此时的北京正经历一场大变革，现在正好积极利用这段时间改革朝廷的机构，明确各部的职能。虽然现在不能对地方采取措施，但可以慢慢的改变着。在不久的将来大清将要面对世界数一数二的列强，现在大清还不够强大，列强环伺四周，东有倭人作乱。就在大清与俄国人开战之的期间，倭人在朝鲜等地活动。大清自努尔哈赤举义至今，大清这个朝廷政府职能机构太过庞杂，各项职能相互重叠，所以到了一有事发生都相互推脱责任。这让李越很是恼火。所以在与西欧列强开战还有好几年的情况上，先解决一下大清的一些内部问题。李越先向大清的政府的职能结构上，大刀阔斧的进改优化重组等。
从兵部中划出海军衙门，专门管理海军军务，主事之人称海军大臣，而兵部以后则主要负责陆军的事务；而为了更好的缓解海陆两军的矛擀，李越又在陆海两军之间成立了一个联合参谋指挥部，减小双方的矛盾以及相互协作及训练。同时还成立了总装备保障部以及总政治部。总装备保障部负责对士兵的衣食住行以及装备等进行采购等，而总政治部则是对军队进行思想化文化上的教育提高士兵的精神面貌。
从工部中划出通商衙门，专门管理全国工商贸易和对外贸易，主事之人称通商大臣，而工部以后则专门管理水利、铁路以及土木工程等大型工程的建设；而理藩院与总理衙门合并，彻底将外交事务交给总理衙门，礼部以后则主管教育和祭祀之事；而太仆寺则专门负责皇家以及军队的马匹，上次中俄之战时，与奥斯曼签订的一年同盟，大清从那里获得了优良的阿拉伯马种，同时李越也吩咐太仆寺的人加紧让拉阿伯马与俄国的耐寒的顿河马以及蒙古草原的蒙古马进行配种，呆证在不久的将要，大清能够拥有一种在寒冷静，耐苦以及高速等方面优秀的良马来。李越相信大清一定能够培育出一种优良的马匹来。
李越也成立了大清的秘密机构国家安全局，以及中央情报局。而国家安全局专门负责国内的事情，现在主要的目的是监视这些官员的一举一动，以及在大清境内的洋人行动。而中央情报局则是负责国外收集情情报等一些海外活动。
同时成立了一个专门负责农业部门的农业大臣，在始自乾隆终至道光这段时间随着人口飙升，耕地也有较大增长，咸丰以后耕地基本没有较大增加。也就是说，道光年间的耕地面积约略等于宣统年间的数字，1840年至1911年期间，鸦片战争后西方列强对我国不断发动侵略战争，规模较大的有英法联军之役（1856～1860）、中法战争（1883～1895）、八国联军的入侵（1900）等。每次战争，清朝必败，几乎到了被瓜分的地步，仅战争赔款就达数亿两白银，而康熙时的岁入只有3000多万两，乾隆时的全国赋税收入也仅有5000多万两。由于清朝政府的无能和腐化，对外丧权辱国，对内加重对人民的剥削，导致了太平天国运动的兴起。清廷为镇压太平天国，连年用兵，使得清朝政府的赋税所出之膏腴之地江苏、浙江、湖北、江西、安徽等地人口死亡殆半“万户萧疏鬼唱歌”，良田变成荒榛坟场，社会经济遭到几近毁灭性的打击破坏，耕地自然只会减少。
综括前面所述所说，从鸦片战争至清朝灭亡，我国耕地面积几乎没有什么增加。所以我们说清朝道光年间耕地面积即达高峰，约为20亿亩。
清朝的垦殖情况。从康熙后期起在长达一个半世纪的时间里，除曾对边区多次用兵外，心脏地区很少有大的社会动乱。在社会相对和平安定的条件下，出现了史无前例的人口增长。英国历史学家希尔顿认为：“农业技术改进没有人口增长快，在技术停滞的条件下，人口每年增长0.5%，在农民的经济范围内只能扩大耕地”。清统治者的开荒政策是“荒墟榛壤以及积水所汇，有可疏辟者，多方相度筹划，俾地无遗利，民无遗力……。”一方面诸如“崇山密菁”、“高山峭壁”、“岩险之地”、“山径险恶之处，士人不能上下者”、“深崖穷谷”等均穷极开垦，靡有遗余；而江湖水乡之地，则围湖造田恶性发展，“不独大江大湖之滨及数里数顷之湖荡日渐筑垦，尽失旧迹，即自己输粮管业之塘，亦培土改田；一湾之涧，亦截流种稻，……”。明代“松木槎牙，兽群潜没，绵亘八百余里”之地，至清朝已是“山腰陡壁皆人家”，“山头但见人驱犊”了，清代垦殖扩张远过明朝。明朝洪武年间垦田数即达850万顷（注：《明史》卷77，食货1。），万历30年则更达1162万顷，而清之版图倍于明朝，加之东北和蒙古已经大力垦殖，故总耕地面积绝非论者常引之只有七八亿亩。即便比之明朝耕地只增加0.5到1倍，清朝的耕地也应达16至20亿亩。
所以李越必须合理利用这些限有的资源，同时李越对那些为扩大土地、山林、湖泊进行了法律上的保护颁布了一系列合理的保护百姓生存的法律。
另外，李越还将自己原来用于反贪，隶属于刑部的监察司和都察院合并在一起成立御史衙门，主事之人称御史大臣，专门负责检举不法之事，类似于后世的检察院。此外刑部今后将只负责各省抓捕犯人之事，审讯之事则交给大理寺判决；后世将将这次改革之后的中央主要机构简称为“光绪初改”。
而在地方，李越也主要是利用清朝原来的官职。清朝的官僚机构是在中国几千年封建历史中千锤百炼继承下来的，其实有不少科学和合理的地方可以借鉴，只不过因为职能不清，往往出了一件事情，巡抚可以管、布政使可以管、按察使也可以管，各官员都互相推诿，因而造成了政府工作效率的低下。所以做的就是明确各官员的职能，按照省、府、县三级，治理民生交给巡抚、知府、知县；治安缉盗交给提刑、提辖、捕快；监察交给御史、都司、监司，审讯交给按察使、州判、通判；教育交给学台、学监、学政；税务交给布政使、织造、主簿。各官员依旧以巡抚、知府、知县为首。而地方上的八大总督则被李越撤掉了，李越怕这些人手握重兵的军政封疆大吏们改天来个举义那就麻烦了。所以李越连下三道圣旨命八大总督不管在遥远的南国，还是在川蜀之地的总督，都必须进京面圣。不是李越不相信他们会反，但是为了保证大清的天下太平必须进行有效的改革，这些在一省巡抚之上的人虽然为人正者，可保一省安，可要是一个领官呢说不准被下面的人煽动造反也说不定。
机构改革的结果就是各个派系都在盯着这个巨大的蛋糕，于是如何分它又成了一件令方怀头疼的事。按照方怀的私心里的想法，在新的官僚机构没有形成之前，现在朝廷中的三大派系都是要拉拢的。用洋务派来推行新政，用士林来监督洋务派，用亲贵大臣来平衡两派的势力。按照这样的指导方针，方怀划开了这块蛋糕。
洋务派当然是要重用的，他们现在毕竟还代表着先进的方向。所以恭亲王奕还是总理大臣，兼军机首辅；阎敬铭还是户部尚书；而李鸿章调任工部尚书一职；
士林的三个代表人物，李鸿藻任大理寺卿，徐桐接管御史台，正是取其监督的作用，只有思想较为开通的翁同酥被方怀任命为礼部尚书；
亲贵大臣中，礼亲王世铎正式成为吏部尚书，刘坤一也升为刑部尚书，成为一颗可以左右局势的棋子；
当然李越也不会亏欠自己夹袋里的人，彭玉麟出任海军大臣，他的兵部尚书一职由左宗棠接任，而张佩伦则调任通商大臣，其他如名安升任礼部侍郎，李云诚任通商衙门主事等。农业大臣则由张百熙。
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