存条件’法则形成的。模式统一是指我们在同纲生物里看到的，与生活方式毫无关系的构造上的基本相似这种情况而言。按照我的理论来看，模式的统一可以用起源的统一来解释。有名的居维叶所经常坚持的‘生存条件’的说法，完全包括在自然选择的原因之内。因为自然选择或者是依据现在使各生物的变异部分适应于有机的和无机的生存条件而发生作用，或者是依据它们在过去的时代的适应情况而发生作用，而且在许多情况下器官是否经常使用也对适应产生影响。而器官本身又受到外界生活条件的直接影响，并且在任何情形下都受到生长和变异的各种法则的支配，因此，‘生存条件法则’实际上是比较高级的法则；因为通过以前的变异和适应的遗传，它把‘模式统一法则’包括在内了”。
第八章本能——被达尔文缩减了一半，他删去了①许多复杂本能的例子，这些复杂本能的发展情况早就引起了他的兴趣，所以他尽量将其收入《概要》里，这里只举了三个例子。这一章的结尾是这样写的：“最后，最能满足我的想象的是（虽然这从逻辑角度来看可能并不是特别令人信服的），不把这样一些本能，如一只小杜鹃把义兄弟逐出巢外的本能、蚁养奴隶的本能、姬蜂科幼虫寄生在活的毛虫体内的本能等，看作是被特别赋与的或被特别创造的本能，而只看作是决定一切生物进化（即繁生、变异、最强者生存、最弱者死亡）的一个一般法则的一些不大的结果”。
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①删掉的这一部分内容刊登在《达尔文全集》1939年苏联科学院版第3卷。
第十章——《论地质纪录的不完全》——的结尾部分出色地利用了赖尔首次使用过的一个比喻。“至于我自己，则遵循着赖尔的比喻，把地质的纪录看作是一部已经散失不全的、并且是用变化了的语言写成的一部世界历史；在这部历史中，我们只有最后的一卷，而且只涉及到两三个国家。在这一卷中，又只是在某些地方保存了篇幅很短的一章，每页只有寥寥的几行。缓慢变化着的语言的每一个字，在连续的各章中多少有些不同，这些字可能代表埋藏在连续地质层中的、而且被错认为突然发生的诸生物类型。按照这种观点来看，上面所讨论的那些难点就可以大大地缩小，或者甚至消失”。
第十二章和第十三章谈的都是《地理的分布》。因此只是在第十三章的最后才有总的结论和结尾部分：“按照我们的学说，在时间和空间里的这些不同的关系是可以理解的；因为不论我们谈的是在连续时代中曾经发生变化的接近的生物类型或者谈到的是迁入遥远地方以后曾经发生变化的生物类型，在这两种情况下，它们都被普通生殖的同一纽带连结起来；在这两种情况下，变异法则都是相同的，而且变异都是由自然选择的同一方法累积起来的”。
末了，最后一章——《复述和结论》——的结尾部分，同时也是全书的结尾部分，这里最后一次列举了几个最重要的理论要素，并将主题上升到了解世界生命过程的热情洋溢的程度。“静心观察下述情况是有趣的：一个树木密茂的岸边，长满了许许多多、各种各样的植物，鸟类在灌木丛里歌唱，各种不同的昆虫飞来飞去，蚯蚓在潮湿的泥土里爬行；并且思考下述情况也是有趣的：所有这些构造精巧的类型，彼此是这样的不同，彼此是这样复杂地相互依存着，而它们都是依靠在我们周围至今还在起着作用的那些法则产生出来的。这些法则，就最广泛的意义而言，就是伴随着‘生殖’的‘生长’；几乎是由生殖而必然产生的‘遗传’；由于生活条件的直接和间接的作用以及由于使用和不使用的情况而产生的‘变异’。繁殖力是如此之高，以致足以导致‘生活斗争’及其后果，即导致‘自然选择’，从而引起‘性状分歧’和改进较少的类型的‘绝灭’。这样，从自然的战争里，从饥荒和死亡里，就直接产生出有才智的人能想象出的最崇高结果，即高级动物的产生。认为生命及其各种不同的表现是由‘造物主’注入到一个类型或少数类型中去的，并且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的无限类型是从这样一个简单的开始发展起来的，而且现今还在继续发展着；这就是这些观点的伟大之处”。
不要忘记，所有这些结尾部分彼此之间隔着大量引证的事实、证据、论断和争论。因此，为了提醒读者，使他们知道每一章所叙述的内容都和全书的基本思想有关，这些结尾部分确实是必要的。
书的总的语气也非常好，因为它没有把话讲得那么绝对。达尔文在任何地方都不把自己的观点强加于人，在任何地方都不对对立面横加指责；他总是提出大量证据来说明或反对某种思想，引证大量他所观察到的情况，引证各种意见和考虑，他在这样做时似乎是在对读者说：“你自己判断一下吧：看来，我们的观点要比任何一个别的观点更正确些”。他似乎是在邀请读者跟着他一起来讨论问题，并且让读者有在某个问题上同意他或反对他的自由。他始终记住，在他深入研究自己的理论，专心致意地研究各种不同的事实并越来越深入于自己的研究对象时，他自己只是一步一步地、逐渐地确信自己理论的正确性。既然他自己经历过这样一个渐进的过程，那他就不可能指望别人一下子便能接受他的学说。他常想并且常说，一个人即使对他的理论稍微表示赞同，但是要让人家同意他的其它一些结论，那也只能在人家逐渐地赞同了他的全部理论之后才能做到。
因此不难了解，达尔文著作的读者很快地就在一定的广度和深度上承认了他的学说。于是就出现了一些全部接受达尔文理论的狂热的崇拜者（如植物学家华生，他于一八五九年年底写信给达尔文说：“您的主导思想，即‘自然选择’，一定会被当作科学上的确定真理而为人们所接受。它有一切伟大的自然科学真理所具有的特征，变模糊为清晰，化复杂为简单，并且在旧有的知识上添加了很多新的东西。您是本世纪的、甚至是一切世纪的博物学中最伟大的革命者”。）有一些人，他们欢欣鼓舞地对待这个理论的基本原理，但是认为其中某些具有次要意义的细节还存在着弱点。还有一些人，他们一方面接受自然选择理论，但同时又认为这个理论不能解释人的精神能力是怎样产生的，因此他们设想（例如华莱士），这些精神能力是由于超感觉的精神世界的干预才发展起来的。很多人接受了自然选择的意义，但他们对类型的可变性只是部分地予以接受；一种人认为，可变的只是物种，而属是单独形成的；另一种人则认为，可变的是物种、属和科，而不是目和高级单位；第三种人认为一直到纲为止都存在着可变性；而第四种人则认为一直到门都是可变的。达尔文在一封信中写道：“有趣的是，每一个人都想出一个意思，按照这个意思他已经不再同意我的理论了”。
最后，一批声望日益增长的敌视达尔文的读者也在出现。有些人不同意达尔文的理论，但对作者的热爱劳动、对作者真诚的意图、对作者论述问题的严谨性却给以应有的评价；有些人发现达尔文的方法本身存在着一些缺点，指出他的理论中有许多重要原理并不是从事实和观察中直接得出的；最后，有些信仰宗教教义的人对达尔文的理论持坚决否定的态度。这里也出现了在其他类似情况下所出现过的现象。牛顿发现万有引力，受到了策布成茨的攻击，说万有引力“动摇了自然宗教的基础，因而也动摇了神的启示”。一八五九年年底，达尔文在写给拉卜克的信中说：“当雷和闪电的发生第一次被证明是连续发生的原因的时候，那时关于每一个闪电并不是上帝亲手发出来的这一思想，对某些人来说简直是不能忍受的”。
在这些杂乱无章的各种各样的意见和流派中间不能不发生争论。达尔文主义必须为自己争得地位，而且首先要克服因循守旧的习惯，因为大多数人由于因循守旧还相信动植物的物种是永恒不变的。于是捍卫达尔文主义的斗争开始了①。
在这场斗争中，三十五岁的教授、达尔文的许多年青朋友之一托马斯·赫胥黎在英国起了很大的作用。他和达尔文一样，也是在一艘军舰上开始他的博物学家的事业的。他以海军助理军医的身份在《雷捷利斯涅克》号巡航舰上参加了四年考察工作，该舰在澳大利亚附近航行了将近三年。回英国之后，赫胥黎发表了有关公海的水母和其他透明体动物的著作，并为此而获得了伦敦皇家学会的奖章，这是非常光荣的奖赏。他开始在伦敦矿业学校讲授自然科学方面的课程，成了矿业部陆上勤务的博物学家，他对古生物学进行了大量的研究，并且在矿业学校建立了一个地质博物馆。赫胥黎是一名优秀的普及工作者，他经常给工人公开讲课，礼堂里总是挤满了人，大家都聚精会神地听他讲课，他练就了一种简单明了地讲述问题的本领。他以自己通常所具有的那种机智说，在公开演讲时应该有一种十分清晰的叙述问题的能力，“使得听众能够认为，甚至在他们不理解的时候也是理解的”。
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①我单有一本书谈捍卫达尔文主义的斗争（是阿·德·涅克拉索夫《为捍卫达尔文主义而斗争》1937年莫斯科第2版），请读者参看这本书。这里我只作一些最必要的摘引，并补充某些细节，这些细节虽没有收入那本书中，但对达尔文的传记来说是重要的，这些细节可以说明他当时的心情。
他在从事比较解剖学，生理学和古生物学方面的工作时，置身于奥温自然哲学学派（这我们在上面曾经谈到过）的反对者之列。例如，依据脊椎动物的头和颅骨的胚胎学著作，特别是依据贝尔和拉特克的著作，赫胥黎推翻了由歌德创立而为奥温支持的所谓“颅骨脊椎论”。奥温认为，生物构造的基础是“先定的”观念，即完美的计划。奥温为脊椎动物的结构提出了这样一个计划并称之为“原始模式”。他认为，在脊椎动物的各个纲里只有这个原始模式的变异。奥温和歌德一样，也认为颅骨是理想椎骨的一系列变种。他把颅骨的一根一根的骨头看作是头部的一部分一部分的椎骨。赫胥黎驳斥了这种理论，说它是荒诞无稽的，是不符合德国胚胎学家所指出的那些关于胚胎发展的事实的。
在物种起源问题上，赫胥黎采取了观望态度，或者如他所说的，用歌德的术语来说，他是采取了“积极的怀疑主义”的态度。一方面，他不相信创造论，不相信神能超自然地干预自然界的自然过程。另一方面，他也不相信类型的进化，因为当时流行的进化理论（如拉马克的理论和《创造的痕迹》的作者的理论），引用说明进化存在的论据太少，并且对进化方式和进化原因的解释也很少能被人接受。他与赫·斯宾塞就这一题目进行过多次争论。正如我们所指出的那样，赫·斯宾塞是从哲学方面来捍卫进化思想的。
达尔文在出版《物种起源》一书时，自然相信，已经习惯于相信物种创造论的绝大多数读者，对他的进化观点将持否定的态度，起码最初会是这样。但他暗中希望，他过去一直认为是无私地追求真理的那些科学家在极其详细地了解了他的各种论断和论据之后，一定会转到他这边来的。他把刚刚出版的书分送给他们，渴望知道他们的评论和意见。他首先给自己指定了三位评判者：一位是在地质科学中实行过变革的赖尔，另一位是在读这本书的校样时就已经开始转到他这方面来的虎克，第三位是年青的、对自然史方面提出的每一个新思想都作出积极反应的赫胥黎。
确实，赫胥黎后来把达尔文和华莱士的初期著作，特别是《物种起源》一书给他的印象和由下面一句话所产生的印象作了比较。这句话是：“闪电的闪光，突然间为在沉沉黑夜中迷了路的人照亮了他回家去的路，或者去别的地方的路，但是一定是他要去的地方。”
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