回到刘备军中的陆羽就像如鱼得水一样，很快就适应了这种生活。
不过陆羽也发现了一些问题，现在刘备的地盘比起原来小了很多，只有汝南一郡和新野附近的几个县，人口不到八十万，只有原来的五分之一。然而却保留了原来徐州的大部分军队，有近十三万人。也即是说差不多六个百姓就要养一个兵，如此民何以堪。
另外由於自己的出现，刘备手下可以说聚集了一批人才，但却也因此出现了分工不明，办事效率低下的毛病。
为此陆羽专门找刘备谈了一夜，提出了改革的必要，没想到刘备也有这样的打算，两人一拍就合，在刘备的支持下，陆羽开始了这场影响後世的改革。
陆羽想要改革的愿望在江东时就已经有了，在乔府的日子里，他仔细整理了一些现代学到的知识，对这个时代的政治，经济，军事提出了一系列改良的策略，在他的计划里，眼前开始的只是第一步。
在军事方面，陆羽发现五千人左右的士兵最合适一个将领指挥，遇到突发情况他可以可以随时根据敌情如臂使指的调动这麽大规模的一支军队，而不致於出现兵不识将，指挥不灵的情况。所以陆羽将五千人编制成一营，作为最小的独立指挥单位，五营为一师，四师为一军。
现在刘备军共有十三万多人，其中原来徐州的丹阳兵五万，并州狼骑两万，黑骑军五千，赵云从公孙瓒留下的部队中带来的白马骑兵五千，高顺的陷阵营这时也扩编到五千，原本从黄巾军中挑选的精锐一万五千人，剩下的是卫戍部队。
陆羽将十三万人编为二十六营，丹阳兵编为左右两师，分别由关羽，张飞两人统领，并州狼骑编为天狼，地狼，神狼，鬼狼四营，分别交给纪灵，徐盛，关平，刘封统领，太史慈掌管黑骑军改编的铁骑营，赵云掌管白马骑兵改变的飞骑营，高顺掌管陷阵营，另外由於看到重步兵在战斗中取得的重要作用，陆羽决定重组重步兵，他将黄巾降兵装备成两个精於攻城的重盾步兵营和一个专门对付野战骑兵的重枪步兵营，分别交给周仓，裴元绍和管亥负责。
剩下的部队被陆羽编为一个卫戍师，由张辽统领，糜芳，刘辟和龚都辅之。
另外陆羽还举办了一次全军比武，挑出了一千人组成了真正的近卫营由刘备亲自掌管。
鉴於军队的规模比起单薄的人口实在过於庞大，陆羽采取了後世努尔哈赤管理女真八旗的方法，即“出则为兵，入则为民。”采取军屯的方法，轮流训练，虽然一定程度上影响了军队的训练，但对於已经成型的刘备军影响并不大。却因此开垦出一大片良田，使得军队自食其力，极大地缓解了军民矛盾。
另外陆羽还实行了军团等级制度，即把二十几个营按照战斗力分成甲、乙、丙、丁四级军团，每隔一段时间陆羽都会安排一次审核，按照所立的军功来晋升等级，而没有立军功，或立得比较少的营将按照降级处理。
而以後士兵的待遇和所发授的装备也将按照军团等级来区分，等级越高的营士兵待遇越好，所发的装备也越精良，而且甲级以上的营都可以获得自己的称号。
此法一出，全军哗然，按照陈登的话讲，以後这些士兵想打仗还不想疯了。
在行政方面，陆羽想采用以後隋唐时期的三省六部法，毕竟在这个时代实行是什麽後世的民主政治都是扯蛋，在生产关系和生产力还没有达到那种高度，人民还没有那种政治觉悟之前，只会使得天下大乱。
陆羽暂时只借鉴了三省六部制的一部分体制，进行了礼、吏、刑、兵、户、工六部的分工，省去了三省繁琐的政令审核制度，并不是说他不好，相反三省制是一种制约官员以权谋私的好方法。但对於现在刘备军这麽小的地盘，上层官员可以随时了解到民间的消息，这样政府的首要目标就在於高效率的办事能力，而没必要增加这样的机构以使得行政过於冗杂繁琐。
在陆羽的改革里，六部又有微小之处区别於後世。六部的负责人都称为主管。
礼部，主要负责现在与各诸侯国之间的外交，及陆羽後面改革中的教育，科举事宜，有口才出众的孙乾管理。
吏部，陆羽改革中关键的一环，主要负责对官员的监督，审查，弹骇和推荐，对於吏部主管这个位置，陆羽思虑再三，这个人必须能接受自己的思想，明白改革的精神所在，他才能为改革提拔合适的人才，由於暂时没有合适的人选，陆羽只好自己兼管。
刑部，掌管民间的各种诉讼的审核和最终判定，了解和处理民间的各项纠纷，简雍是诚信君子，从涿郡时就跟随了刘备，忠心耿耿，所以陆羽将吏部交给他掌管。
兵部，是後世情报部门和参谋部门的集合，不仅要负责收集天下各地的情报还要适时制定出恰当的战略方案，鉴於兵部的任务在这个时期是最重要的也是最繁重的，所以陆羽将目前刘备手下两个最杰出的谋士陈宫和陈登都放在了这里，由陈登主要负责收集情报，陈宫负责制定计划。
户部，也就是财政部，它将对刘备军领地内的各项财政收支进行独立核算，并负责征收各种赋税，并派人审核各种建设的投资，这个部门当然是由商家出身的糜竺掌管。
工部，提出合理的建设意见并负责各种工程的建设、维护等，另外，陆羽还将工商业的发展也纳入到工部的管理范围之内，以陈群那杰出的行政能力绝对是这个部门长官的首选。
六部直接对刘备负责，地位平等，互相监督、帮助而又互不干涉。
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